Looks to viewportfor global settings

Addition of rubberband

Now draws group, rubberband

sequence selection modified

SELECTED IDS COLOURED LIGHT GRAY

COnservationSelected and rubberband method setup

Colour scheme new global implementation

Colour etc is now globally set

Check if sequence is in group before adding

Use cross platform lookandfeel

Dont use updateResidueView

Space char added

remove import of jbgui

default gap char is -

wont work at present, renderer is null

remove splashscreenclosing line

Preparing for groupselect mode

av.charWidth is now an int

send SequenceGroup to renderer

charWidth is now an int

Text alignment changes

Allow operation if no groups exist

Colourscheme is null

invalidate and validate after closing splashscreen

Space added

Add globalcolourscheme

Sort groups bug fixed

Now has res start, res end

default gap char is -. Getting ready for group select mode

Search on residue position and within selection

splashscreen activated

removed divider from edit menu

Search menu added

If search results==null, displaySearch is false

When closed, highlightSearchResults( null )

show search results added

showinternal***dialog

search function added

rendergaps(boolean)  function added

showInternalInputDialog

Dont render gaps in overview panel

Brackets moved

Find routine added

Char to string comparison

Gapchar is a char, not string

Set gap chararcter replaces all existing gap chars

Modified output to reduce HTML file size

Find added to edit menu

New class

New function to highlight text search results

New classes

Space changes

About info updated

set display boxes must be applied to groups

printing now uses printer fonts

if sequence is in selection when removed, remove from av.selection

doesn't create an image for drawing, important for printing

checks for new selection before adding a new group

returns color.white if residueBoxColour is null

Moved colour text menu

not used at present

New files

space removed

print menu item added

setcolour in seqpanel now needs to know about conservation

allow for printing

try out graphics 2d

remove import of analysis

printing added

allow printing and 3d viewer

updates

make variable public

remove jbgui import

remove system.out

Add only colours that currently work

new file

change names of space filling panel

ConservationColour added

New files

add fix if colour is white

Remove viewport from constructor

Make sure we're talking about the same alignment!

No need for viewport or colourtext in renderer

Initial size of overview

Halfway to wrapalignment,

Halfway to wrapalignment, shows swissprot file

New Class

New class

Show all hydrophobic residues

halfway to wrap alignment

Conservation colour in place

now has a name

initial colour of sequence is black

SequenceGroup may have name

don't use setdefaultlookandfeeldecorated, its buggy

Removed spaces

Adds sequence number to status bar

Comment out all PID and frequency calcs for the moment

Move drawing out of repaint method

Only 4 or more sequences allowed for PCA