added colSel as a parameter formatAdaptor print function to allow editing of annotation embedded in output.

convenience constructor for duplicating an annotation and editing it for hidden columns

javadoc and operator for editing AlignmentAnnotation to remove hidden columns

javadoc

always update PDBEntry list if DBRefEntries might have changed

updatePDBEntry method to add any PDBEntry from the list of DBRefEntries

use pdb refsource string

javadoc

friendlier sequence names for protein products

better support for TreeNode binding

javadoc for jalview_properties tags

switched to apache zip tool for doc IO

modifiable lock check

ascii file

beginning of vamsas/local object synchronization pattern implementation.

added store of undo/redo hash for each alignment so local state changes can be detected. Dataset and alignment sequences are now synchronised with document on updates and commits.

primitive methods for getting current undo/redo state and comparing with another (to be used for indicating if an alignment is unsaved since last changed, or in the vamsas synchronization mechanism)

fix class-cast exception and added beginnings of DBRef inference mechanism

pathological vamsas archive update fix ?

ascii file

added support for loading a vamsas document into a new vamsas session.

better reproduction of compact newick files (removal of unecessary spaces)

choose a particular vamsas session, load, or create a new session and export the current session.

ensure dbrefs are added to dataset sequence.

client update to fix appData read triggering document modification bug.

formatting and ensure that dataset is actually searched for sequences with dbrefs that correspond to a dbref crossreference sequence being retrieved (still outstanding bug for embl->proteinprod->emblcds retrieval

added action for saving the current session as a vamsas archive.

Maps are usually added to DbRefs which are added to dataset sequences.

added a more general DBRef search interface

bootstrap regex 'fixed' and ugly hack to try and get comment skip working correctly for chunglong chen .branch file (sent to help at jalview)

args for emblfile parser main method

fixes bootstrap bug noted by Chunlong Chen in email to jalview-help

removed href in the jnlp generation

basic fix for pfelkers problem with ':' in the last saved file history - outstanding todo to ensure that user is prompted to choose a better filename.

gff parsing when no start or end position is defined.

added CSV export of annotation rows to application.

appdata bugfix in vamsas client library

*really* make sure database references are stored and recovered for all sequences

ensure codon mappings and database references are merged back onto alignment

sequenceMappings go on boh datasets involved in a mapping (if a mapping spans two datasets)

refactored and ensured alCodonMappings are propagated to new alignments

store dataset references, sequence dataset ids, and reconstruct dataset alignment shared by several alignments. Store and recover alignCodonMaps and dna/protein sequence relations.

improved vamsas treenode node binding support

moved dataset sequence creation onto sequence method

create dataset sequence method

removed autogenerated todo

updated source generation for castor-1.1-cycle patched

added aligned codon frames, and dataset reference ids for sequenceSet and sequences to project xml

applet and application menu entry differences and consensus only differences

dataset alignments have a reference count which must be zero before they are finalized.

remove null pointer exception when embl file is not retrieved and comment about selecting for peptide or na sequences

todo comments

proper vamsas style binding of alignment sequence objects to newick node labels. modified binding of vamsas alignment to the SequenceSet id from the alignment viewport.

slightly faster validation patch (logging message concatenation and IdentityHashset patch to 1.1-cycle source)

bugfixed and removed some inefficiencies in marshalling

popup for non-fatal tree parsing error

quick fix for exceptions due to invalid embl refs

fix serious repetitive exceptions if user closes colour dialog box without selecting colour

catch occasional -ve imgWidth exception

added failsafe fix for cases where null sequence names are passed to constructor

introduce beginning of bug fix for parsing atv style newick tree files where the NHX comment appears between the node info (label bootstrap:distance[nhx&...]). Comments now raise a non-fatal warning message about incorrect tree parsing.

added facility for sending non-fatal warnings back to caller.

fixed typo in new 2_3 startup file default value

give treeviewer description its own contents entry and link it in better.

generalise name of prediction method

ensure default source dist is relative to basedir of build

allow source dist archive to be an absolute filename

added source-dist task

histidine should be midblue (noticed by Peter Knight via jalview-help)

comment concerning null exceptions generated when annotations read from a file are rendered in the applet

null pointer exception blocked redraw of annotation added to alignment via applet's annotations parameter

javadoc and bugfix for 'save' when jalview is default format

updated vamsas library (version for iscb demo)

ignore contents of this directory

added the '-tree' parameter to open a tree from the command line

javadoc

ensure current dataset reference is passed to the crossReference search method

added tree as an applet to application servlet parameter

null pointer exception bug fix

debugging cross references and duplicate sequence db refs

test cc change revoked.

test cc

javadoc

property for including debug info in classes

todo comment

fix crossRef retrieval so either protein OR nucleotide

uniprot synonym

better vamsas tree io (for when there are no nodemappings)

bugfix for vamsas demo

IO rearrangement for AMSAFile output

bugfix for vamsas demo and IO rearrangement for AMSAFile output

ignore random stuff to do with eclipse

preliminary IO classes - read javadoc for purpose

pickmanager on sequence and alignment position, vamsas pick broadcast and refactor for new DBRef management and generalised source and entry retrieval mechanism for references and cross references

refactor

new DBRef management and generalised source and entry retrieval mechanism for references and cross references

more semantic groupings of dbs

debugged mappings and translated sequence recovery

preliminary states for pca distribution io

preliminary methods for detecting internal sequence nodes