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Merge branch 'tasks/JAL-3035_remove_dasobert_dependency' into develop

JAL-3035 documentation in 2.11 release notes (and 2.11 fictional release date)

JAL-3035 remove DAS UI documentation

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JAL-3035 - jalview-das is no more !
 - jsdas lib removed
 - DAS settings panel deleted (Feature settings pane has no tabs now)
 - all code for wrapping DAS sources and retrieving sequences and features from them is gone
 - test methods/main methods have been de-dasified or removed if their only purpose was to test DAS source discovery
 - fancy sorting code to account for DAS sequence source names has been removed

JAL-3035 (unrelated) random XML error in nbbuild.xml

JAL-3032 updateOverviewImage on construction

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3033 force overwrite for .classpath from .classpath.js

synchronize fixed

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 fail if the transpiler isn’t updated from swingjs/…

JAL-3033 local build server path for eclipse

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 don't place desktop at negative x or y position

JAL-3033 more copy/git debugging of task

JAL-3033 copy the right .classpath.js !

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into task/JAL-3033_jalviewjs_ant

JAL-3033 update the eclipse project before building, edit class path, and copy artefacts from eclipse project back to build directory

JAL-3033 custom .classpath for eclipse build

menu enable/disable for radio and checkbox items

String.concat$S missing

fix for fix for Character.toTitleCase

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

Collections difference Apache vs Oracle

<E> vs <T> for SingletonList

JAL-3033 try to configure eclipse workspace via property

JAL-3033 working ant target for headless build of jalviewjs

adds MouseEvent.preciseWheelRotation

JAL-3033 comment about testing if eclipse build completed

JAL-3033 configure dropins, run eclipse build and copy in resources in a single task

synchronized() fix; to/isTitleCase() as ...UpperCase()

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' into tasks/JAL-3033_jalviewjs_ant

new SwingJS-site.zip and net.sf.j2s.core.jar

fixes synchronized()
fixes new int[] {'a'}

// BH 6/24/2018 -- synchronized

synchronized(a = new Object()) {...} ---> ...; only if an assignment or
not a simple function call to Object.getTreeLock()

JMenu/JMenuItem enable/disable

uses

$(node).[add/remove]Class("ui-menu-disabled ui-state-disabled");

Dialog motif:

    // BH 2018 -- providing a callback for SwingJS
    // dialogOption is just a simple way to provide
    // context for the modal-like response.
    // The only requirement is that desktop implement
    // PropertyChangeListener, which is used already in Java
    // for changes in input value and such within the dialogs.

    String dialogOption = "label.input_alignment_from_url";
    desktop.dialogData = new Object[] { dialogOption, viewport, history
};
    desktop.onDialogReturn(
            JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
            MessageManager.getString(dialogOption),
            JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION));

    // no code may follow this, as SwingJS will not block
    // callback in JavaScript comes via a property change event,
    // thus going into desktop.onDialogReturn(int) just the same as
    // in Java.

asynchronous modal dialogs using PropertyChangeListener for JavaScript

JFrame fix for Window->JComponent

JAL-3032

Update complete for

- menubar background
- direct running of Jalview.main(args)
- InternalFrame production

AlignmentFrame opacity set to TRUE for JavaScript.

This seems to be some sort of JavaScript fluke, because if you set the
background color of an internal div to opaque but then set the
background color of that div's parent to transparent, then it goes
transparent.

default MenuBar menu background color

set to lighter grey to match Frame color (#EEEEEE) in
HTMLLookAndFeel.java

typo in swingjs/plaf/HTML5LookAndFeel.java

typo in synchronized() fix

org.json.simple

JAL-3032 BrowserLauncher simplified for JS

window.open(url)

moving SwingJS-site.zip to /swingjs/

RELATIVE_URL

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JAL-3026 JDesktop/JInternalFrames support + relative URL file loading

- preliminary
- no minimization to JDesktopIcon
- no maximization
- z-order not checked

See JalviewJS2.java

new SwingJS-site.zip

AlignFrame.java:

JS bypass for addServiceListeners()

AppletFormatAdapter.java:
DataSourceType.java:
FileParse.java:

adds DataSourceType.RELATIVE_URL

for indicating files relative to the HTML page.

Desktop.java:

JS bypass for Console, Dialog Thread, News, Vamsas, and URL links

Jalview.java

JS bypass forparsing h, help, nodisplay, nogui, jabaws, startup example.

JAL-3032 avoid assignments on the same line as synchronized

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JAL-3030 size split frame taller

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fix for no access-control-origin on jalview site

JAL-3033 formatting

JAL-3033 WIP ant tasks for jalviewjs

JAL-3032 more informative failure message

JInternalFrame implemented as such; no need for JSInternalFrame

JAL-3032 adds JSInternalFrame

JSInternalFrame extends JFrame.

Motif involves coercing a JInternalFrame in Java to a JSInternalFrame in
JavaScript:

<code>
JInternalFrame f;

/**
 * @j2sNative
 *
 * f = Clazz.new_('javax.swing.JSInternalFrame');
 *
 */
{
 f = new JInternalFrame();
}
</code>

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JAL-3032 transpiler and runtime fixes

for(final int xxx....)
regex Matcher charSequence.subSequence$I$I

JAL-3030 allow uncaught exceptions (for easier JS debuggin)

JAL-3030 try to open a split frame if file and file2 are supplied

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ToolTip fixed.

new SwingJS-site.zip
new Transpiler "for var var"

JAL-3032 round Quality score for tooltip (as it becomes double in JalviewJS!)

JAL-3032 new SwingJS-site.zip

JToolTip (still issues with HTML)

core_jalview creation

JAL-3032 for (var var

temporary JSProgressBarUI

fixes menubar closer issue

JS fix for JTooltip popup cache class error - new SwingJS-site.zip

SeqCanvas and OverviewCanvas

It's important for us that these extend JPanel, not JComponent. This is
because we have slipped in a new subclass, JSComponent, that extends
JComponent and is a superclass of all Swing components in SwingJS.

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fixes broken MissingResourceException

new SinwgJS-site.zip

JAL-3032 simplified _LoadFileWaitTillLoaded with no thread

new SwingJS-site.zip

JAL-3032 FileLoader fixes for SwingJS

SwingJS-site.zip for java.util.concurrent.locks.*

swingjs/j2s/java/awt/KeyboardFocusManager.js
was not found. (in JInternalFrame)

add java.util.concurrent.locks

update of javajs package; adds org.apache.harmony, org.xml.sax.helpers

File format identified as Fasta

Bob first commit JAL-3032

- jalview/bin/cache.java
 propsAreReadable true for JS
 authordetails, builddetails "xxx" for JS for now
- org.apache.log4j -> jalview.javascript.log4j (minimal)
- jalview/util/MessageManager switch to org.apache.log4j

JavaScript Status:

jalview.io.FileFormatException: Failed to read data from source: CANNOT
ACCESS DATA AT URL 'http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa'
((intermediate value).toBIS$O is not a function

MessageManager logger to log4j

JAL-3032 load properties as "java.properties"

JAL-3030 suppress change that goes with JAL-3031

JAL-3030 reads features file, properties file

JAL-3030 added menu bar

JAL-3030 first cut of JalviewJS.main entry point accepting 'file' parameter

JAL-3026 adding javajs package

adding a general utility package for Java or JavaScript.

JAL-3026 - adding README-BH

first commit

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop