JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping

JAL-2781 mark aligned positions via StructureMapping’s Mapping object, and transfer residue positions via the Atom.resNum position rather than Residue.number

JAL-2780 JAL-2781 include a Mapping object in StructureMapping to pass to sequence annotation and feature transfer

JAL-2780 JAL-2781 UNASSIGNED positions marked as Integer.Min

JAL-2781 fix test data for full length annotation

Use the “PDBe” or “PDB” numbering (starts from 1, corresponds with the PDB SEQRES record) to map to the dataset sequence if its primary coord system is PDB. (fixes StructureSelectionManagerTest.testMapping_EqualsSeqFeatures with 4im2_missing.pdb).

JAL-2780 JAL-2781 should always ensure SIFTS mappings are made to dataset sequence rather than the alignment sequence.

JAL-2780 JAL-2781 run sequentially and ensure windows are closed so structureselectionmanager is tidied up after each test.

JAL-2780 JAL-2891 clear all windows always beforeTest for Jalview2XmlBase

JAL-2902 catch case where viewer is closed (therefore binding is null) before hasMapping is called. technically, hasMapping should return false… but not if it is being used to poll.

JAL-2902 thread off dialog close op to avoid deadlock on the main swing thread.

JAL-2780 JAL-2781 first pass at failing test for incorrect colouring of structure after import and display of fragment of PDB 4IM2

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactored helper method in test for programmatically viewing structure via structure chooser

JAL-2902 - isBusy and hasMapping methods so client can wait until a newly opened structure view has finished mapping sequences to structure data and sending initial colour commands to the structure view.
[ needed for JAL-2780 JAL-2781 tests]

JAL-2780 JAL-2781 fix javadoc in line with behaviour for getPDBResNum

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactor ‘OK’ action to optionally blocking method for retrieval/opening view for selected structures and getter for retrieving the handle for the last opened viewer

JAL-2780 JAL-2781 don’t assume contiguous mapping to PDB residue numbering when generating Jmol colour commands (unmapped PDB residue data shouldn’t receive colour if mapped positions either side receive the same colour).

JAL-2780 JAL-2781 (failing) test comparing location of transferred annotation from PDB file via SIFTs to full length uniprot sequence vs transfer from same structure/SIFTS file to a subsequence through the StructureChooser

JAL-2780 JAL-2781 programmatically select structures for retrieval via Structure Chooser GUI

JAL-2780 JAL-2871 only look up current table view once

JAL-2780 JAL-2781 test AlignmentI.findAnnotations locates sequence associated annotation by id and sequence reference

JAL-2780 JAL-2781 - patch and first test for AlignmentI.findOrCreateAnnotation

Merge branch 'releases/Release_2_10_3_Branch' into bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 update release date and rejig what's new message

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 fix what's new

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 update latest release notes link in TOC

JAL-2859 release notes

JAL-2858 update release notes

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2858 release notes for 2.10.3b1 (including revision to EnsemblGenomes client as per JAL-2679)

JAL-2858 bump version number for 2.10.3b1

JAL-2810 JAL-2886 i18n

JAL-2679 update query id to actual case of retrieved gene

JAL-2679 case-insensitive comparison of query and retrieved accession

JAL-2679 use object_type=Transcript for lookup of Parent for Protein

JAL-2886 trivial unit test fix

Merge remote-tracking branch 'origin/task/JAL-2662' into develop

Conflicts:
benchmarking/README

JAL-2662 Updated README

JAL-2880 disabled non-functional test - Jmol parser does not have proper association mechanism to bind PDB data to derived annotation.

Merge branch 'develop' into bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums

JAL-2858 tweak OSX specific jar resources in JNLP

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2849 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2849' into develop

JAL-2849 JAL-2863 file format preferences TODO


JAL-2849 fix

Merge branch 'bug/JAL-2859_uniprottowrongpdbid' into develop

JAL-2740 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2740' into develop

JAL-2827 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2827' into develop

JAL-2842 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2842' into develop

JAL-2859 disambiguate with PDB ID if no file path

JAL-2859 failing test demonstrating sequences with pdb without a local file map all get mapped together

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

JAL-2851 JAL-2858 release notes for 2.10.3b1

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_3_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2851' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2851

JAL-2851 Fix merge error breaking vertical scrolling

JAL-2698 only allow InstallAnywhere launches with version 1.8.* of java - java 9 JVM args not yet working for 2.10.3

JAL-2698 patch path for InstallAnywhere build. Webstart and source builds unchanged

JAL-2698 tidy release notes and whats new

JAL-2698 source code licencing

JAL-2698 tidy up release notes

JAL-2698 Cached PDB Entries -> Cached Structures in UI and help doc

JAL-2466 revised help text for sort by PID

JAL-2698 what’s new and release notes

JAL-2822 known defect for 2.10.3

Merge branch 'bug/JAL-2784' into develop

JAL-2841 JAL-2791 new known defect



JAL-2541 known defect

JAL-2684 clarify release notes

Merge branch 'bug/JAL-2821' into develop

JAL-2840 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2837' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqPanel.java

Merge branch 'doc/JAL-2494_JAL-2828_mergefindAnnotation' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2837

JAL-2811 release note

JAL-2541 not in 2.10.3, JAL-2831 signed off.

JAL-2698 11th hour release today

Merge branch 'bug/JAL-2831' into develop

JAL-2541 JAL-2829 JAL-2830 JAL-2822 catch all release note entry for sequence feature relocation

Merge branch 'bug/JAL-2829deleteCharsWithGaps' into develop

JAL-2831 Removed unwanted hidden sequences checks

JAL-2842 remove infinite loop in cursor move