Merge branch 'develop' into releases/Release_2_9_1_Branch

Merge branch 'r291_docs' into develop

JAL-2091 disable pagination buttons during initialisation

JAL-1563 JAL-2091 Added generic pagination for FTS Service, pagination for PDB FTS, error handling for Uniprot FTS rest client and minor refactoring/housekeeping

JAL-1563 Fixed Uniprot FTS result-set count error, added blank image placeholder to prevent UI from jittering during a search operation, reverted timer for search textfield back to 1.5ses

JAL-1270 move some Network tests to External (require third-party services)

JAL-1270 capitalise test groups

JAL-2089 JAL-1551 formatting

JAL-2089 release 2.9.1 entry in release notes

merge

JAL-1563 house keeping/updated API doc for new method added for FTS pagination

JAL-1563 Further increased swing timer for search textfield to 2500ms, removed 1200ms delay which was initially added to enable the search summary table initialise without interference, and implemented pagination for Uniprot FTS

JAL-2051 better checking of retrieved / duplicated accession ids

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 need visible and actual sequence limits for scale

JAL-192 fix bounds when no hidden regions, and when sequence contained in hidden region

JAL-192 scale origin relative to start of reference sequence, & deal gracefully with reference sequence being completely hidden

JAL-966 JAL-1553
 todo: remove UI components from Column Selection code

JAL-1551 formatting


JAL-192 ‘efficiently’ locate visible bounds for a sequence (needs scalability testing)

JAL-1551 formatting

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1563 increased swing timer for search action from 500ms to 1500ms

JAL-2083 removed use of reflection for Groovy

JAL-1563 fixed failing tests for FTS Rest Client core

JAL-1563 Increased default response size to 500, and tweaked 'Organism' and 'Gene Names' column width parameters

JAL-1563 Implemented hack to make table both scrollable and resizable and made Uniprot responses to be sorted by score

JAL-1563 Added Id (Uniprot Id) to the dynamic column config file and changed primary key from 'entry name' to 'Id'. Also fixed generic batch retrieval mode when the search target is set to the primary key column

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 fix off-by-one for alignment ruler with no reference

Merge branch 'features/JAL-192_scalerelativetoseq' into develop

JAL-192 show reference sequence position and residue in ruler

JAL-1563 Added fix to prevent swing timer from reinitiating search action when jalview gains focus on the FTS interface

JAL-1366 JAL-2086 reinstate bolding of reference sequence

JAL-2085 JAL-2086 fix hiddenRepSequence and new referenceSeq getter

JAL-1563 further modificaiton of the uniprot data column configuration file

JAL-1563 Modified Uniprot data column configurations and improved implementation to cope with when there are discrepancies between search code and column code

re-enabled new uniprot sequence fetcher on spike branch

JAL-2079 fix broken cherry-pick conflict merge

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2079 update GPL header for new Xfam tests

JAL-2079 use new service to retrieve Rfam Seed alignment

JAL-2084 JAL-2079 removed RFAM(Full) from Xfam Network tests

JAL-2079 disable RFAM(Full) source until we can retrieve data

JAL-2079 update URL for RFAM and PFAM sources

merge

JAL-2079 allow prefix+<XFAMID>+suffix type URL signature

JAL-1563 reverted to old uniprot fetcher to enable Geoff's presentation tomorrow

JAL-2077 reinstate JAL-1554 fix for left-then-right click workaround to prevent ID links opening

JAL-2077 reinstate annotation label popup by handling at MousePressed rather than MouseClicked

JAL-1981 catch any exception when setting QuaQua look and feel

Merge branch 'bug/JAL-2080_javaws_slow_291' into develop

JAL-2080 removed all 'Class-Path' references in libs

JAL-2080 removed classpath references to Xerces and commons-logging in jar manifest

JAL-2080 mark jalview.jar as main jar resource

merge

JAL-2071 improvement to get column data files as InputStream

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 changed extension for data column config files

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2071 resolved fts data column config file path for PDB and UniProt

JAL-2071 House keeping

JAL-2074 removed hard-coded groovy lib path in classpath

JAL-2071 improvement to reduce webservice requests to Free Text Search (FTS) services by using swing timer to deffer textfield actions until user stops typing for a certain amount of time

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2074 add the groovy 1.8.2 library back to classpath

develop merge

JAL-2074 backed out groovy upgrade - back to 1.8.2

develop merge

JAL-2074 groovy-all didn’t get added :q

JAL-2074 switch to non-indy groovy to see if class loader problem remains

JAL-2078 fixed broken link to groovy page

JAL-2071 added unit tests for FTSRestClient

JAL-1812 JAL-2068 only allow one Groovy console open at a time

JAL-1551 JAL-2077 formatting

JAL-2077 - reinstate popups on osx

Merge branch 'JAL-2075_features_hiddeng' into develop

JAL-2075 test showing hidden columns bug in feature score model

JAL-2075 refactor FeatureScoreModel to native testNG asserts

JAL-2075 make GroovyConsole a singleton so tests requiring a valid AlignFrame but no desktop can run

JAL-2075 fix: use AlignmentView.getVisibleContigs and SeqCigar.findPosition to locate aligned features

JAL-2075 findPosition for SeqCigar (with test)

JAL-2075 formatting

JAL-1563 JAL-2071 Update and completed implementation for UniProt FTS support

JAL-2071 further refactoring, optimisation, and house keeping for the generic Free Text Search implementation

JAL-1812 JAL-2068 add Run Groovy Script to AlignFrame Calculate menu

JAL-2068 code and test for case of minValue == maxValue

JAL-2068 framework and example scripts for pluggable alignment
annotation workers

JAL-2068 Javadoc added

JAL-2068 redundant implements clauses removed

JAL-2068 convenience helper method for graduated score colour

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'groovy/JAL-2074_upgradeto2.4.4' into develop

JAL-2074 updated URLs and removed 'how to get groovy' classpath stuff

JAL-2074 updated groovy-all to 2.4.6-indy

fix for JAL-2072

JAL-2071 architectural improvement for Plugable Free Text Search Services

JAL-2067 fixed broken link

JAL-2041 add ID,clinical_significance to feature attributes (for export)