JAL-1152 avoid NPE on null alignment annotation vector

JAL-674 add RNA sequence associated annotation to alignment as hidden annotation

JAL-1569 formatting

JAL-1140 sensible name for seuqences in RNAML files that have no ID

JAL-1489 change initial value to distinguish non-rna from valid and invalid RNA structure with one call to .isValidStructure()

JAL-1592 JAL-1489 avoid invalid RNA structure and distinguish alignment associated from sequence associated structure lines

JAL-1569 rna pair code in secondary structure character of annotation

JAL-674 JAL-1569 mark RNA helix number in the value field

JAL-1569 remove log output during RNA secondary structure processing

JAL-1469 help documentation

JAL-1469 help documentation

Merge branch 'mrg_dev_282' into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' into mrg_dev_282

comand line support for svg generation
Release_2_8_2_Branch only for JAL-1469 -removed changes to BioJS importer
code

Conflicts:
.classpath
src/jalview/io/HtmlFile.java

JAL-1580 size parameters dialog to height of Desktop

Merge branch 'bug/JAL-1570_unable-to-add-JABAWS-Server-which-fails-validation' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1570 patch to enable adding a webservice which fails validation

Merge branch 'mrg_dev_282' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1528 Chimera Help doc + fixes to setting colours

JAL-1528 new Preference CHIMERA_PATH (Preferences | Structure)

JAL-1528 Chimera tidy errors, focus after align, close option

JAL-1528 bug fixes and adjustments to Chimera interface

Merge commit '1d9e1c80fb6c0e32313a976ae0065fd32639f2bc' into mrg_dev_282

Merge branch 'features/JAL-1469_svg-output-for-figure-export' into Release_2_8_2_Branch

Conflicts:
.gitignore
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java

JAL-1469 added jfreesvg to desktop dependencies

house-keeping

Added support for SVG Export

Merge branch 'features/typed_annotations_calcId' into Release_2_8_2_Branch

JAL-974 fix class contamination for jalviewLite build

Merge branch 'features/typed_annotations_calcId' into Release_2_8_2_Branch

javadoc

JAL-674 use the getMapping/transfer to transfer annotation when creating a mapping to a sequence

JAL-674 patch broken getMapping function

JAL-674 switch from .transfer to .liftOver for transfer of annotation

JAL-674 note about broken .transfer method (expect this to disappear in future!)

JAL-674 javadoc

JAL-674 new tests and deprecated tests for PDB mapping to sequence code

JAL-1527 opening a project saved with JMol should use JMol (disregard
viewer preference).

Merge branch 'features/JAL-1152annotationSorting' into features/typed_annotations_calcId

JAL-1152 use a proper RadioButton not a faked one

JAL-674 Prefences tweaks incl help documentation for Structure tab

JAL-1152 new Structure tab on Preferences for SS derivation / annotation

JAL-1152 help updates for Preferences

JAL-1152 annotation sort algorithm optimisation

JAL-1213 normalise sequence extracted from Jmol in same way as MCview

JAL-1213 test to ensure JMol extracted sequences are same as MCView

Merge branch 'features/JAL-1152annotationSorting' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into features/JAL-1152annotationSorting

JAL-1152 annotation sorting preferences and help documentation

Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'bug/JAL-1250_redundance-removal' into develop

Merge branch 'develop' into features/JAL-1152annotationSorting

Merge branch 'features/ssFromPDBEntry' into develop

JAL-795 JAL-674 tweaked logic to avoid black annotation shading and hard-wire secondary structure colours when no custom colours available

fix for JAL-1579 create threshold object for annotation rows that match shading pattern but do not have threshold objects as yet (nb - side effect is that cancel leaves old threshold lines on these annotation)

JAL-1578 test property accessors/copy constructor

JAL-1578 JAL-674 store/restore alignment annotation properties in Jalview 2.8.2 project (allows the Annotated PDB file import/export to project/import test to pass)

JAL-1578 formatting and imports

JAL-674 peptide structure input so test is not dependent on network

JAL-1551 formatting

JAL-674 JAL-961 JAL-1578 accessors and copy constructor for annotation row properties

javadoc

JAL-1152 bug fix for 'no sort' case + tests for autocalc placement

JAL-1152 menu tweaks plus new option to put Autocalc at top or below.

JAL-674 JAL-961 pass row reference to handler to check calcId and any specific properties (e.g. originating PDB ID for the row data)

JAL-674 JAL-961 properties to stash additional information for an alignment annotation row

Merge branch 'develop' into features/ssFromPDBEntry

JAL-674 hang on to sequences created by secondary parsiing process to manage transfer of annotation

JAL-674 count number of annotation transferred in test

JAL-1152 with sticky annotation sort order that updates as sequences are
moved up or down

JAL-674 propagate annotation onto mapped sequence and its dataset sequence

JAL-674 register PDB IDs when ever they are resolved on file IO

JAL-674 use PDB ID<>File registry to look up correct ID for PDB file derived annotation on a mapped sequence

JAL-674 return original and replacement sequences and the alignment to allow more processing if needed

JAL-674 helpful javadoc for remap method

JAL-674 flag and proxy method to distinguish setMapping calls which create a mapping for a displayed structure and those which transfer annotation

JAL-674 map on StructureSelectionManager to record PDB IDs extracted/assigned to PDB files

patch for JAL-795 - use base secondary structure colour if no colour defined on annotation row element

JAL-674 patch test to verify presence of annotation on the sequence associated with the PDB file

JAL-1551 format and tidy

JAL-1152 prototype of new Annotations menu with sort options

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequence

JAL-353 updated patch for undo successive remove redundant sequences

JAL-1264 JAL-674 test to exercise the AlignmentAnnotation.remap method via
the jalview.structure.StructureMapping.transfer method

JAL-1264 JAL-674 method to copy annotation on structure positions to associated sequence positions

JAL-674 JAL-1264 remap method to allow annotation positions to be updated from simple int-pair arrays (like those used in the StructureManager mappings)

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1264 refactor to add menu options to _both_ sequence and selection
pop-ups, plus unit tests.

2_8_2_Branch merge

JAL-353 undo for successive removal of redundant sequence - bugfix

JAL-1250 Redundancy removal bug fix for Applet version

Merge branch 'develop' into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' into merge_r282_dev
normalised HTML messages and line endings for JAL-1420 JAL-1428 JAL-1355
(darolmar commits)
Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
resources/lang/Messages_es.properties

Updated RedundancyPanel.java to referesh the tree view when reduncancy is applied/unapplied

Patch for redundancy removal

Merge branch 'hotfix/JAL-1521' into Release_2_8_2_Branch

Conflicts:
.classpath
RELEASE
src/castor.properties

Merge branch 'hotfix/JAL-1521' into develop

Conflicts:
.classpath
RELEASE

JAL-1521 updated xerces to 2.11 along with xml-apis

JAL-1521 patch is to remove xerces from classpath. This may cause problems for java 1.6 builds

JAL-1521 test to check registry is returning sources

patch fixes JAL-1558