New method for mapping from common database sources to canonical jalview name. Added EMBL to list of mappings between internal DBRefSources and das coordinate system.

note about selenocystine.

disambiguate jalview.datamodel.Mapping from castor's Mapping object.

initial support for EMBL file parsing.

equals operation used for canonicalisation of DBRefList (rather than explict 'equals' on attributes)

mapping implemented by MapList added to DBRefEntry.

javadoc typo

copy constructor

Uncomment graphics 2d bit

Launch applet jmol

Use paintAlignment

check conservation length

Structure listener

remove p+3 < query.length

No longer use ref to seqcanvas for painting

blank space for chain name if empty

keep record of atomIndeX

jmol added

jmol

version 3.7

date added

>0 rather than -1 check

tranfer pdbresno features to dataset sequence.

Reload jar files

Hashtable for previously loaded pdb files

Make checkbox bigger for text on mac

running jalview from the command line.

added command line help documentation and preferences help to
contents. Documented SHOW_OVERVIEW property in preferences.

added 'show overview' preference.

fix on newquestionaire notification bug (again)

formatted

restore unformatted state

Formatting

formatting

Extend annotation if too short

reload, just close this frame and open a new one

2.2.1 changes

removed

hardwired default user questionnaire url and by default will always check for a questionnaire when running with gui.

more bugfixes.

2.2.1 updates

Dont add null description to tooltip

Applet params cant read tab character

Allow for frame insets

Format label

debug log message

simplified and refactored along with cgi-script.

Alignment editing columns 0 and 1 fixed

command line hook for questionnaire url argument.

kkv change

client side machinery for user questionnaire responses

Fixed bug in trim right annotation adjust

stop flickering annotationPanel

Fixed bug in trim right annotation adjust

image is panel size

applet can define groups as parameters

Dont add group if seqs not found

getWidth -1 for trim right

check annotation size when cutting

annotation might have been deleted

catch control down before editing null pointer

22 = scrollbar and insets widthcvs diff gui/AlignmentPanel.java

Must allow for scollbar and frame insets when getting headless width

LookandFeel must be set in headless state as window sizes will be affected

removed deprecated bits

find colours uncommented

sequence.getStart() in findTrueIndex

get fontmetrics from pg

Dont add null tooltip

New description

tooltips

set description for groups

Doesnt move with mouse, friendlier for mac users

Dont repaint tooltip

One class for edit name/description

slightly larger window edit name/desc

edit annotation name/description

Can edit annotation name/description

Consensus, conservation, quality labels may have changed

aligned not used

Dont export annotations if not visible

Unique name for new group and treegroup

Adjust features when cutting and pasting

make new dataset seq if residues deleted

copy feature: check for null values

aligned not used

Check valid residues in ss

Check seqs in group exist in this alignment

Any character non aa or nucleotide is a space

moved painting routine

consensusColouring never used

Draw helices correctly

Use util toHexString

Output groups in annotation file

Dont clear graphics g before drawing the image

Image for labels, stops flickering

New view copies annotations across

Tooltips for group names, descriptions

Description added

SequenceGroup parsing added to annotation file