Merge branch 'feature/JAL-2759' into merge/JAL-2759_2104

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif - in build.xml too :)

JAL-2885 release notes

Merge branch 'features/JAL-2885UniprotHttps' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2885 xfam https

JAL-2885 XFAM_DOMAIN->XFAM_BASEURL

JAL-2885 Ensembl* -> https

JAL-2885 ENSEMBL-DOMAIN -> ENSEMBL-BASEURL

JAL-2885 renamed base URL getter from getDomain..

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 ID width adjuster needs to be white !

JAL-2666 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2666' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-984 remove all references to idwidth.gif and use int constants in place of width/height of image when switching between margin adjustment active/inactive mouse cursor

JAL-2906 typo fixes

JAL-984 release notes

Merge branch 'feature/JAL-984splitAdjuster' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-294 remove unneeded paint() method

JAL-984 remove commented/unnecessary if clause

JAL-2906 release notes for 2.10.4

Merge branch 'bug/JAL-2778again' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2778 reinstate transparent windows to avoid ugly borders on OSX

JAL-2778 Adjust cursor changes in overview panel

JAL-2778 Revert back to old synchronisation

Merge branch 'bugs/JAL-2780_JAL-2781_pdbnegativenums' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 bump release version and cut new release note entry

JAL-2780 scan all test IDs before testing and reporting test failures - currently failing for 4im2 and Resnum==0 (seq pos 0)

JAL-2780 SequenceI.findFeatures takes column numbers in base 1…


JAL-2780 JAL-2781 don’t create a mapping if sequence position was not assigned but still keep track of ‘unobserved’ counts for bookkeeping

JAL-2780 JAL-2781 only create a mapping entry or write a character to the ‘mapped sequence’ for observed residues regardless of to/from coordinate frames

JAL-2781 JAL-2780 include sequence start number when computing position in PDB sequence when mapping from PDB to PDB

JAL-2781 ensure Trim is disabled before test starts

JAL-2781 refactor ‘trim retrieved sequence’ preference key to string constant for reuse in tests

JAL-2781 null local siftsClient variable if exception occurs (probably not needed but clearer this way ?)

JAL-2781 refactor StructureSelectionManager.siftsClient to local variable in computeMapping

JAL-2781 FIXME: value of sourceType parameter always overwritten

JAL-2781 refactor possibly non-functional ‘extract secondary structure’ logic out of computeMapping

JAL-2781 tidy up comments on getMapping/computeMapping

JAL-2781 report exactly which residues do not receive RESNUM annotation from associated structure data

JAL-2905 added additional jvmarg for testng task conditional on the JVM identifying as java.version==9

JAL-2780 JAL-2781 extra column in mapping array

JAL-2904 JAL-2780 JAL-2781 update JmolCommandsTest for removal of redundant first semicolon in commandset

JAL-2780 JAL-2781 ahem - add a semicolon if there isn’t one

JAL-2780 use value of ’UNASSIGNED’ constant in assert verifying expected unassigned positions

JAL-2904 replaced assert for (getEnd()-getStart()+1)==getLength() in testPdb/mmCIFSeqRetrieve with test for RESNUM features at each position extracted from the PDB chain.

JAL-2781 use SIFTs mapping rather than maxChain AlignSeq to propagate annotation and sequence features to sequence being associated

JAL-2780 JAL-2781 use PDBe numbering to map between sequence extracted from PDB chain and Uniprot mapping

JAL-2781 mark aligned positions via StructureMapping’s Mapping object, and transfer residue positions via the Atom.resNum position rather than Residue.number

JAL-2780 JAL-2781 include a Mapping object in StructureMapping to pass to sequence annotation and feature transfer

JAL-2780 JAL-2781 UNASSIGNED positions marked as Integer.Min

JAL-2781 fix test data for full length annotation

JAL-2789 avoid using transcript (with no UTR) as CDS sequence

JAL-2789 code format changes only (before functional fixes)

JAL-2666 fix failure to scroll split alignment of height 1

Use the “PDBe” or “PDB” numbering (starts from 1, corresponds with the PDB SEQRES record) to map to the dataset sequence if its primary coord system is PDB. (fixes StructureSelectionManagerTest.testMapping_EqualsSeqFeatures with 4im2_missing.pdb).

JAL-2780 JAL-2781 should always ensure SIFTS mappings are made to dataset sequence rather than the alignment sequence.

JAL-2666 basic initial fix for split screen scroll bug

JAL-2780 JAL-2781 run sequentially and ensure windows are closed so structureselectionmanager is tidied up after each test.

JAL-2780 JAL-2891 clear all windows always beforeTest for Jalview2XmlBase

JAL-2902 catch case where viewer is closed (therefore binding is null) before hasMapping is called. technically, hasMapping should return false… but not if it is being used to poll.

JAL-2902 thread off dialog close op to avoid deadlock on the main swing thread.

JAL-2780 JAL-2781 first pass at failing test for incorrect colouring of structure after import and display of fragment of PDB 4IM2

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactored helper method in test for programmatically viewing structure via structure chooser

JAL-2902 - isBusy and hasMapping methods so client can wait until a newly opened structure view has finished mapping sequences to structure data and sending initial colour commands to the structure view.
[ needed for JAL-2780 JAL-2781 tests]

JAL-2780 JAL-2781 fix javadoc in line with behaviour for getPDBResNum

JAL-2780 JAL-2781 JAL-2902 refactor ‘OK’ action to optionally blocking method for retrieval/opening view for selected structures and getter for retrieving the handle for the last opened viewer

JAL-2780 JAL-2781 don’t assume contiguous mapping to PDB residue numbering when generating Jmol colour commands (unmapped PDB residue data shouldn’t receive colour if mapped positions either side receive the same colour).

Merge branch 'develop' into feature/JAL-2759

Conflicts:
benchmarking/README
src/jalview/datamodel/Alignment.java
src/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.java
src/jalview/gui/SeqCanvas.java
src/jalview/gui/SeqPanel.java

JAL-2780 JAL-2781 (failing) test comparing location of transferred annotation from PDB file via SIFTs to full length uniprot sequence vs transfer from same structure/SIFTS file to a subsequence through the StructureChooser

JAL-2780 JAL-2781 programmatically select structures for retrieval via Structure Chooser GUI

JAL-2780 JAL-2871 only look up current table view once

JAL-2780 JAL-2781 test AlignmentI.findAnnotations locates sequence associated annotation by id and sequence reference

JAL-2780 JAL-2781 - patch and first test for AlignmentI.findOrCreateAnnotation

JAL-2759 Fix errant RangeElementsIterator (unit tests were failing)

JAL-2759 Rename getBoundedStartIterator

JAL-2759 Changes to StartRegionIterator after review

JAL-2788 possible adjustments to sequence accesses

JAL-2778 Sequence width benchmark

JAL-984 use cursor for drag regions to adjust annotation height or id width

JAL-984 better behaved panel height adjuster

JAL-2759 Added in JAL-2851 fix

JAL-2759 use right iterator for getVisibleColsIterator

JAL-2759 Rationalise VisibleColsIterator and HiddenColsIterator

JAL-2759 Generalised HiddenColsIterator naming

JAL-2759 test renaming

JAL-2759 minor refactor to hiding bitsets

JAL-2759 Add missing hiddenColumns empty check

JAL-2759 updateForDeletedRegion no longer needed

JAL-2759 Rationalising hidden cols cursor, and sorting out coverage

JAL-2759 comment

JAL-2759 Additional tests and tweaks to numColumns update

JAL-2759 Keep numColumns up to date

JAL-2759 remove unneeded cast

Merge branch 'feature/JAL-2759' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into feature/JAL-2759

JAL-2759 Combine findRegionForColumn code in HiddenColumnsCursor

Merge branch 'feature/JAL-2759' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into feature/JAL-2759

JAL-1270 testPadGaps() added