added unofficial support for concise output parsing from the JNet server to extract the sequence profile.

refactored code for creating JNet annotations

Refactored code for creating annotation objects from a jnetfile object.

Restrict annotation panel to 50% window on load

graphColour, graphGroup, more relaxed annotation requirements

Save annotation colours, hideConsevation etc, graphGroups

Switch off dashedline after drawing groups

Remove unwanted line

Allow for scroller position

Remove system.out

Rearrange annotations

added popup warning when proxy settings must be configured.

Monospaced font not allowed if charWidth stretched

Brackets around orgin calculation

All or nothing drawing display char

EPS font width is a double, check this for monospacedFont

If headless, get the width of Jalview wrapped window correct

rearranged discoverer to dynamically update on demand

returns to zero degrees when stopped

pass viewport to fileloader, as we need to firepropertychange once sequences are added

Slight mod url chooser for Mac users

Remove commented line

Slightly smaller recent panel

Maintain numbering if remove left is undone

Typo

Invert selection

Recently loaded files, urls, append sequences to Alignment

sequenceRef added to annotation

Correction for sequences with start not equal to 1

Copy and paste of annotations with seqrefs

implements ClipboardOwner

saves and loads annotations with seqrefs

Draw an offscreen Image

Annotations must createSequenceMapping if seqRef not null

Create sequence mapping for annotations

addAnnotation with seqRef

Changes case to end of alignment

remove import

Save seqref with annotations

spelling err

2.08.1

Make nullFrame only once

Remove unnecessary panel, also nullFrame created only once

Middle mouse to compress alignment

Check that fontsize > 0

Toggle Case added

Toggle case added to popup menu

Remove edit menu if no group defined

Maintain original transparency setting

Change name to editMenu

If Mac, use the fillRoundRect method

Forces init of alignPanel if annotations added

Fixes redraw top of group bug

If no group, hide menu

If mac, use the fillRoundRect

java 1.1 compatibility

Helix sizes

Make sure end is less than sequence width

Group width -1

Watch for exceeding width limit

If autoCalculate selected, recalculate immediately

Back to gray line

Back to gray line

validCharWidth moved to viewport

Annoying little line at end of wrapped alignment

validCharWidth checks

Edit menu added

Add to palette layer

Helix glyphs fixed

Case sensitive

changeCase

Helix glyphs drawn correctly

Dont select groups on ids

Case shifter

Alignment compression on middle mouse button

Modified sequence selection

Multiple views, alignpanels not being used

Alignment might not have any annotations

-1 from east scale, wrapped alignment

showInternalMessage jdk1.5 bug

add back in again

old image

old images

New images

2.08, not 2.07

To export page

Links

load features/annotations typo.

added note about cursor mode disabling the popup menu.

typo and explanation for ignore gaps in consensus

reworded pad gaps

reworded pad gaps.

2.08 update

put modellerpir in correct place!

updated menus and rearranged seqfeatures (again)

Displays error line on error

fix links to complex html (that don't display) by quoting them
verbatim.

Just removing new line character

moved Modeller/PIR description to its own home.

moved modellerpir to io