Comment out lower case colouring for bug fix release

Remove system.outs

get idWidth should use italic font when getting size

Error message if file not found moved for headless state

visWidth allows borders to be drawn around offscreen images when making images

Remove system.out

getVisibleIdWidth() for making images

added copy consensus sequence to consensus annotation popup menu

getVisibleContigs() returns start and end positions of visible regions of an alignmentView.

javadoc on contigs

Dont look for middle mouse on the Mac

MAC moved to viewport

feature settings

Feature Settings

GraphHeight might be zero

jnet file is 1 to 1 mapping

Remove unnecessary separotor

Gap added to aa3Hash

User colours are case sensitive

Can shrink graph to zero

No stacktrace

createMapping alreadyMapped

Additional repaint

jnetfile can be loaded onto alignment

SequenceMapping updated

Jnet files sent to servlet as annotations

unbalanced head tag

volume 20

2.1 updates

add link.gif

2.1 update

To uppercase only visible

documentation - adding new Input data menu entries.

added note on column-separability

documentation

getSequenceStrings() bug fixed.

Remove group when hiding cols from scalePanel

2006

Put transparency back

make 1.1 compatible

hidden region recovery in JPred and new hidden region pruning function

off by one bug in hiden column unmarshalling

header updated

header updated

validate groupPanel

validate groupPanel

Add uniprot DBref

Remove system.out

1.1 compatible

Refactored Jnet and added hidden columns support.
fixed undo-redo bug, hidden columns are moved with gapped columns and delete columns and undo-redo.

fixed undo-redo bug, hidden columns are moved with gapped columns and delete columns and undo-redo

removeGaps method can record changes in alignment columns to pass to ColumnSelection

fix for truncation of sequence associated annotation mapped onto alignment

added shiftList to record changes in alignment column positions.

remove gaps method from AlignFrame.remove_gaps_actionPerformed

inverse ShiftList and SequenceI.gapMap->ShiftList methods.

avoid null pointer exceptions

javadoc

Check colourScheme is not null - jalview prior 2.5 incompatibility

dont remove all representative seqs on delete groups

remove all representative seqs on delete groups

treeFile = treeFile

Only discover DAS sources if panel shown

only set new layout if 2 buttons visible

Jalview features format adds links as hrefs

H key updates

OptionPane invokeLater

If no annotation exists

Set bg white

Hold onto selected region when hiding all columns only

moved visible sub-alignment extraction and update from MsaWSThread to
an AlignmentView method, refactored JPredClient to new abstraction and
added flags for canMergeResults and openResultsImmediatly to web
service gui.

javadoc

Monospace check

1 more pixel allowed between chars and graph

Keys update

control and shift

Dont set group null hideCOls

OptionPanes invokeLater

Control and alt for toggle hide

Fire alignment changed if seqs hidden / revealed

Correct title for sequence parameter applets

Sequences can be added as parameter

H key added

make annotation label font size follow alignment font size.

first stage of adapting JNet client to hidden regions and new WSClient
structure.

fixed alignment ordering name.

ensure that close widget is available for jobs that cannot be
cancelled.

Acknowledgement

Setselectiongroup null on hide

H key to hide / reveal

Add key listener to scalePanel and annotationPanel

Select revealed seqs

WRITEABLE_FORMATS and READABLE_FORMATS string []

Move features to dataset

Stockholm parser added

Stockholm parser

refactored to create generic polling thread and subjobs

2.1 updates

function to indicate job has finished but no results are available.

New file