Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch'

JAL-3766 what’s new and release notes for 2.11.1.3

JAL-3759 fix compilation error for test

JAL-3766 release notes for JAL-3759

JAL-3759 exclude hidden columns when processing column selection

Merge branch 'documentation/JAL-3766_relnotes' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3766 release notes for JAL-3765 JAL-3763 JAL-3760 JAL-3751 JAL-3748 JAL-3725 JAL-3700 JAL-3611

Merge branch 'patch/JAL-3700_JAL-3748_JAL-3763_for_2_11_1_3' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3248 Fixed path typos in building.md/html and corrected shadow jar filename

JAL-3700 mapped sequence group includes short (or all gapped) sequences

JAL-3725 fix tests for EMBLFlatFile parser when mapping doesn’t include stop codon

JAL-3725 patch EMBL flat file to exclude stop codon from the mapping (for 2.11.1.3 - needs cherry-pick to 2.11.2)

JAL-3725 restrict mapped virtual feature location to mapped region
 Conflicts:
src/jalview/gui/PopupMenu.java

JAL-3725 helper methods for computing mapped feature range overlap

JAL-3725 exclude stop codon from CDS-to-protein mapping

Merge branch 'bug/JAL-3760_protsTreatedAsNucleotides' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3248 Added step to create the eclipse files before project import. Noted non-fatal NPEs during build with gradle 6.6+

JAL-3768 noticed failure of test when run as part of suite via gradle - whilst patching JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 for 2.11.1.3

JAL-3700 JAL-3748 JAL-3763 don’t add stop codon via alignAs if guide peptide doesn’t include C terminus.

update test for JAL-3763 redact shared DS sequences for contiguous CDS

JAL-3763 Javadoc, check for null, additional tests

JAL-3751 only merge strictly contiguous ranges of mappings

JAL-3763 test coverage for AlignedCodonFrame.markMappedRegion

JAL-3700 JAL-3763 create datasets for test sequences

JAL-3763 failsafe check for null

JAL-3763 refactored getCoveringMapping for virtual feature discovery

JAL-3763 always make a new dataset sequence for CDS sequence

JAL-3700 additions and corrections to unit tests
 (trivial) Conflicts:
test/jalview/util/MappingUtilsTest.java

JAL-3766 release notes for JAL-3611 JAL-3765

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

Merge branch 'bug/JAL-3765_Find_bugs_in_21112' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3766 cut new patch release

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch'

JAL-3765 fix test

fix for JAL-3765

JAL-3765 simple test that findAll finds all matches for a pattern when it is present multiple times in a sequence

JAL-3611 added quotation marks for appdir argument install4j uses to invoke getdown-launcher.jar

JAL-3760 fix tests for changed behaviour

JAL-3760 refactor nucleotide proportion test to per-sequence and return false if any sequence appears protein-like

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3758 tweak what’s new for 2.11.1.2!

JAL-3758 release Fri 25th Sep

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

JAL-3758 2.11.1.2 patch release notes and version bump

JAL-3757 JAL-3689 use AppletFormat.checkProtocol to resolve startup file’s retrieval protocol (sorry @benzoid for finessing you !)

JAL-3757 JAL-3689 Fixed checks for URLs by adding checks for https:// as well as 

JAL-3633 ensure check both  or https:// for urls

JAL-3748 not testing for sequence’s containment in mapped range breaks CDS reconstruction but allows  testAlignProteinAsDna_incompleteStartCodon to pass

JAL-3748 fix compilation error

JAL-3748 maximal test for JAL-3748 using covid19 CDS/Protein

JAL-3748 more tests verifying reconstruction of AlignemntView for linked CDS/Protein alignment and selected region

JAL-3748 reusable assert to trace specific issues with recovering the correct Sequence/Mapping (highlights points of failure for AlignmentUtilsTests with patch

JAL-3748 allow AlignedCodonFrame.covers to optionally only require coverage for either originating or mapped sequence.

JAL-3748 test data for SplitFrameTest

JAL-3748 don’t trash start/end on SequenceI reconstructed from a SeqCigar via SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash

JAL-3748 simple test for SeqCigar preservation of start/end and name for different ways of constructing SeqCigar and reconstructing alignment sequences

JAL-3748 additional asserts to verify start/end after reconstructing sequence from seqCigar

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch'

JAL-3675 release notes for JAL-3750 JAL-3751

Merge branch 'patch/JAL-3750_JAL-3741_https_patch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3741 http to https (and jar to jvp for exampleFile defaults!)

JAL-3750 parse protocol before checking if argument to -open can be opened as a file

JAL-3675 patch release date 17th September 2020

JAL-3748 preserve sequence IDs from original alignment view when alignment returned by web service or analysis method.

JAL-3748 recover complement alignment from complement alignmentView rather than let ‘alignAs’ to do the work

JAL-3748 make findAlignedSequence require mapped from/to to properly contain the given CDS or protein sequence

JAL-3748 pass a list to findAlignedSequence to return mapping that relates CDS and the returned Peptide sequence to avoid searching twice

JAL-3700 JAL-3748 use AlignedCodonFrame.covers(seq,true) to select the protein that matches a CDS sequence

JAL-3700 JAL-3748 AlignedCodonFrame.covers(seq,true) to verify mapping matches seq’s dataset sequence start/end rather than seq

Merge branch 'failingTest/JAL-3748_reconstructCDSafterProteinMSA' into cherry-pick/JAL-3700mapSequenceSelection

JAL-3700 fix for propagation of sort commands

JAL-3700 check for 'covering' mapping when matching CDS to peptides

JAL-3748 store an AlignmentView for the complement within an viewport’s AlignView so it can be recovered after a web service operation

JAL-3675 logged JAL-3748 as known defect

JAL-3765 JAL-3718 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3718_fixed_getdown_patched_for_Release_2_11_1_Branch' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3718 Fixed getdown auto-update. This commit Getdown jars and version files.

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown src files

JAL-3675 typo in release notes :(

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3732

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

JAL-3675 update release date and release notes for JAL-3280

Merge branch 'improvement/JAL-3280_Migrate_the_VersionChecker_service_to_build_properties' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3675 whats new, logging and release notes tidying for 2.11.1.1.

JAL-3676 rework logging docs.

Merge branch 'bug/JAL-3718_Getdown_does_not_autoupdate_correctly' into releases/Release_2_11_1_Branch

JAL-3676 remove mention of Castor

JAL-3675 tweak release notes for JAL-3667, JAL-3702

JAL-3675 update sequence fetcher service documentation for JAL-3692 (ENA Flatfile) and refreshed links for other endpoints.

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3680 merged description of individual cursor key actions

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3676 adding Axis and Castor loggging properties to the help text

JAL-3676 Documentation in Help for Java Console, Logging and Reporting Bugs

Merge branch 'releases/Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL_1842+JAL-3509+releases_Release_2_11_1_Branch

report JAL-3127 as known defect (fix targeted for 2.11.2)

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output