JAL-1452 nucleotide/protein default colour; JAL-845 SplitFrame refactor

JAL-1452 distinct colour preferences for nucleotide and protein

JAL-845 SplitFrame for "show product" and after aligning from SplitFrame

JAL-1677 commenting use of AlignViewport.gatherViewsHere

JAL-1677 Castor source changes

JAL-845 set top and bottom seq id widths the same

JAL-1677 save/restore SplitFrame to Jalview project

JAL-845 repaint of complementary selection (applet)

JAL-1619 split frame now offered in applet 'input from textbox'

JAL-1673 additional test (and trim of PDB resnum value)

JAL-1675 correct highlighting in Chimera for mouseover of sequence

JAL-1665 create dataset sequences in applet

JAL-1674 update both status bars when mousing over linked sequences

JAL-845 applet colour by tree; translate as cDNA; pull up history list

JAL-845 first rough applet SplitFrame (add parameter file2)

JAL-1633 set file format on 'translate cDNA'

Merge remote-tracking branch 'origin/merge/JAL-845_JAL-1640' into
features/JAL-845splitPaneMergeDevelop

Conflicts:
src/jalview/gui/Desktop.java

JAL-845 handling eXpand/Gather split frame views

JAL-1264 button labels (for panel currently not linked in menu)

JAL-1655 JAL-845 special support to set column width of protein panel 3*width of dna panel - probably should refactor logic to a SplitFrame.setStyle method call..

JAL-845 avoid OOBException when method is called with only one view

JAL-969 use AlignViewportI interface instance where ever possible in method signatures

JAL-1654 allow font to be specified without modifying column width

note about preserving/reinstating custom grid geometry for alignment (JAL-470) and for cDNA/protein JAL-845

JAL-1640 make font-size changes modify grid size again

JAL-845 - portability patch - workaround for lastToken failing for '\'

added comment to @gmungoc todo about referencing PDB entities in Javascript  - also verified JAL-592 is now a bug again and can be reproduced :(

JAL-845 @mungoc TODO comments - addAlignment needs a bit more thought

JAL-1382 slightly more efficient detection of non-gap entry in deleted region of sequence

JAL-1382 @mungo TODO done: use StringUtils for delete chars

JAL-966 @mungo TODO complete: List rather than bare int array

JAL-1264 unit tests fixed (have to explicit set annotation sort order)

Merge branch 'features/JAL-845splitPaneMergeDevelop' into merge_JAL-845_JAL-1640
minimal conflicts where list accessors were used in methods where logic
also modified on Desktop

Conflicts:
.classpath
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/TreeCanvas.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java

Merge branch 'develop' into JAL-1640_stylesettings

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into
features/JAL-845splitPaneMergeDevelop

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java
src/jalview/datamodel/Sequence.java
src/jalview/ext/jmol/JalviewJmolBinding.java
src/jalview/ext/rbvi/chimera/JalviewChimeraBinding.java
src/jalview/ext/varna/JalviewVarnaBinding.java
src/jalview/gui/AlignFrame.java
src/jalview/gui/AlignViewport.java
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
src/jalview/gui/AnnotationColourChooser.java
src/jalview/gui/AnnotationLabels.java
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/Jalview2XML.java
src/jalview/gui/JvSwingUtils.java
src/jalview/gui/ScalePanel.java
src/jalview/gui/SeqCanvas.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java
src/jalview/gui/TreePanel.java
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/viewmodel/AlignmentViewport.java
src/jalview/ws/AWSThread.java
test/jalview/ws/jabaws/JpredJabaStructExportImport.java
test/jalview/ws/jabaws/RNAStructExportImport.java

JAL-845 further code/tests/refactoring

Merge branch 'bug/JAL-1643_File-chooser-improvement' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-1640 new menu allowing view settings to be transferred from any other view on the desktop

JAL-1640 Desktop.getAlignmentPanel and Desktop.getViewports can now take a null argument to get all alignment panels or viewports in the Desktop

JAL-1551 formatting

JAL-1640 more properties moved to style bean and rationalisation of layout update logic (wrap/non-wrap,idwidth,etc) to smaller number of methods

JAL-1551 formatting

JAL-1640 JAL-966 is for boolean getter on AlignViewportI

merge commit

JAL-1643 jarred up the quaqua native libraries and added nativelib
resource tags for Mac OS X

JAL-1643 added quaqua filechooser and jni libraries to the InstallAnywhere distribution

JAL-1643 correct version of quaqua (8) plus THIRDPARTYLIB details

JAL-1643 renamed quaqua library to add version number

JAL-1643 modified jalviewFileChooser to retain default behaviour on other non-mac platforms

JAL-1643 Modified JalviewFileChooser to have a more native laf on mac

comment only

JAL-845 column mapping speed-up

JAL-845 SplitFrame key bindings delegation to AlignFrame menu actions

JAL-845 preparation for awareness of AlignFrame in SplitFrame for save

JAL-845 redundant 'map to self' removed from buildSearchResults

Comments added

JAL-845 code/refactoring/tests related to linking DNA and protein

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 added null check for sequence description field

JAL-1640 setStyle method and associated tests (required a sameStyle method to be added to interface to test ViewStyleI equivalence)

JAL-966 allow access to viewport interface from alignPanel

JAL-1640 getters and setters for viewStyleI - note the caller needs to trigger view repaints themselves after setting the ViewStyleI for a view

JAL-1640 copy constructor test and implementation by reflection

JAL-715 tweaks for SRBS description string parsing

JAL-1161 JAL-1606 note about awt/swing dependency in interface

Merge commit

JAL-1644 revised Finder's implementation to use a flag to enalbe searching an alignment's sequences description field

JAL-1640 JAL-1551 formatting/imports/remove dead code

JAL-1640 updates to use get/setter on viewportI: efficiencies - temp variables created for redraw loops and temp fields created where redraw involves multiple methods (methods made private where possible to avoid temp field being out of sync)

JAL-1640 separated style operations into a new ViewStyle databean (implements jalview.api.ViewStyleI)

Merge branch 'bug/JAL-1644_Finder-logic-improvement' into develop

JAL-1644 improvment of finder logic to include the sequence description field

JAL-845 linked protein/dna 'slave' further PoC functionality

JAL-1565 automatically mark query sequence as the sequence reference and hide any insertions to it

JAL-674 patch to make Mapping.compareTransferredToRefPDBAnnot test
    pass
        otherwise addAll throws an index not found exception with
inspos==-1

JAL-674 JAL-1270 added settings to ensure temperature and secondary
structure are propagated and finer grain checks on presence of annotation

JAL-1588 new class renamed

Merge branch 'features/JAL-1588saveChimeraSession' into develop

JAL-1588 restoring saved Chimera session(s)

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

JAL-1588 first working (?) restore of Chimera session incl bindings

JAL-1553 added help documentation and updated AnnotationColumnChooser to exclude MigLayout as it is not supported in applets

Merge branch 'feature_29/JAL-1372_referenceseq' into develop

JAL-1541 changed assert to JUnit assert - test now fails for current version of BioJS export method

JAL-1551 formatting

JAL-1286 don't print an exception if a non-gzip stream is attempted to be opened as gzip

JAL-1551 crlf changes

JAL-969 hasHiddenRows is now an interface method

JAL-969 drop the hiddenColumns flag in favour of checking current state of columnSelection

Merge branch 'develop' into feature_29/JAL-1372_referenceseq
finessing between two branches where bugs are patched twice
Conflicts:
src/jalview/appletgui/ScalePanel.java
src/jalview/appletgui/SeqCanvas.java
src/jalview/datamodel/ColumnSelection.java

JAL-1619 javadoc/tidy

JAL-1635 show warning if less than 3 columns selected for translation

JAL-1628 tweak signature of core annotation printer for outputting hidden columns and view names via VIEW_HIDECOLS and VIEW_DEF

JAL-1551 formatting/imports

JAL-1551 JAL-962 formatting and code change ripples from changing HiddenColumns & accessor from Vector to List<int[]>

Random DNA generator tarted up

Merge branch 'features/JAL-1553_improvement-select-column-by-annotation-row-query-interface' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1553 fixed null pointer exception thrown in SeqCanvas and ScalePanel of jalview applet while attempting to redraw the panels when hidden columns no longer exists

JAL-1551 source code formatting