excluded log4j properties.

java 1.4 compliant classes.

imported Vamsas bindings and alpha vamsas client code from VamJalview cvs branch. Compilation requires vamsas-client.jar but Jalview can be distributed without the vamsas-client.jar.

set firstColumn property for an alignmentView object.

fixed getCompactAlignment method to return proper cigarArray and added 'firstColumn' parameter to AlignmentView object.

Added filter so that input to a JPred job is *solely* the visible residues, and the profile and prediction are correctly mapped back to the original seuence.

javadoc

new getVisibleContigs method mirrors the getVisibleContigs method in AlignmentView

AAFrequency optimized

Set consensus as hashtble[]

Multiple Views

BatchSize now 10

OutOfMemoryError test

TabbedPanes for views

lower case available

AlignFrame must take width and height

Sequenceset may be empty, multiple views

DEFAULT_WIDTH

Viewname, sequencesetid, gatheredViews

Sequences are optionalcvs diff vamsas.xsd

Check annotation is editable

Send DAS requests in batches of 20

DB seqs may be lower or upper case

BoldFont upperCase

Remove empty() from feature ToolTip

Check selection scroll beyond aligmnment height

Check on vscrollMax values

upperCaseBold

TurnColour bug on popupmenu applet

fixed tree building exception when one residue or a single column of residues is selected.

Draw hidden column marker correctly

click node to select sequences

Simplified schema

Simplified layout

hideSequence hide all before recalc consensus

Copy consensus

2.1.1 bug fix

2.1.1 bug fix

Add copy consensus sequence

Allow alt for group editing

For now ignore middle mouse font resize on Mac applet

Allow alt button for Mac applet group editing

Comment out lower case colouring for bug fix release

Remove system.outs

get idWidth should use italic font when getting size

Error message if file not found moved for headless state

visWidth allows borders to be drawn around offscreen images when making images

Remove system.out

getVisibleIdWidth() for making images

added copy consensus sequence to consensus annotation popup menu

getVisibleContigs() returns start and end positions of visible regions of an alignmentView.

javadoc on contigs

Dont look for middle mouse on the Mac

MAC moved to viewport

feature settings

Feature Settings

GraphHeight might be zero

jnet file is 1 to 1 mapping

Remove unnecessary separotor

Gap added to aa3Hash

User colours are case sensitive

Can shrink graph to zero

No stacktrace

createMapping alreadyMapped

Additional repaint

jnetfile can be loaded onto alignment

SequenceMapping updated

Jnet files sent to servlet as annotations

unbalanced head tag

volume 20

2.1 updates

add link.gif

2.1 update

To uppercase only visible

documentation - adding new Input data menu entries.

added note on column-separability

documentation

getSequenceStrings() bug fixed.

Remove group when hiding cols from scalePanel

2006

Put transparency back

make 1.1 compatible

hidden region recovery in JPred and new hidden region pruning function

off by one bug in hiden column unmarshalling

header updated

header updated

validate groupPanel

validate groupPanel

Add uniprot DBref

Remove system.out

1.1 compatible

Refactored Jnet and added hidden columns support.
fixed undo-redo bug, hidden columns are moved with gapped columns and delete columns and undo-redo.

fixed undo-redo bug, hidden columns are moved with gapped columns and delete columns and undo-redo

removeGaps method can record changes in alignment columns to pass to ColumnSelection

fix for truncation of sequence associated annotation mapped onto alignment

added shiftList to record changes in alignment column positions.

remove gaps method from AlignFrame.remove_gaps_actionPerformed

inverse ShiftList and SequenceI.gapMap->ShiftList methods.

avoid null pointer exceptions

javadoc