Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3829 Fixed Jmol jar -- duplicates of other classes were causing problem with shadow jar

Merge branch 'Jalview-JS/bug/JAL-3762_URLparamsOverrideInfoArg' into develop

Merge branch 'develop' into merge/develop_ben2

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3815 default /etc/jalview_properties under utils/debian

JAL-3829 parallel not welcome here

JAL-3829 test flakiness and human flakiness

JAL-3829 more info on test fail - seems to be flaky

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3521 Adjusted wrapper shell script and .desktop file to cater for opening a file with or without -open arg

JAL-3521 High quality file icons for jalview associated files, and associated mime-type icon references

JAL-3521 Change grouped Jalview windows on linux taskbar to have name Jalview

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3551 - doc tweak

JAL-3855 JAL-3829 better checks on PDB or mmCIF file based on URL path (though should really determine when processing via jmolData now we have mechanism) - ChimeraX in particular cares about file endings

JAL-3829 JAL-3855 moved routing for retrieving structures prior to opening a Jmol view to AppJmolBinding - this could be refactored further

JAL-3829 JAL-3855 ignore case when detecting alphafold ID

JAL-3855 detect an alphafold model and import its temperature factor as reliability

JAL-3829 move mock query and responses to files

JAL-2422 Also look in ~/Applications for ChimeraX on macOS

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'feature/JAL-2422ChimeraX' into develop

JAL-3829 3d-beacons doesn’t work as a sequence source just now

JAL-3829 avoid sending rubbish to PDBe search api

JAL-3829 some providers don’t provide model quality, some experimental methods don’t provide a resolution - try to leave these in their natural order

JAL-3829 allow multiple URL mocks and include P01308 in 3d-beacons mocks

JAL-2422 More helpful highlighting/user guidance of missing structure viewer path

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon). Better UTF-8 Name call.

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2422 Fixed URL encoding of REST calls (broken paths in Windows due to colon)

Merge branch 'develop' into feature/JAL-2422ChimeraX

Merge branch 'releases/Release_2_11_2_Branch' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3829 ensure unmock the FTS PDB and TDB clients after mocking for a test

JAL-2422 Added linux rpm and deb install locations. Changed macOS to also look for version numbers in Chimera/X (e.g. '/Applications/ChimeraX-1.2.5.app') as this is default macOS installation.  Changed macOS preferences to check endswith '.app' and look for '....app/Contents/MacOS/ChimeraX' so user can select the .app folder

JAL-3829 minimal test of additional TDB filters - not at all robust

JAL-3829 select single best TDB structure and select structures from particular provider (this code is horrific !)

JAL-3829 JalviewJS workarounds/patches

JAL-3829 upgrade Jmol to 14.31.53, SwingJS-JSMol to 14.31.54 and SwingJS to 3.3.1

JAL-3829 ensure tests use mocked service - proper exception for mocked 400 response

JAL-3829 patch failing tests and todo for future

JAL-3829 provide both PDBe queries and 3D-Beacons queries in the filter combo box

JAL-3829 insert title for structures from PDBe

JAL-3829 update for v1.0 3d-beacons api spec

JAL-3829 point at production 3d-beacons url

JAL-3829 refactor and JAL-3391 JAL-2935 first stab at coverage based selection of models for a sequence

JAL-3829 allow client-side selection of structures for a sequence by passing in discovered structures

JAL-3829 JAL-3868 TODO

JAL-3829 formatting

JAL-3829 integration test verifying mock response is valid for a live server

JAL-3829 work in progress - look up additional metadata from PDBe for structures discovered via TDBFTS

JAL-3829 look up column in FTS data

JAL-3829 mocking for PDBFTS for related query to UniprotFTS mock.

JAL-3829 pull out structure chooser query source tests to new class

JAL-3829 JAL-3865 test structure chooser queries to mocked 3D Beacons FTS

JAL-3829 use sequence dependent constructor for structure chooser query engine testing

JAL-3829 mocking for testing 3D-Beacons FTS endpoint

JAL-3863 promote non-canonical version of dbref to a canonical one

JAL-3829 comments on the 3D structure chooser’s initialisation process

JAL-3865 isolate PDB and TDB clients and last query records in their query objects

JAL-3863 passing test to verify a uniprot accession with canonical flag set is transferred via the DBRefFetcher (and the SequenceI.transferAnnotation method it calls)

JAL-3829 JAL-3865 StructureChooserQuerySource implementation now dependent on the type of sequences and whether they have uniprot sequence IDs

JAL-3855 don’t need to query Alphafold2 repository directly from PDBe FTS client since 3db client will do that

JAL-3829 refactored FilterOption provider to the StructureChooserQuerySource implementation - implementation now is completely independent of GUI code.

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'cherry-pick/r2_11_2_JAL-3509' into develop

JAL-1842 unit test updated for EnsemblGene feature settings changes

JAL-1842 adjust code to match changed semantics of FeatureSettingsModelI

JAL-3509 JAL-1842 minor tidying of code

JAL-1842 remove redundant call to FeatureRenderer.featuresAdded()

JAL-3509 better placement of call to notifyFeaturesChanged()

JAL-3509 coerce RESNUM to hidden (really) after fetching from PDB - resolved conflicts for 2.11.2

JAL-3863 fix test and note about fragility

JAL-3863 add canonical DBRefEntry flag to Jalview project

JAL-3829 generalised Alphafold retrieval mechanism to be reused for PDBEntrys with retrieval URIs discovered via 3d beacons

JAL-3863 mark first accession retrieved from Uniprot as the canonical accession

JAL-3829 Structure chooser specific FTS interface and query source logic for PDBe and 3D-Beacons

Merge branch 'feature/JAL-3855_ebi_alphafold_import' (commit '7856e91f60adc5c2d4943bad84a5a83e1412f00c') into features/r2_11_2_JAL-3929_3dbeacons

JAL-3829 3d-beacons structure chooser logic (not yet finished)

JAL-3829 pulled out more of the FTS dependent parts of structurechooser

JAL-3829 updated tests for 3db fetcher’s working FTS metadata

JAL-3829 proof in principle 3d-beacons sequence fetcher - still some TODOs !

JAL-3829 3d-beacons has a custom alignment retrieval model but re-uses the parseAlignment method from sequence fetcher

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3829 fixed up the 3d-beacons data columns definitions, tests and client.

JAL-3829 JAL-2176 - TODO re unused argument in FTSRestClientI

JAL-3829 tidying up PDBFTSRestClient test responses - still one failing external test which expects to raise a server exception

JAL-3829 Javadoc for FTSColumnPreferences

JAL-3829 pushed the PDBFTSClient specific code to new ‘StructureChooserQuerySource’ class in preparation for adapting it to query 3d-beacons

JAL-3829 removed unneeded attribute in FTS core

JAL-3829_spike minor changes

JAL-3832 Gui working, with 3DBeacons parameters

Merge branch 'arnaud/develop' into arnaud/JAL-3929_spike, to insert the
previous changes

JAL-3829 forgot to add in the dummy 3d-beacons db proxy

JAL-3674 Jmol seems to sometimes return a null for some commands, handle it at source

JAL-3855 suppress NPE when trying to retrieve SIFTS mappings for Alphafold PDB IDs

JAL-3855 ALPHAFOLD database source based on the PDB retriever