Merge branch 'develop' into efficiency/JAL-2034_JAL-1421

JAL-1552 fix JAL-2122 resolve File->string before adding to List<String>.

JAL-2119 updated Valdar group link

JAL-2119 fixes for broken links in help files

JAL-1989 tightened up use of flag for 'column selection changed'

JAL-1989 added hashCode and equals, renamed field to avoid name conflict

JAL-1911 use existing object when setting 'Prompt each time' selected

merge

JAL-1823 improvement to all chain code specification from manual pdb entry mode

JAL-1911 further improvement to bugfix - do not save i18n text in preference file

JAL-1942 small tidy (formatting, explict imports, typed list, spelling)

JAL-1911 correct typo in field name

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JAL-1911 improvement to bugfix - do not save i18n text in preference file

JAL-2030 - add servlet-api-3.1.jar to installAnywhere build

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

merge

JAL-1911 bugfix - do not save i18n text in preference file

JAL-2121 refactor todo

JAL-391 add reverse / complement to command history for Undo / Redo

JAL-2035 relocated a comment

JAL-2089 update developer doc

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1400 JAL-2089 allow configurable signature algorithms
JAL-1400 JAL-2089 update developer docs for webstart testing

JAL-1551 formatting

JAL-1552 refactor shared dataflavor hander
JAL-1552 fix: fallback to text/plain if other flavors fail

JAL-1670 add non-positional feature with link to demonstrate link from
sequence id context menu

JAL-1993 open sequence fetcher tree on 'fetch sequences'

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

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JAL-1919 JAL-1479 user help docs

JAL-1552 extra debug logging for dataflavor if drop has no data

merge

JAL-1911 bugfix - do not save i18n text in preference file

JAL-1797 non-case-sensitive counting of residues / gaps

JAL-2008 drag to reorder features not available in applet

JAL-2079 update examples to new pfam.xfam.org domain

JAL-1522 patch - try to pick best text dataflavor

JAL-2114 explicit invalid test cases added

JAL-2114 accept "<123..178" or "123..>178" format

JAL-2115 updated web link for MAFFT (and one typo)

JAL-2049 unit test updated for HGVS syntax, feature group = "Jalview"

JAL-2114 added single-locus case and more error tests

JAL-2114 parser + tests for GenBank location descriptors

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JAL-1563 User documentation for Uniprot FTS

JAL-1563 smarter support for advanced querying of Uniprot FTS

JAL-2049 set sequence feature group to "Jalview" for computed protein
variants

JAL-2049 use HGVS notation for variant on protein residue

JAL-2106 JAL-1926 updated source doc for set/getSourceDBRef

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JAL-1270 Fixed anntatedPDBFileInputTest and updated implementation for testDeriveSequence_existingDataset method in SequenceTest

JAL-2105 capture Ensembl data version, check REST version (per domain)

JAL-2104 format tooltips to wrap correctly

JAL-1563 updated uniprot FTS config file

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JAL-2101 JAL-2071 JAL-1563 Added fix to enable searching for old entry names in Uniprot FTS, modified Uniprot FTS data column config file to ensure query consistency with uniprot.org, formatted page range number in FTS summary panel, fixed broken tests, and added Jalview licence header to the Uniprot FTS data column config file

JAL-2102 implemented improvement to round FTS's numberic data columns to a configurable number of significant figures, and added Jalview licence header to the PDB FTS data column config file

JAL-2098 identify feature file with "<" in feature type name

JAL-2018 export graduated feature colours correctly

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 fix javadoc

JAL-192 JAL-2099 unused variables

JAL-1551 formatting

JAL-192 JAL-2099 reuse refactored scale code for wrapped view

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #3

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #2

JAL-192 JAL-2099 factored out calculation from rendering code #1

JAL-2100 centre triangles on hidden column vertical mark and place them below numbers on ruler

JAL-2100 optimisation

JAL-2100 triangles shown below in jvdesktop unwrapped ruler

JAL-192 patch off-by-one for pathological gap case
JAL-2099 fix incorrect numbering with hidden-columns

JAL-2068 better documentation in example script

JAL-192 patch for off-by one and pathological case (hide inserted regions + set reference sequence -> column positions numbered with seq-number+’-‘ ! )

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git
into develop

Conflicts:
lib/xercesImpl.jar

JAL-2074 reinstated xerces-impl.jar

Revert "JAL-2074 removed xerces to explore wierdness"

This reverts commit e9ed820777700129be68c32f9fb80a84acd381b9.

JAL-2092 hide columns with/without feature

JAL-2074 corrected classpathentry for Groovy 2.4.6

Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

merge

JAL-1563 JAL-2091 Added total result count to Uniprot pagination, implemented caching of selections for FTS services pagination, and added horizontal scrollbar to structure chooser summary table

JAL-2090 removed test for Java > 1.1 to enable transparency

JAL-2050 hide introns also when fetching Ensembl xrefs for Uniprot

Merge branch 'r291_docs' into develop

JAL-2091 disable pagination buttons during initialisation

JAL-1563 JAL-2091 Added generic pagination for FTS Service, pagination for PDB FTS, error handling for Uniprot FTS rest client and minor refactoring/housekeeping

JAL-1563 Fixed Uniprot FTS result-set count error, added blank image placeholder to prevent UI from jittering during a search operation, reverted timer for search textfield back to 1.5ses

JAL-1270 move some Network tests to External (require third-party services)

JAL-1270 capitalise test groups

JAL-2089 JAL-1551 formatting

JAL-2089 release 2.9.1 entry in release notes

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JAL-1563 house keeping/updated API doc for new method added for FTS pagination

JAL-1563 Further increased swing timer for search textfield to 2500ms, removed 1200ms delay which was initially added to enable the search summary table initialise without interference, and implemented pagination for Uniprot FTS

JAL-2051 better checking of retrieved / duplicated accession ids

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 need visible and actual sequence limits for scale

JAL-192 fix bounds when no hidden regions, and when sequence contained in hidden region