JAL-2944 expose UI update methods in api

JAL-2944 remove modal prompt logic and expose methods for adding structure data to a view via the StructureDisplay API

JAL-2944 pull up structure viewer discovery routine to Desktop

JAL-2929 unit test, tidy unused/unneeded fields/parameters

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 don’t use deprecated api for getting font metrics

JAL-2754 fix eclipse compilation error about referencing deprecated API via @see

JAL-2929 use configure Overview gap colour instead of white past end of sequence

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 dont put '<>' in <echo> text!

Merge branch 'patch/JAL-2754_patch2104forJava8' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2754 clean up proguard path spec and config variables

JAL-2754 renamed proguard.jar to include version number

JAL-2754 5.3.3 update of proguard.jar

JAL-2754 update to specify Java 1.8(+)

JAL-2754 update to Java 1.8

JAL-2922 update FeatureRenderer and repaint feature settings after Invert Selection

JAL-2893 enabling Get Crossreferences to ENSEMBLGENOMES

JAL-2893 include ENSEMBLGENOMES as a 'roundtrip db source'

JAL-2679 reinstating changes lost in VCF merge

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblLookup.java

JAL-2930 JAL-2924 JAL-2913 JAL-2926 JAL-2906 2.10.4 release notes

JAL-2913 use FIGURE_FIXEDIDWIDTH (not FIGURE_USERIDWIDTH)

JAL-2885 tests updated for code changes

JAL-2930 use MouseWheelEvent.getPreciseWheelRotation, not getWheelRotation

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 [2] not [1] for Boolean column of table

Merge branch 'bugs/JAL-2922' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2922 i18n and bespoke handler for Invert Selection

Merge branch 'bug/JAL-2924nullTooltip' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2926 fix copy group consensus (and paste sequence with space in name)

JAL-2925 handle empty annotation when copying group consensus

JAL-2913 use FIGURE_USERIDWIDTH for fixed id width property

JAL-2924 no tooltip over null annotation positions

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch_merged_JAL-2759' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2759 release notes for 2.10.4

Merge branch 'feature/JAL-2759' into merge/JAL-2759_2104

fix for JAL-2922 - update states all at once and then refresh

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif - in build.xml too :)

JAL-2885 release notes

Merge branch 'features/JAL-2885UniprotHttps' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2885 xfam https

JAL-2885 XFAM_DOMAIN->XFAM_BASEURL

JAL-2885 Ensembl* -> https

JAL-2885 ENSEMBL-DOMAIN -> ENSEMBL-BASEURL

JAL-2885 renamed base URL getter from getDomain..

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 ID width adjuster needs to be white !

JAL-2666 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2666' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif and use int constants in place of width/height of image when switching between margin adjustment active/inactive mouse cursor

JAL-2906 typo fixes

JAL-984 release notes

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-294 remove unneeded paint() method

JAL-984 remove commented/unnecessary if clause

JAL-2906 release notes for 2.10.4

Merge branch 'bug/JAL-2778again' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2778 reinstate transparent windows to avoid ugly borders on OSX

JAL-2778 Adjust cursor changes in overview panel

JAL-2778 Revert back to old synchronisation

Merge branch 'bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 bump release version and cut new release note entry

JAL-2780 scan all test IDs before testing and reporting test failures - currently failing for 4im2 and Resnum==0 (seq pos 0)

JAL-2780 SequenceI.findFeatures takes column numbers in base 1…


JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but still keep track of ‘unobserved’ counts for bookkeeping

JAL-2780 JAL-2781 only create a mapping entry or write a character to the ‘mapped sequence’ for observed residues regardless of to/from coordinate frames

JAL-2781 JAL-2780 include sequence start number when computing position in PDB sequence when mapping from PDB to PDB

JAL-2781 ensure Trim is disabled before test starts

JAL-2781 refactor ‘trim retrieved sequence’ preference key to string constant for reuse in tests

JAL-2781 null local siftsClient variable if exception occurs (probably not needed but clearer this way ?)

JAL-2781 refactor StructureSelectionManager.siftsClient to local variable in computeMapping

JAL-2781 FIXME: value of sourceType parameter always overwritten

JAL-2781 refactor possibly non-functional ‘extract secondary structure’ logic out of computeMapping

JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping

JAL-2781 mark aligned positions via StructureMapping’s Mapping object, and transfer residue positions via the Atom.resNum position rather than Residue.number

JAL-2780 JAL-2781 include a Mapping object in StructureMapping to pass to sequence annotation and feature transfer

JAL-2780 JAL-2781 UNASSIGNED positions marked as Integer.Min

JAL-2781 fix test data for full length annotation

JAL-2789 avoid using transcript (with no UTR) as CDS sequence

JAL-2789 code format changes only (before functional fixes)

JAL-2666 fix failure to scroll split alignment of height 1

Use the “PDBe” or “PDB” numbering (starts from 1, corresponds with the PDB SEQRES record) to map to the dataset sequence if its primary coord system is PDB. (fixes StructureSelectionManagerTest.testMapping_EqualsSeqFeatures with 4im2_missing.pdb).

JAL-2780 JAL-2781 should always ensure SIFTS mappings are made to dataset sequence rather than the alignment sequence.

JAL-2666 basic initial fix for split screen scroll bug

JAL-2780 JAL-2781 run sequentially and ensure windows are closed so structureselectionmanager is tidied up after each test.

JAL-2780 JAL-2891 clear all windows always beforeTest for Jalview2XmlBase

JAL-2902 catch case where viewer is closed (therefore binding is null) before hasMapping is called. technically, hasMapping should return false… but not if it is being used to poll.

JAL-2902 thread off dialog close op to avoid deadlock on the main swing thread.