JAL-2599 fix background frequency storage and correct colour scheme

JAL-2629 fix for hmmbuild not loading a HMM onto the current frame

JAL-2629 add hmmbuild validation check which also gets the HMMER version

JAL-2629 prevent hmmbuild from running if there are no sequences

JAL-2629 configure file chooser to select either a folder or a file

JAL-2629 add checks for executing hmmer commands as .exe

JAL-2629 fix file loading issues on Mac

JAL-2629 add HMMER version check

JAL-2629 selected HMM name now shown in HMMER menu

JAL-2629 exported HMMs are now named correctly

JAL-2629 fix uniquified sequence names appearing when running hmmbuild

JAL-2599 fix HMMER scheme not colouring inserts and made red darker

JAL-2629 the HMMER tab is now disabled when HMMER is not installed

JAL-2629 remove annotation when exporting for hmmbuild

JAL-2629 remove gap padding, and now has option to remove annotations

JAL-2629 add insert sequence at method on alignment

JAL-2629 fix expected length error for hmmbuild by uniquifying sequences

JAL-2629 add padding for .sto annotations to fix issues with hmmbuild

JAL-2629 remove redundant options from HMMER menu

JAL-2629 add validation for HMMER path

JAL-2629 fix incorrect gap insertions on HMM sequence

JAL-2629 fix issue where trim termini setting would not update

JAL-2629 hmmalign can now be run from the sequence pop-up menu

JAL-2629 add force alphabet type for HMMER commands

JAL-2629 fix issue where HMM sequences would be too long

JAL-2629 add HMMER tab in preferences menu

JAL-2629 delete unnecessary buffer files for hmmer commands

JAL-2629 add ability to build a HMM from a group

JAL-2629 add ability to select HMMs

JAL-2599 HMMs can now be dropped onto the desktop

JAL-2629 hmmalign now correctly creates a new frame

Merge branch 'features/hmmer' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into features/hmmer

JAL-2629 fix files permission issue on Mac

JAL-2599 fix for issue where info annot would not display

JAL-2599 fix for issue where info annot would not display

JAL-2599 add uniref 50 hmm example

JAL-2629 buffers are now temporary files

JAL-2629 removed unnecessary exception throws from Jalview main method

JAL-2629 disable AAFrequencyTest compilation error

JAL-2616 fix allowing clan sorting to work

JAL-2599 fix for index issue on node lookup

JAL-2629 add ability to select hmmer binaries folder

JAL-2629 fixed hmmalign failing due to differing sequence lengths

JAL-2629 current hmmer commands are now executed in threads

JAL-2599 fixed information annotation buttons not working

JAL-2629 hmmbuild now runs on alignments of different lengths

JAL-2629 multiple HMMs can now be dropped onto an alignment

JAL-2599 fix for HMM logo not normalising correctly

JAL-2599 fix issue where parser exported map annotation incorrectly

JAL-2599 fix for information annotation buttons

JAL-2629 add hmmalign command

JAL-2629 implement hmmbuild

JAL-2629 moved HMM storage location to placeholder sequence

JAL-2629 HMMs now map to reference annotation if exists

JAL-2629 add non-functional HMMER menu

JAL-2616 add ability to perform random alignments within clans

JAL-2616 add placeholder sequence for HMM, does not yet align properly

JAL-2616 add ability to change location of family and hmm data

JAL-2599 add a couple of test files not included in previous commits

JAL-2616 add test class and test files for analyser

JAL-2599 .hmm parser should now accept older .hmm files

JAL-2616 add ability to sort Pfam families and HMMs into clans

JAL-2616 remove statistical analysis from AlignFrame

JAL-2599 small code improvements

JAL-2616 add documentation for probability analyser

JAL-2616 add probability distribution analyser class

JAL-2599 add ability to process RNA HMMer files

JAL-2599 complete documentation for HMM and HMMFile classes

JAL-2599 modified state transition probability storage

add partial button fix to annotation and statistics output

test HMM annotaTION

complete Information Content annotation

add information content calculations

transferred the storage position of the HMM to annotations

test HMMER colour scheme

add HMMER colour scheme

fully integrate HMMER3 file format into Jalview

create method to test HMM model as string

restructure file exporter

add tests for HMMFile class

add HMMFile class to read and write HMM files

Update HiddenMarkovModel class

Add HiddenMarkovModel class

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 release notes for JAL-2547, JAL-2563, JAL-1256

Merge branch 'JAL-2571' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2398 - updated groovy script for direct field modification

JAL-2418 JAL-2563 release notes

JAL-2418 typo

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2375 fix unit test to reflect improvement

Fixed failing tests

JAL-2533 updated unit test to reflect improvement

JAL-2547 handle contact features 'around' a gap correctly

JAL-2573 Fixes for alignment < viewport width, and similarly height

JAL-2547 tooltip/AmendFeatures on gap straddled by feature, not for
adjacent feature

JAL-2571 Corrected alignment width/height checks to visible only

JAL-2570 don't zap group colour scheme when mapping over split frame