JAL-3934 updated log4j from 2.16.0 to 2.17.0

JAL-3933 updated THIRDPARTYLIBS

JAL-3933 updated THIRDPARTYLIBS

JAL-3933 remove obsolete Castor logging configuration

JAL-3933 configure root logger console appender to stderr (2.11.2 version)

JAL-3933 updated log4j and slf4j jars with log4j1.2 compatibility API jar. Removed log4j from jabaws-min-client and Jmol jars

JAL-3930 Added a customizedId="JALVIEW" to launcher for use by file associations. Better for response.varfile installation of Jalview

JAL-3594 correct Jalview Develop logo SVG added in [not actually used in application]

JAL-3926 disable autosearch by default

JAL-3855 verify pdb suffix is preserved when locally loaded file is saved in project and imported

JAL-3855 JAL-1731 reuse the StructureViewer.fetchPdbFile(PDBEntry) method in JmolBinding - avoid code duplication for retrieval and import of 3d data

JAL-3855 try harder to ignore DNA/RNA only structures when deciding whether to download from SIFTS

JAL-3921 wait around until session file has been written

JAL-3829 remove duplicate IDs in 3DBeacons generated PDBFTS query and update mocks

JAL-3829 format and tidy up unused code

JAL-3919 use model format field to ensure we get the file extension correct when creating temp files for structure viewers

JAL-3875 fully reset filter combo-box when fetch 3d-beacons button is pressed, and ensure first 3d-beacons option selected when structures are discovered even when cached structures are present.

JAL-3746 Updated help docs for 3D-Beacons. Added and altered images and text.

JAL-3915 JAL-3746 documentation for removed rnaview options

JAL-3916 TODO for improved selection of covering structures

JAL-3916 TODO for improved selection of covering structures

JAL-3915 remove RNAview opts from preferences. Still present in config file ready for when we have a new RNA structure processing service

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3875 test case and patch to verify the query 3d beacons button is shown for proteins with uniprot ids but no canonical accessions

JAL-3907 changed two commented out lines to reflect location of future upgraded JRE zipfiles.

JAL-3907 added creation of symbolic links to workaround an install4j9 problem with parsing packed jre filenames with hyphens.

JAL-3907 adjusted download_jdks.sh and download_jres.sh scripts to use adoptium and added Java 17 download. Added JAVA_VERSION=17 as a gradle build property option.

Merge branch 'bug/r2_11_2/JAL-3904_structureviewermenu' into develop

JAL-3905 Fix: wait for response when sending mouseovers. Combined remove old label and add new label and also added warning in javadoc about out-of-order execution

JAL-3904 override buildActionMenu to add in additional menu actions after rebuild

JAL-3904 failing test

JAL-3616 show name of structure viewer in ‘new view’ button

JAL-3616 explicit configure external viewer config

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 3d beacons logo - misi varadi gave permission to re-use but most likely it is CC-0

Merge branch 'improvement/JAL-3594_logos_for_jalview_test' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 fetch 3D beacons now started by clicking button shown above the drop-down filter/manual input combo box.

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3594_logos_for_jalview_test

JAL-3594 New Jalview Test logos and .icns/.ico creation helper script

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3594 Changed logo for Jalview Test

JAL-1260 Added .gbk to GenBank extensions.  Added GenBank extensions to the installer.

JAL-3371 more fine-grained slider; set Param slider to initial default

Merge branch 'bug/JAL-3885_sequence_fetched_not_displaying_PFAM_Seed' into develop

JAL-3885 Made the database JComboBox have StringPair entries to allow a display value, set to the single item dbname if there's a single item

JAL-3884 squish alarming but harmless errors when uniprot doesn’t have a record

JAL-3881 split on any nonalphanumeric symbol (plus _) to generate putative sequence identifiers with which to query databases

JAL-3829 report when 3d-beacons doesn’t provide any models

JAL-3783 Updated groovy-all-2.4. Currently newer stable releases cause a problem with shadowJar.

JAL-3746 update the example corefile for jalviewjs

JAL-3829 open web page for 3d beacons structure by right-clicking and selecting pop up menu item

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3821 data file for failing test

JAL-3829 right click to view popup menu to show link - maybe better to have a link button in the table instead ?

JAL-3829 abstract essential TDB metadata from the user configurable data array displayed in the JTable

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3821_reinstate_patch' into develop

JAL-3821 less ambiguous base class name for EMBL and GenBank flat file parsers

JAL-3821 ported to refactored FlatFile parser

JAL-3821 failing test

JAL-3692 JAL-3861 remove extra call to .parse() so we don’t process the file again

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

Merge branch 'patch/JAL-3874_newJmolAndGradleDedup' into develop

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_2_Branch

JAL-3691 automatic insertion of Locale.ROOT to toUpperCase() and toLowerCase() and added import java.util.Locale appropriately

JAL-3746 release notes and what’s new for 2.11.2 - in progress

Merge branch 'doc/JAL-3746_Release_2_11_2' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons' into develop

JAL-3829 - callback finessing - leave DBRefFetcher to do progress updates itself

JAL-3829 prefix PDBe filters with PDBe to make clear what they search

JAL-3829 alternative UX: need to select 3d-beacons from dropdown if db-refs need to be fetched

JAL-3829 ignore the fake ID generated when a PDB format file without embedded ID is imported for an existing PDBEntry

JAL-3521 'Debian-safe' version of minimal build.gradle and patch. Using existing doc/*.html and build_properties from source tarball.

JAL-3521 Created a patch file to transform build.gradle into debian_build.gradle

JAL-3829 updated response for P01308

JAL-3829 tests need to wait for dialog to be closed and background processes to finish before they can check functionality

JAL-3829 TDBeacons fetcher needs a sequence with at least one canonical uniprot accession

JAL-3829 throw the exception even if it has no message

JAL-3829 ensure nulls are not wildcards when retrieving annotation by calcId/label/description

JAL-3521 working minimal build.gradle for debian and 2.11.2. Flexmark plugin might be a problem

JAL-3521 not quite working minimal build.gradle for debian and 2.11.2

JAL-3829 do better at detecting structure type, prompt to retrieve Uniprot ids for proteins without canonical Ids and show provider in the Structure Chooser’s cache view

JAL-3829 make sure structure data type reflects actual format identified

JAL-3829 store 3db metadata on PDBEntry so it can be shown in Cache/etc

JAL-3829 allow PDBEntry with file and ID with mismatching case to override one without a file

Merge branch 'merge/develop_JAL-1260' into develop

JAL-1260 rudimentary parsing of LOCUS line to at least get accession id

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2/JAL-3829_3dbeacons

JAL-3079 JAL-3055 remember to reset font transform after rendering logo

JAL-1260 refactored multi-line qualifier separators

JAL-1260 unit test for FileFormats updated for GenBank/ENA

JAL-1260 file formats and IdentifyFile updates for GenBank and ENA

JAL-1260 refactored GenBank (and EMBL) flat file parser

JAL-1260 FileFormat entry for EMBL/GENBANK: TODO: create tests and IdentifyFile routine for this format

JAL-3874 - replace Jmol with custom build of 14.31.53 from Jmol-SwingJS GitHub repo

JAL-2226 transfer chain annotation when calcId, label and description are distinct - so annotations from multiple chains and structures are all shown.