JAL-2210 add uniprot+mapping between ENST and ENSP seqs

JAL-2210 patch network test for additional refs

JAL-2210 JAL-2235 fix deriveSequence test for tightened up setDBRefs and addDBRef behaviour (always add to dataset sequence if present)

JAL-1270 read test props before manipulating config for this test

JAL-2235 patch tests where self-reference was used for dataset sequence ref

JAL-2235 implicit test to check that exception is raised for non-dataset reference

JAL-2235 raise exceptions if self reference or reference to non-ds sequence is passed to setDatasetSequence

JAL-2210 patch for when no DBRefs on sequence

JAL-2210 instrument setDBRefs to call ensurePrimaries
JAL-2210 defer setDBRefs to datasetSequence if available

JAL-2210 JAL-2232 check response code before attempting to get the content to avoid IO error raised for HTTP 400

JAL-2232 extract EMBLCDS refs from EMBL refs on Uniprot XML.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2210_ensembl_uniprot_primaryrefs_alternate

JAL-2210 formatting

JAL-2210 report stack trace for unexpected exceptions

JAL-2210 promote direct dbrefs from verified sources to primary for a sequence

JAL-2210 resolve todo - addDBRef adds to dataset sequence. test needed

JAL-2231 save preferred scroll height _without_ progress bar message

JAL-2230 JAL-2049 added sequence feature transfer to
testMakeCdsAlignment

JAL-2230 use correct mapping to transfer features to CDS!

Merge branch 'releases/Release_2_10_Branch' into develop

JAL-1919 whats new link

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2164 JAL-1919 fixed failed revert commit

JAL-1957 JAL-1479 tweak SIFTS mappings documentation, add to what’s new section

JAL-1957 JAL-1479 mention SIFTS mappings in PDB Structure viewing instructions

JAL-1957 release notes

JAL-1962 release notes

JAL-2214 fix docs (consistent and correct base pair terminology) and link to ‘sequence logo’ docs for strucConsensus logo


Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-2189 JAL-1479 JAL-1491 JAL-1827 release notes

JAL-2214 Javadoc

JAL-2275 release notes

JAL-2151 release notes

JAL-1421 use declared type of ResidueProperties.propHash

JAL-2168 -news release notes

JAL-1421 typed ResidueProperties.propHash; JAL-2176 removed propHash
from Conservation constructor, ResidueProperties.codonHash

JAL-1557 release notes

JAL-2189 bumped date to 27th September \o/

JAL-2216 null currentAlignFrame on close all windows; remove action
listener from Window menu item when window closed

JAL-2189 JAL-1812 JAL-2068 new groovy docs (new files add to commit c8c1f2a)

JAL-2189 JAL-2092 popup show/hide cols with feature docs

JAL-2216 finalize call super.finalize()

JAL-2216 finalise corrected to finalize

JAL-2216 explicitly null AnnotationPanel and AnnotationRenderer fields
when closing AlignmentPanel

JAL-2189 JAL-2077 note about CTRL-Click to right click on OSX

JAL-2189 tidy up docs

JAL-2216 finalize() refactored so not called programmatically

JAL-1812 JAL-1868 release notes

JAL-2216 new dispose() method to null references

JAL-2189 JAL-1812 JAL-2068 new groovy doc section and example featureCounter script

JAL-2216 finalize call super.finalize()

JAL-2189 JAL-2171 JAL-2214 JAL-1841 JAL-2215 release notes

JAL-1841 JAL-2214 updated RNA Structure Consensus documentation

JAL-2214 JAL-1841 compute canonical, canonicalAndWobble visually distinguish dominant proportions as (,[,{ in histogram label

JAL-1841 JAL-2215 add the ‘ignore gaps’ structure consensus fraction

JAL-2214 test for strict Watson-Crick pairing

JAL-2215 fix - trigger alignment update when ‘ignore gaps’ setting changed

JAL-2189 reworked annotation docs
JAL-2171 autocomplete RNA ss symbol for interactive annotation

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_Branch

JAL-1306 calculate Quality also when Conservation not enabled

JAL-1577 release notes

JAL-2027 releasenotes

JAL-1563 release notes

JAL-2189 JAL-2002 revised the structure chooser documentation

JAL-2189 Release notes for JAL-2079 JAL-2084 JAL-2054 JAL-2099

JAL-2189 JAL-1369 JAL-192  expand referenceseq documentation

JAL-2189 what’s new - ensembl, new structure stuff, reference seqs

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2175 JAL-2170 fix sense for assertEquals

JAL-2118 reorder annotations after add/delete/hide/change name

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2172 test and code updates for readonly selection list

merge

JAL-1353 small tidy of test

JAL-1270 use test properties file

JAL-1795 JAL-2206 prevent NPE when no data returned from Ensembl fetch

JAL-2189 clear out old what’s new and add ensembl and uniprot

JAL-2189 JAL-1705 JAL-1795 ensembl fetching docs

JAL-2089 tidied docs for sequence fetcher


JAL-2089 release notes

JAL-2089 zero day for 2.10 - 20th Sep 2016

Merge branch 'patch/JAL-2164_updatesRESNUMtests' into develop

JAL-2157 JAL-1803 refactored Sequence.updatePDBIds, parse DBRefs with
chain appended

JAL-2164 update asserts for padded residue numbers in RESNUM tests

JAL-2183 don't open two free text panels; give input field focus

JAL-2183 avoid duplicate closeDialog()

JAL-2164 removed unused parameters from JmolParser constructor

JAL-1270 JAL-1919 ensure Temp Factor is OFF for test to pass

JAL-2164 create RESNUM features with padding the same as for pre 2.10 features

JAL-2168 simpler help text re -nonews

JAL-2164 JAL-1919 disabled PDB file parser configuration option

JAL-2119 keeping gmungoc happy by not running linkcheck on every eclipse build of Jalview

Revert "JAL-2164 JAL-1919 disabled and removed PDB file parser configuration option, JmolParser is now the sole parser for parsing PDB and mmCIF format files."

This reverts commit 13bc8a3fb89b083922d9fa9dad5050e6aaa1f661.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1803 tests added for PDBEntry.Type

JAL-2164 JAL-1919 disabled and removed PDB file parser configuration option, JmolParser is now the sole parser for parsing PDB and mmCIF format files.

JAL-1803 extracted class ChainId to jalview.util.CaseInsensitiveString,
tightened equals(), hashcode(), tests

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2195 bug fix to enable restoring jmol session save on Windows on OSX