JAL-4375 This extra clip isn't necessary

JAL-4375 Clipped label text in annotations to annotation rectangle. Added property to change text antialias method.  Changed translation/scaling of Graphics2D object more robust with a copy of the object.

JAL-4375 I don't think turning off antialiasing is necessary and possibly not appropriate

JAL-4375 Single width pixel artifacts appearing for PAE annotation now fixed for drawLine method. AnnotationRowRendererI adjusted to pass isVectorRendering boolean to ensure correct method to draw the matrix blocks in vector graphic export.

JAL-4375 fix typo in property name

JAL-4375 Improved trackpad user experience for wrapped format, with vertical scrolling thresholds for mousewheel/tackpad rotation and time-since-last-left-right-rotation reducing accidental up/down scrolls whilst using trackpad to scroll left/right. Thresholds can be adjusted in properties file.

JAL-4375 More consistent calculation for dashed threshold line

JAL-4375 Different way of getting mouse wheel movement for cross-platform (testing on macos and linux) sensitivity

JAL-4375 Fix big sideways scroll from trackpad at beginning and end of visible alignment.

JAL-4375 Fixed sensitivity of new more responsive left-right side scrolling

JAL-4375 Fixed the following when trackpad side-scrolling in wrap format: line-graph edge artifacts, ss sheet arrowhead artifact, boundary line overdraws, threshold dashed line overlay draws. Added half-line segments at both ends of line graph when neighbouring value exists, this applies to non-wrap format too.

JAL-4356 release notes

JAL-4356 update release notes for 2.11.3.3

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4367 Limit right and top adjustments

JAL-4290 Fix image comparison between gui and headless output.  Images are now the same

JAL-4290 fixed tests

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4353 singleThread all tests

JAL-4369 invokeAndWait to avoid hang whilst calling getFiles if a Jmol redraw is in progress

JAL-4369 uniprotkb - try to avoid another redirect response

JAL-4369 use rest.uniprot.org as fetch domain
t pu# Please enter the commit message for your changes. Lines starting

Merge branch 'bug/JAL-4373_jvmmemmax_and_jvmmempc_ignored_on_command_line_for_executable_jar_launch' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4368_default_colourscheme_applied_to_JVP_inappropriately' into develop

JAL-4373 Setting the jvmmempc and jvmmemmax strings from the Arg.getName() for consistency. Updated some comments.

JAL-4373 Fix Main-Class and other attribute settings in the shadowJar manifest. It requires a 'dummy' Jar task with the correct settings.

JAL-4368 Only set a colour scheme if --colour is given or it's not a JVP file

JAL-4290 Fixed one test

JAL-4290 not quite working tests

JAL-4290 incorrect usage of main()

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 Add method to allow for specific settings. Revert setting show annotations.

JAL-4290 Set structureSelectionManager settings more generically and when no desktop exists

Merge branch 'bug/JAL-4290_headless_alignment_figure_with_sse' into bug/JAL-4290_headless_alignment_export_with_structure_annotations_doesnt_include_secondary_structure_and_temperature_factor

JAL-4290 new CommandsTest.headlessOrGuiImageOutputTest - uses CommandLineOperations.Worker to run jalview as a separate process to verify headless alignment image export should be same size as when launched with —gui

JAL-4290 Move some annotation visibility settings to after opening a structure. Set synchronously if in headless mode.

JAL-4356 update release notes

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4217 singleThread all tests

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2934proportionalScrolling

JAL-4353 bigger tighter test

JAL-4217 don’t try and export an image when Jmol is also trying to repaint

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4217 close internal frame on the swing thread to avoid deadlock

JAL-4353 helper method and test for primary/secondary and auxiliary arguments with --structure pdb0 --structureimage png0a --bgcolour col0a --structureimagepng0b --bgcolour col0b --structure pdb1 --...

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

JAL-4353 failing test

JAL-4353 fix assert that successive test output files get bigger in structureImageOutputTest and argFilesGlobAndSubstitutionsTest

JAL-4192 more specific info about versions needed

JAL-4353 re-used random color code

JAL-4353 Preserve the user given 'linkedId' with ArgValue, to help with deciding if user deliberately set a wildcard linkedId (or --all), to inform value of sub-args.

JAL-4356 bump RELEASE

JAL-4356 new release notes and whats new for 2.11.3.3 and JAL-840 release notes

Merge branch 'patch/JAL-840_clustalx_docs_fix' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

JAL-4353 Add a 'random' colour to produce a random colour.

JAL-4353 Add secondary Types for Args, for STRUCTUREIMAGE Type and restrict structureimages between structures on the same open alignment

JAL-4243 Updated bio.tools record and JSON (version number)

JAL-4351 update release notes for JAL-4342

Merge branch 'patch/JAL-4342_emptyannotationsexport' into develop

JAL-4342 test and patch checking annotation csv export contains the annotations on the alignment or a specific exported annotation

Patch fixes JAL-4165 - added to release notes JAL-4351

JAL-4351 2.11.3.2 scheduled for 1st December release

Merge branch 'bug/JAL-4344_structureimage_cl_arg_only_creating_background_colour_square-FIXED_from_develop' into develop

JAL-4344 careful application of -Djava.awt.headless=true to avoid Jmol problem. Using -Dapple.awt.headless=true instead for macOS. Fixed in install and conda shell scripts and also in jalview.bin.Launcher.

JAL-4343 fix insufficient-caffeine error - add whats new for 2.11.3.1

JAL-4343 release today, update notes for JAL-4348 and what’s new for release

Merge branch 'patch/JAL-4345_pae_epas1_doubleclick' into develop

JAL-4345 patch and release notes

JAL-4348 Add newer versions of Chimera and ChimeraX to the version whitelist

JAL-4343 patch for JAL-4347 uniprot non-pos feature parsing

JAL-4343 release notes for JAL-4340 and JAL-4243

JAL-4343 bump version

JAL-4243 Updated bio.tools record for 2.11.3.0

JAL-4340 Change launch scripts to be xresources to set executable permission bit where needed

JAL-4090 JAL-4334 patch in release notes

Merge branch 'bug/JAL-4334_unknownstartenduniprotfeatures' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4222_100s_timeout_on_imagexport' into develop

JAL-4273 actually pass startSeq etc on to rendering code when rendering for image export

JAL-4090 fix up release notes new known issues

JAL-4222 bail if we wait too long for Jmol to save an image

JAL-4090 blocker patch JAL-3772 tidy up groovy console when closed rather than calling its exit and hanging

JAL-4090 JAL-4334 position status when start, end or pos is unknown is stored in start_status,end_status,pos_status properties

JAL-4090 JAL-4338 known defect

JAL-4090 release 15th November 2023

JAL-4090 JAL-3858 fix up PAE docs - drop the EBI image example

JAL-4090 JAL-1551 source license

JAL-4090 relese date 14th Nov 2023

JAL-4236 don’t look for headers in JalviewJS

JAL-4336 set preferred dimensions for JTextBox workaround in JalviewJS

JAL-4090 fix JAL-4236 - just put the name of the class in rather than look it up in a fancy way

JAL-4331 construct and pass on overview title before asking desktop to open the window…