Merge branch 'develop' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

JAL-3836 Allow .ext.gz files to be recognised in the File Chooser if .ext is a recognised extension.

JAL-4090 JAL-4338 known defect

JAL-4090 release 15th November 2023

JAL-4090 JAL-3858 fix up PAE docs - drop the EBI image example

Merge branch 'bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3' into bug/JAL-4238_PAEs_not_being_shown_in_JalviewJS

JAL-4059 update intervalstore-1.2-site.zip transpiled with new j2s

Merge branch 'feature/JAL-3576intervalStore_1_2' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4238 examples files for PAE

JAL-4059 added test for <br/> break

Merge branch 'bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 fix other PopupMenuTest

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 revert to intervalstore 1.1 for VCFLoader

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 fixed a test that is now working as expected due to <br/>. Better calculation of long line with HTML tags.

JAL-4059 Fix the tooltip formatting for when, e.g. enclose=false

JAL-4059 redo these tests as TestNG asserts to add message

JAL-4090 JAL-1551 source license

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 Updates to miglayout, varna, intervalstore, with re-transpiled javascript libs. Some failing tests

JAL-4090 relese date 14th Nov 2023

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4236 don’t look for headers in JalviewJS

JAL-4336 set preferred dimensions for JTextBox workaround in JalviewJS

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4090 fix JAL-4236 - just put the name of the class in rather than look it up in a fancy way

JAL-4331 construct and pass on overview title before asking desktop to open the window…

JAL-4059 updated intervalstore jars to match updating util/jalviewjs/libjs/intervalstore-site.zip

JAL-4240 Remove unnecessary whitespace, being rendered in JalviewJS. Split on both <br> <br/>. Should make consistent at source, mea culpa.

JAL-4059 tidyup

JAL-4059 Change long querystringnamespace to namespace as it's being used for more than query string now.  Add a spinner image for proof of concept loading indicator.

JAL-4059 Tidy getting the namespace, and save the namespace in the Jalview instance for retrieval within Java.  If namespace exists when desktop appears, remove a div by id ns:jalviewSplash from the HTML page.

JAL-4059 fix not merging html files to the final site from libs

JAL-4059 SwingJS from java2script github repo.  It works\!

JAL-4059 Checked through and fixed build tasks

JAL-4059 Fix up Jsmol calls and delete html files from JS zips in build.gradle.  Improve closure-compiler core creation with merged swingjs.  Change startup file for core example page.  Add querystringnamepspace to example pages.  Remove unnecessary core lists.

JAL-4090 minor missing word correction to whatsnew

JAL-4059 fix that boolean for non-value query string args

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4059 --timeout not needed with --virtual-time-budget

JAL-4239 Using own id generation to avoid Random.nextLong() not implemented in jalviewjs

JAL-4090 JAL-1551 spotlessApply

JAL-4090 tweak what’s new

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4090 reported new known issue JAL-4328

JAL-4059 updated _j2sclasslist.txt

JAL-4059 updated test for StringUtils

JAL-4192 minimal specification of gradle version in building.md

JAL-4059 New namespaced query string parameters.

JAL-4090 fix up release notes - add notes or JAL-4216 JAL-4169 JAL-4250 JAL-4327 and remove erroneous note for JAL-3776 (targeted for 2.12 release not this one)

JAL-4169 fix up urls to faq and documentation

JAL-4059 swingjs and Jmol-SwingJS.zip from Jmol github.

JAL-4059 Update closure-compiler.

JAL-4090 known issue report for JAL-4517

JAL-4090 release notes for JAL-1713 JAL-2528 and known issue report for JAL-4127

JAL-4090 JAL-3921 release notes

Merge branch 'patch/JAL-3921_jmol_session_save' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3921_jmol_session_save

JAL-4217 wrap progress bar creation in an invokeLater to avoid setFont deadlock with other ops

JAL-3088 release notes JAL-4090

JAL-1551 formatting

Merge branch 'patch/JAL-3088_finalbracenotinrightplace' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3088_finalbracenotinrightplace

 Conflicts: - JAL-4250
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java

JAL-4090 update release date to friday 3rd November
Release notes for JAL-4252 JAL-3858 JAL-2292 JAL-4288 JAL-4151

JAL-4090 JAL-4293 JAL-4325 release notes

JAL-4090 JAL-4218 patch and release notes - don’t include dist in tarball

JAL-4090 marked JAL-4290 as a knowndefect

JAL-4090 JAL-4110 JAL-3599 release notes

JAL-4090 JAL-4310 JAL-4298 JAL-4282 JAL-4223 release notes

JAL-4090 JAL-4147 documentation for revised sequence associated annotation display and pop-up menu

JAL-4090 release notes for JAL-4304,JAL-4305 and JAL-3783 and marking JAL-4323 as known issue (groovy scripts colourschemes and file formats)

JAL-4289 JAL-4253 lower end of group boundary vertical needs to be flush with horizontal

JAL-4090 JAL-4281 JAL-4311 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project' into develop

JAL-4281 patch test so it passes on build server and accepts different legacy idwidth on macs

JAL-4090 release notes for JAL-4315

Merge branch 'feature/JAL-4315_fc_draganddrop' into develop

JAL-4090 JAL-4317 release notes

Merge branch 'patch/JAL-4317_enablefeaturewhenadjustingstyle' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4281_idwidthandannotHeight_in_project

 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignmentPanel.java
and regenerated schema binding

Merge branch 'patch/JAL-4260_fix_up_select_via_ruler_in_wrapped' into develop

JAL-4260 encapsulate logic for resolving nearest column and do better using it in wrapped mode for drags/clicks/popups on alignment

JAL-4260 reinstate annotation auto-id-width for wrapped view in headless mode (JAL-244) whilst still right-aligning labels

JAL-4059 Add the newest exampleFile_2_7.jar to the JalviewJS examples (I want the structure\!).

JAL-4260 fix up click/drags on ruler area in wrapped mode.

JAL-4059 simpler reimplementation of StringUtils.separatorListToArray to avoid unnecessary use of Pattern and regex because of possible jalviewjs Pattern incompatibility

JAL-4059 Actually fix the order of js lib syncs to site.

JAL-4059 upgraded Jmol

JAL-4260 right align the annotation labels regardless of width in wrapped mode.

JAL-244 noticed NPE exception was possible when visibility was adjusted in wrapped mode

JAL-244 knock on - make sure alignPanel is laid out properly after adjusting height. Probably a better

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4059_update_swingJS_for_JalviewJS_2_11_2_and_2_11_3

JAL-4319 Downgrade shadow(Jar) module to stop triggering clover

JAL-4059 Just keeping these jsmol versions handy.  Remove these files before merging to develop.

JAL-4059 If we upgrade Jsmol, do we want to upgrade Jmol to the same version?

JAL-4059 Converting Pattern/Matcher methods that are possibly incompatible with JS regex equivalents

JAL-4059 rename jsmol zip file for clarity

JAL-4059 ensure order of transferring JS lib zip files to site is consistent

JAL-4317 enable display of feature when showing its colour or filter settings dialog, and restore original visibility if cancel is pressed.