WIP

JAL-3878 Implement RNA Sec. Str. Pred. discovery for slivka

JAL-3878 log full worker repr in AlignCalcManager

JAL-3878 Fix edit settings dialog prompting to discard changes on creation.

JAL-3878 Use slivka client's URL when building web service

JAL-3878 Add conservation service discovery

JAL-3878 Build interactive services menu

JAL-3878 Implement prot. seq. an. discovery for slivka.

JAL-3878 Implement gui elements for annotation servicces

JAL-3878 Create SlivkaAnnotationWSClient

JAL-3878 Add full name getter to ActionI

JAL-3878 Log status changes in annotation task

JAL-3878 Allow null value for action name

JAL-3878 Add action and task for annotation services

JAL-3878 Introduce IProgressIndicator#addProgressBar

addProgressBar adds a bar to the panel if it doesn't exist
ensuring that the bar is present after the call contrary
to setProgressBar which toggles the progress bar on and off.

JAL-3878 Fix method name to fireTaskRestarted

JAL-3878 Add char[] constructor to Sequence

JAL-3878 Make BaseJob setters public so they can be accessed by other tasks.

JAL-3878 Add fullName to BaseAction class which combines service and action name

JAL-3878 Move status precedence list to JobStatus class

JAL-3878 Add uid to WS Tasks

JAL-3878 Patch preferences window to use new discoverer.

JAL-3878 Fix discoverer being stuck on BEGIN state if task was cancelled.

JAL-3878 Add slivka discoverer and menu to AlignFrame

JAL-3878 Change align frame added to desktop to correct one

JAL-3878 Wrap infoPanel updates with SwingUtilities.invokeLater

JAL-3878 Fix re-alignment-capable services detection.

JAL-3878 Clear services list on reload.

JAL-3878 Fix task status precedence calculation

Task status could only go up from the current status.

JAL-3878 Fix NullPointerExceptions caused by nulls in arrays

JAL3878 Implement slivka service discoverer

JAL-3878 Move action name initialization to its own setter.

JAL-3878 Create ws2 client for slivka services

JAL-3878 Add builders to each service parameter class

JAL-3878 Create service agnostic param datastore and set

JAL-3878 Create beans for un/marshalling service parameters

JAL-3878 Create abstract ws discoverer providing common skeleton

JAL-3878 Connect alignment services with gui

JAL-3878 Move array index search to ArrayUtils

JAL-3878 Create web service menu manager.

JAL-3878 Add hasPresets and hasParameters utility methods to ParamDatastoreI

JAL-3878 Add WebServiceProviderI - a view of services.

JAL-3878 Improve performance of gap sequence construction.

JAL-3878 Add web service reference to actions.

JAL-3878 Change visibility of WebService methods to public.

JAL-3878 Create alignment service "backend" classes

JAL-3878 Implement AlignmentAction#perform method

JAL-3878 Remove unused JobStatus methods

JAL-3878 Create abstract base classes for non-interactive tasks

JAL-3878 Fix typo in method name (getAlignemnt)

JAL-3878 Add serviceExecutor to AlignmentViewport.

The serviceExecutor is a ScheduledExecutorService which
(web)services can use to run jobs associated with the current viewport.

JAL-3878 Separate server job handle from task's sub jobs.

The former is represented by WebServiceJobHandle class
which is a immutable container of data identifying the job
on the server. The latter, represented by JobI interface,
stores the current state of the job. In principle, a service
job does not need to be tied to a web service client.

JAL-3878 Provide javadoc for WebServiceClientI interface

JAL-3878 Create skeleton for alignment service action

JAL-3878 Create abstract base class for actions.

JAL-3878 Fix typo in getTooltip method name

JAL-3878 Move WebServiceJob class to jalview.ws2.api package

JAL-3878 Move CredentialType class to jalview.ws2.api package

JAL-3878 Create TaskEventListener interface.

JAL-3878 Create action and task interfaces.

JAL-3878 Add interactive flag to WebService class

JAL-3878 Create web service class - container for service metadata and actions

JAL-3878 Add WebServiceJob class.

JAL-3878 Add interfaces for classes dealing with server communication

JAL-3878 Add universal id generator to MathUtils.

Merge branch 'JAL-3927_ws_preferences_dialog_fix' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'update/JAL-3066_updated_testng' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3927 Make url checks asynchronous in preferences dialog

JAL-3066 Fix ambiguous assertEquals casting values to double.

JAL-3066 Vastly updated testng libs

JAL-3066 Remove redundant throws declaration from SlivkaParamSet constructor.

Merge branch 'JAL-3866_RNAalifold-slivka-client' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'alpha/JAL-3899_deuniquify_refactor' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3899 Replace prints with logger messages.

JAL-3899 Update usages of uniquify and deuniquify.

JAL-3899 Refactor sequence de/uniquification.

Add RNAalifold service instance to slivka web services.

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3807_jpred-with-slivka' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge commit '0b438477b16470202bddfecb54e0587036b37202' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3066 Fix NullPointerException thrown when showing HMMER run dialog

JAL-3854 patched SeqSeqUtils.deUniquify to not use instanceOf - seems to work

JAL-2994 disable tests for FileUtils path search methods on bamboo

JAL-3848 slivka preferences in javascript

JAL-3848 reinstate Fetch DB References submenu

JAL-3848 update jalview core with slivka classes, example file import and structure view

JAL-3848 add compbio and jalview to direct connection list for J2S

JAL-3853 - tweak test again - since failed a few commits after f6cb90d43782ca99cf2b1cbee2dc76bca3d1d466

JAL-3848 update swingJS runtime and transpiler to 3.3.1

Merge branch 'improvement/JAL-3848_slivka_0.8' of https://source.jalview.org/git/jalview into improvement/JAL-3848_slivka_0.8

JAL-3848 Update slivka client javajs library.

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3848 enable slivka services dialog in JalviewJS

JAL-3853 JAL-1870 toggle to enable/disable posterior probability transparency when rendering per sequence annotation row scores .. needs more work

JAL-3853 JAL-1870 patch tests for annotation colour gradient without transparency/per sequence annotation score encoding

JAL-1950 patch groovy bootstrap for importing hmmer3 json

JAL-3853 patch sequence annotation report code and tweak the test. When merging from 2.11.2 develop there will be conflicts that need merging re HTMLXML tags

JAL-3848 ensure annotation from a service gets a calcId so it can be updated and tracked across multiple views - nb - service.getId() probably isn’t the right value to use for this!

JAL-3848 don’t include sequence limits in sequence id as it confuses slivka-0.8’s jalview-feature-file creation script

JAL-3848 - actually test the Slivka and JABAWS disorder services - nb still need asserts to verify the disorder annotation from Slivka looks like Jabaws

JAL-3848 print exception for failed align jobs