JAL-2588 Check/fix show boxes settings + unit test updates.

JAl-2588 test updates

JAL-2588 Added tests

JAL-2588 (and JAL-2610, JAL-2603) mid refactor

JAL-2603 Putative fix

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into feature/2588

JAL-2588 Gap colour scheme now shown in overview

JAL-2563 test updated for fix

Merge branch 'bug/JAL-2386groupConservationColouring' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/develop' into bug/JAL-2591

JAL-2418 typos

Merge branch 'bug/JAL-2589gapColour' into develop

JAL-2577 mirror select/hide by annotation in split frame applet, and on
Cancel

JAL-2591 Updates following code review

JAL-2577 mirror hide/select columns by annotation across split frame

JAL-2418 updated release branch/version and release date before forking release branch

JAL-2589 render colour scheme gap colour in overview

JAL-2594 avoid stack trace creating feature on gapped region

JAL-2588 Consistent gap colour when in None colour scheme

Merge branch 'bug/JAL-2589gapColour' into feature/2588

JAL-2386 JAL-2570 use ResidueShader copy constructor in SequenceGroup
copy constructor for 'like but yet unlike' colouring of new group

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Clarification to URL link code

JAL-2591 made redraw volatile

JAL-2591 Refactor HiddenColumns to use ArrayList instead of Vector

JAL-2591 More HiddenColumns refactoring. Tests passing.

JAL-2591 Further refactoring (still incomplete)

JAL-2591 More refactoring (incomplete)

JAL-2591 Hidden columns regions can be output to string + test

JAL-2591 updated HiddenColumns::findHiddenRegionPositions + test

JAL-2591 Overview changes ported to applet

JAL-2591 More rationalising of hiddencols

JAL-2386 ensure group conservation shading is applied from slider

JAL-2591 Increased granularity of overview panel update checks

JAL-2591 simplifying hidden columns usage

JAL-2591 Removed getHiddenRegions()==null checks which are always false

JAL-2591 Added readwrite locking on HiddenColumns

JAL-2589 correct colour for Gap in Score and User Defined schemes

Merge remote-tracking branch 'origin/bug/JAL-2576' into bug/JAL-2591

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2590 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2590' into develop

JAL-2590 patch for rendering eggnog trees with polytomies (also see

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2576 release notes

JAL-2588 Naive implementation of gaps as grey in overview

Merge branch 'bug/JAL-2576' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2586' into develop

JAL-2586 Checkstyle flagged fix of unintended fall through

JAL-2571 Missed (alwaysRun=true) for @BeforeMethod

JAL-2228 java 1.7 compliance

JAL-2291 updated docs

JAL-2291 only hide/show columns intersecting with currently selected region.

JAL-2291 get bitset representing hidden columns

JAL-2291 use HiddenColumns.hideMarkedBits and take union of selection and sequence under popup

JAL-2291 method taking a BitSet for hiding columns

JAL-2291 bug fix - BitSet.set is [start,end+1)

JAL-2291 fixed broken asserts for SequenceI.getInsertionsAsBits

JAL-2291 ‘Hide Insertions’ now operates on selection or if none available, the sequence that was right-clicked on.

JAL-2291 SequenceI.getInsertionsAsBits for convenient logical operations

JAL-2582 comment about IDs being lost if they resembl ensembl IDs but can’t be resolved to a genomic ID.

JAL-2582 recognise ENS…P peptide IDs and make two getParent requests to get gene ID.

Merge branch 'bug/JAL-2578' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2577' into develop

Merge branch 'features/JAL-2228_featureSetCounts_minRangeTweak' into develop

JAL-2473 revised default minimum dimension for Alignment Frame windows

JAL-2228 always create zero score annotations, since select/hide annotation filter ignores null positions in rows

JAL-2228 always set minimum for count to zero for annotation row

JAL-2576 Proposed fix

JAL-2577 Don't allow viewport ranges below 0. Unit tests updated.

JAL-2578 Moved hidden columns reveal to before selection adjustment

Merge branch 'features/JAL-1648_cache_user_inputs' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2418 release notes for JAL-2547, JAL-2563, JAL-1256

Merge branch 'JAL-2571' into develop

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2398 - updated groovy script for direct field modification

JAL-2418 JAL-2563 release notes

JAL-2418 typo

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-2418_release2102

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-2375 fix unit test to reflect improvement

Fixed failing tests

JAL-2533 updated unit test to reflect improvement

JAL-2547 handle contact features 'around' a gap correctly

JAL-2573 Fixes for alignment < viewport width, and similarly height

JAL-2547 tooltip/AmendFeatures on gap straddled by feature, not for
adjacent feature

JAL-2571 Corrected alignment width/height checks to visible only

JAL-2570 don't zap group colour scheme when mapping over split frame

Merge branch 'bug/JAL-2034contextchange' into develop

JAL-2388 release notes

JAL-1648 improvement on finder searchbox keyboard control - Enter to update search box if popup is displayed otherwise perform find next action

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2520 properly documented as a fixed bug in release notes

Merge branch 'documentation/JAL-2418_release2102' into develop

JAL-2465,JAL-2520,JAL-2533 release notes

Merge branch 'features/JAL-2465_No-mapping_Jmol-structures-loaded-via-url' into develop

JAL-2533 update javadoc

JAL-2465 fixed groups for JmolViewerTest.testStructureLoadingViaURL

JAL-1648 code fix - enter key should pick selected item on finder searchbox