JAL-4090 JAL-4293 JAL-4325 release notes

JAL-4090 JAL-4218 patch and release notes - don’t include dist in tarball

JAL-4090 marked JAL-4290 as a knowndefect

JAL-4090 JAL-4110 JAL-3599 release notes

JAL-4090 JAL-4310 JAL-4298 JAL-4282 JAL-4223 release notes

JAL-4090 JAL-4147 documentation for revised sequence associated annotation display and pop-up menu

JAL-4090 release notes for JAL-4304,JAL-4305 and JAL-3783 and marking JAL-4323 as known issue (groovy scripts colourschemes and file formats)

JAL-4289 JAL-4253 lower end of group boundary vertical needs to be flush with horizontal

JAL-4090 JAL-4281 JAL-4311 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project' into develop

JAL-4281 patch test so it passes on build server and accepts different legacy idwidth on macs

JAL-4090 release notes for JAL-4315

Merge branch 'feature/JAL-4315_fc_draganddrop' into develop

JAL-4090 JAL-4317 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4317_enablefeaturewhenadjustingstyle' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
and regenerated schema binding

Merge branch 'patch/JAL-4260_fix_up_select_via_ruler_in_wrapped' into develop

JAL-4260 encapsulate logic for resolving nearest column and do better using it in wrapped mode for drags/clicks/popups on alignment

JAL-4260 reinstate annotation auto-id-width for wrapped view in headless mode (JAL-244) whilst still right-aligning labels

JAL-4260 fix up click/drags on ruler area in wrapped mode.

JAL-4260 right align the annotation labels regardless of width in wrapped mode.

JAL-244 noticed NPE exception was possible when visibility was adjusted in wrapped mode

JAL-244 knock on - make sure alignPanel is laid out properly after adjusting height. Probably a better

JAL-4319 Downgrade shadow(Jar) module to stop triggering clover

JAL-4317 enable display of feature when showing its colour or filter settings dialog, and restore original visibility if cancel is pressed.

Handle feature settings files loaded via drag and drop or import

JAL-4315 allow feature settings to be loaded from a file or input stream without the dialog being open

JAL-4315 identify feature settings file from its xml schema header

Merge branch 'patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4313_cme_in_tests' into patch/JAL-4311_import_pLDDT_scores_from_nonAlphaFold_sources

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4289_group_boundary_not_drawn_properly_in_fastpaint_or_paint

JAL-4312 defend against ConcurrentModificationException

JAL-4312 call AlignFrame.setAnnotationsVisibility on AWT thread from Commands

JAL-4311 fix ranking so models with like scores are sorted in their own group - AlphaFold 2 now selected as highest scoring model (58) over levyLab (50)

JAL-4311 failing test case for 3d-beacons epas1_human including levyLab alphaFold2 pLDDT scored result

JAL-4310 let the user know when model pages are not available for a 3d-beacons structure (and log URLs when they are opened).

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4124_dont_duplacate_PAE_data_acrossviews

JAL-4090 release weds 25th Oct 23 - JAL-4308 release notes

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'improvement/JAL-4308_smalleridtooltip' into develop

JAL-4090 defensive check for featureSettings redraws when feature filter attrbute is null (noticed whilst testing)

JAL-4308 reduce number of refs to 5, always have canonical reference first.

JAL-4153 avoid use of invokeAndWait, increase wait time and add timeout for the cache update test

JAL-1551 errant tab and import

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/Console.java
still needs some tidying up

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into develop

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4

Merge branch 'jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup' into develop

JAL-4090 update docs for changed gradle -P options for testng

JAL-1332 JAL-4298 JAL-3772 rejig the quit handler so we have a JVM-exit safe way of closing Jalview and all its merry console threads for test suite and when used as plugin

Merge branch 'patch/JAL-4110_stdout_for_tests' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4110 allow configuration of stdout/err test output via -Ptest_output=1 and update building.md

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4110_stdout_for_tests

JAL-4298 Update help docs to reflect Groovy changes

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into jims/bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 Remove a stray return in the processGroovyScript method. Mildy improve a groovy example. Ensure consistent setting of groovy variables with JalviewObjectI fields. Update the currentAlFrame when run from Calculate menu.

JAL-4298 reuse existing log level preference method

JAL-4307 also report molecule name in tooltip for show/hide HETATM

JAL-4298 another implicated line

Merge branch 'feature/JAL-4307_hetatm_showhide' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into develop

JAL-4307 some models return null for hetatm list

JAL-4298 try much harder to avoid modifying console gui anywhere outside swing worker threads

Merge branch 'patch/JAL-4298_synchronize_consoledoc' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Fix --nodebug turning off debug mode from properties

JAL-4298 comment markers

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-4298 avoid deadlock waiting to update doc when doc is being used by gui thread waiting for thread to update the doc

JAL-4305 Isolate and unify the Jalview object from all the gubbins in jalview.bin.Jalview or jalview.gui.Desktop with a JalviewObject interface. Adjust/fix some example groovy scripts.

JAL-4307 View->Ligands submenu, implementation for Jmol and documentation

Merge branch 'improvement/JAL-3783_upgrade_to_groovy-4' into bug/JAL-4298_java_console_causing_hang_at_startup

JAL-629 Run non-alignframe linked groovy scripts.  Use multiple specified groovy scripts.  Don't add a warning for image and output if not asked for

JAL-4262 Fix the nonblockingdialog so that Jalview desktop isn't left set to alwaysOnTop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4303 as known defect

Merge branch 'bug/JAL-4302_treeheightrendererbroke' into develop

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-4302 marked as known defect

JAL-4134 TODO printNode update for columnTrees

JAL-4134 JAL-4302 remove unnecessary casts

JAL-4090 JAL-4089 document use of selected columns for superposition, and add links to Pymol for individual viewer capabilities

Merge branch 'bug/JAL-4089_selectedcolshiddenregions' into develop

JAL-4089 selected columns are reported in absolute column numbers, not visible columns

Merge branch 'bug/JAL-4295_hangjmolandmouseovers' into develop

JAL-3783 Updated groovy jars.  Requires javaparser-core library to run too

JAL-4295 concatenate all mouseover highlights into one call to jmolScript - so we don’t need to invoke scriptWait and risk blocking UI

JAL-3783 Updated build process to allow multiple groovy-* jars to work within the shadowJar.  Updated groovy jars to 2.5.23.

JAL-3772 Fix the logic of prompt to save URL loaded alignments preference

JAL-629 null check and neatening code

JAL-629 correct a timeout.  Correct passing html flag.

JAL-629 Add a timeout to modal dialogs for command line warning

JAL-629 Change getdown not to add -open argument

JAL-629 Remove argfiles from the hashset of used argfiles once it has been used.  More like (though not) a stack of argfiles

JAL-3772 Preference to NOT prompt to save remotely loaded alignments

JAL-4298 Added diagnostics and minor dimension changes to Java Console.  Added a --javaconsole Arg.

JAL-4298 Fixed initial log level to see .jalview_properties setting. Moved Java Console startup to before Desktop startup.

Merge branch 'doc/JAL-4090_Release_2_11_3_0' into develop

JAL-4090 JAL-3858 paedocs

JAL-4001 Only use acquireDialogQueue and releaseDialogQueue when SplashScreen is transient. Fixes macOS About dialog