formatAdapter.formats, remove redundant code

1.1 compatible, formatting changes

FormatAdapter readFile

1.1 compatible

findKmers and fetchSequenceFeatures removed

Removed as obfuscation of classes wiill change class names

selects default colour

just tidying up unused imports

stopped duplicate jars appearing in jalview.jar
beginning of 'automatic ws client' generation.

REad in defaultColour

preferences held statically

preferences moved to desktop

read in preferences at start up

Added MuscleWS back in

First try with MuscleWS and vamsas.simple.objects

First try with MuscleWS

no longer used

Label changes as AF recommended

must set consensus in child colourscheme

Updated for use by preferences panel

GUI changes

Preferences panel added

Viewport now looks at preferences when loading up

Set fullscreen if in preferences

can search ids

set as default added

search ids added

Menu names changed

JInternalFrame is within class. Method to load default added

Preferences panel added

set gap char modified

added MuscleWS and did a bit more standardisation of WS threads.

if applet, load properties in void init

+1 in fastpaint sends coloured text outofbounds

dont update overview every repaint

Loading alignment threaded

Syncronize drawPanel, as overviewpanel is threaded

Overviewpanel allows for large alignments

add consslider to palette layer

Allow for clipped region when printing

Tick 5 and 10 marks

Printing changes

update conSlider when colour changes

Allow for -open arg

no need to keep setting selected, its on the palette layer

add splash to palette layer

Printing of trees corrected. Antialiasing on

painting syncronized, spin increments in units, not loops of the thread

wrap alignment box paints correctly

blosum62 must have its on consensus

setendres -1

position of bioinformatics

set PNG antialiasing on

show sliders when first selecting conservation,PID

dont drag beyond end of alignment

selected group draws last residue

repaint removed

fastPaint modified incase scroll is more than page size

calls fontChanged

fontChanged method added, componentListener removed

make sure we draw last line of wrapped alignment

allow for final line of alignment

fix wrap alignment vscroll visible amount

check if colourscheme is null

AlignPanel RefreshPanels put into paintComponent

clustalx exception in colourchange

no longer used

consensus held in residueColour

no need to send consensus

takes on methods previously in desktop

no need to send consensus everytime

pid and conservation changes

adjust annotation panel height when font changed

pid and conservation slider moved to sliderPanel

fontmetrics must be obtained after font change

draw graph label lower down

public vconsensus available for PID and Blosum

PID and conservation colouring changes

conservation & consensus recalc if group changed

comment out jnetpropb, h and c

not added to the palette layer

use 3 as the threshold

if image is null, repaint

blosum colour now displayed ok

use webservice info

update status bar with mouse over

use webservice info to display web service state

new class

consistent percentage gaps filter for conservation calculation.

added quality calculation from Jalview118, and scale dependent
colouring of conservation and quality histograms.
Obvious for loop optimizations have also been applied.

Gap characters are now properly detected in the conservation and PID
calculation. They are always counted in the '-' element of the residue count hash.

Fixed so that all alternate residues are used to calculate blosum62
conservation.

Added order-preservation for clustalW alignment. No support for
recovering order yet.

sortByTreeMenu added

use AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH

getTree method added

if not active tree, colour threshold grey

use NEW_WINDOW_WIDTH

invalidate alignPanel before changing size

new constructor for addtodesktop, sliders set to top layer