JAL-3442 removing reinstated code

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253 JAL-3442 just comment tidying

JAL-3444 SwingJS-site.zip fix and renderer.seqfeatures fixes

- BufferedImage implements Image.flush() to clear pixel cache;
- JSGraphics2D check for opacity 1 before clearing HTML5 canvas
AlphaComposite

- FeatureColourFinder applies

ifJS() {
        g.setColor(Color.white);
        g.fillRect(0, 0, 1, 1);
}

so as to clear the HTML5 canvas image before applying any other color.
Also applies

    if (Platform.isJS())
    {
      offscreenImage.flush();
    }

just before offscreenImage.getRGB(0,0) to force the image to recreate
its cached pixel from the HTML5 canvas, which is drawn to directly.

mistakenly uploaded test version

JAL-3437 issue with
System.getProperty("javax.xml.datatype.DatatypeFactory")

1/2 ?

moving 10-poxgenomes.bbb and newer IdentifyFile.java to "unused";
revering IdentifyFile.

reverting FileFormat; moving BSMLFile and related FileFormat to unused
for now.

JAL-3445 preliminary BSML reader

- was missing org.w3c.xml.Node implementation of getTextContent() in
swingjs.xml.JSXMLNode.java

- now working in JavaScript

JAL-3445 preliminary BSML reader

- only dna type
- only GENE class features
- only primary strand reading, not complement
- test file put into examples/testdata
- uses javax.xml.parsers.DocumentBuilder
- seems to work in Java; needs TestNG test
- not tested in JavaScript
- for discussion only

JAL-3383 get color as int options removed (to separate branch 3443)

JAL-3383 removing colour caching (to a separate branch)

JAL-3383 code tidying

JAL-3397 revert loop to forwards order

JAL-3397 skip instanceof check for JS's benefit

JAL-3437 JAL-3253-applet

SwingJS-site update for JVP files scanning using both
PARSE_TOP_LEVEL_ONLY and PARSE_ALL, despite requesting only top level.

clears "JSJAXBUnmarshaller could not associate a field..." message.

JAL-3253-applet JAL-3439 Preferences issues 1/2

minor tab ui changes in SwingJS
JScrollPane peer issue update in SwingJS

still an issue with Preferences Link tab table row height being set to 6
instead of 16 (suspect font size coming in as 0 for some reason -- will
investigate)

SUGGESTED sizing, positioning changes for Visual tab and overall size.
Issues involve Visual tab checkbox overflow, panel overflow, and Link
"double-click" header overflow
at least in Windows Java and JavaScript.

JAL-3140 update intervalstore jar to v1-1 tagged version

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-4440 overview 1 pixel off in hidden row view

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 tidy up NCList and alternatives

JAL-3253-applet SwingJS fix for CardLayout (menus) broken by
ObjectStreamField overlay

JAL-3437 JVP reading broken in JS

updated SwingJS-site.zip

transpiler update just involves enhanced j2s.compiler.mode=debug option

JAL-3436 file...reload not working.

File.isDirectory() returns true in SwingJS.

JAL-3435 AlignFrame not setting JInternalFrameListener in JS

JAL-3253-applet JAL-3397

fixing CrossRef equals broken by reversion of changes relating to
equalsInterval.

adds equalsWithParent

JAL-3253-applet JAL-3397

JAL-3253-applet JAL-3397

- adds IntervalStore0Test
- adds nonc.IntervalStoreImpl
- adds nonc.IntervalStore0Impl
- sets FeatureStore options to these Impl classes in order to override
sameInterval for SequenceFeature and allow drop in of nonc.IntervalStore
without editing.

JAL-3253-applet JAL-3397

updates intervalstore.nonc to not use interval.equals() unnecessarily.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

test update

JAL-3383 minor code tidying and commenting

JAL-3210 updated IntervalStoreJ classes in srcjar

JAL-3397 updated intervalstore-site from intervalstore-1.1 source

JAL-3397 update eclipse-js classpath for intervalstore v1.1

JAL-3397 timing comparisons for (add then query) IntervalStore

JAL-3397 impl.IntervalStore and nonc.IntervalStore unified api

JAL-3401 reset 'no repaint' flag after New View / copyAlignPanel

JAL-3397 final update

JAL-3429 JAL-3253-applet

OverviewRenderer not implementing hidden column mode using BitSet.

JAL-3253-applet JAL-3397 switch back to original (MC) IS+NCList after
testing complete.

JAL-3253-applet JAL-3423

CacheableInputBox direct update mode for testing removes need for wait.

JalviewJS complete PASS on Windows

(other than the usual three Xref fails)

JAL-3253-applet JAL-3423

AlignFrameTest fixes for timing and lack of ResidueShading conservation
data.

JAL-3253 JAL-3397 adds (original MC) intervalstore code to implement
modified api interfaces

JAL-3253-applet JAL-3423 TestNG/Win

fixes errant debug "return;" in j2sApplet key listener

JalviewJS2 optional headless, output

 commented out unless desired for testing

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

FeatureColourFinderTest error only in batch mode

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

SeqPanelTest error only in batch mode

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

mac CTRL test is only for Macs.

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bug found in wrap tool tip (also in Jalview-Develop) due to some
messages having only one of <html> or </html> and some having neither
but still having <br> (potentially)

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bob bug found in IntervalStore-noNCList

note that identifier can be null, resulting in a null pointer exception

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

Bob Bug found in boolean testing of FeatureRendererModel

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

CommandLineOperations indicates absolute file path; adding output file
option to JavaScript

JAL-3253-applet JAL-3423 Windows TestNG

- PDBEntry file name needs to normalize \ and /.

TestNG find for JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-3424 headless fix for Windows

JAL-3253-applet JAL-3424 headless fix for Windows

hard-codes workingDir for TestNG for unknown necessity.

developer note pnly

   *
   * BH Note: It is critical that any call to
   * AlignViewportI.setGlobalColourScheme is followed closely, if not
   * immediately, by a call to AlignPanel.repaint(true, true) so that
the
   * overview is updated. When that happens, the sequence overview color
caches
   * are cleared.
   *

JAL-3397 JAL-3253-applet

TEMPORARY disabling of NCList due to incompatibility with API in TestNG.

JAL-3253-applet no-NCList IntervalStore fixes

JAL-3423 testNG fixes for Windows

 - \r\n, slightly differerent font metrics

JAL-3423 testNG fix for revised tooltip html format

Transpiler update fixes nuisance null-pointer error message when .j2s is
set to disabled.

JAL-3423 TestNG test bugs

PDBEntry needs to normalize file names under Windows, particularly for
TestNG tests.

JAL-3423 TestNG test bugs

Cache logger not initializing early enough for some TestNG tests.

JAL-3422 JAL-3253-applet

SwingJS-site.zip fix for FontChooser combobox missing all text and
dropdown.

Merge branch 'Jalview-JS/jim/JAL-3253-JAL-3418' into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3235 -Dtestng-verbosity=10 to trace execution of TestNG tests

JAL-3253 fix scrollTo termination check.

JAL-3418 debug testng execution - verbosity=10

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-3397 delete fix

JAL-3253-applet JAL-3414 Display Settings dialog slow to open

SwingJS-site.zip

corrects code in JSDialog that called parent.addNotify() every time, not
just before it has been connected.

JAL-3253-applet JAL-3397 JAL-3383 fast  IntervalStore for JavaScript

fully commented and cleaned code

JAL-3253-applet JAL-3397 JAL-3383 fast  IntervalStore for JavaScript

needs testing in JavaScript

JAL-3401 JAL-3253-applet

fixes too-early multiple calls to AlignPanel.repaint() and, via repaint
manager to the desktop, also SeqCanvas.paintComponent. See
Jalview2XML.java

Platform.timeCheck - just resetting duration for
reset/set-mark..set-mark/get sequence.

JAL-3383 JAL-3253-applet shortcut binary search when position is out of
range.

JAL-3383 JAL-3397 JAL-3253-applet IntervalStore options

In SequenceFeatures:

INTERVAL_STORE_NCLIST  (default for Java)
 - no changes from previous

 INTERVAL_STORE_NONCLIST (Java option)
 - uses intervalstore.nonc.IntervalStore
 - optional "lazy" just-in-time sorting
 - passes the following TestNG tests:

IntervalStoreJ.test.intervalstore.nonc...
NoNCListBuilderTest.java
NoNCListIntervalIteratorTest.java
NoNCListIntervalStoreTest.java
NoNCListIntervalTest.java
NoNCListLoadTest.java
NoNCListRandomisedTest.java
NoNCListTimingTests.java

test.jalview.datamodel.features...
FeatureStoreNoNCTest.java
FeatureStoreJSTest.java
SequenceFeaturesTest.java

JAL-3253-applet comments/Overrides only

JAL-3383 JAL-3253-applet

-adds timing test reports.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-adds equivalent of features.contains()
-timing within 0.5 sec for braf.jvp load of human variants.

JAL-3383 JAL-3253-applet

possibly a bit faster as a static reference to the Function.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Dissociates IntervalStore and BinarySearch from FeatureStoreJS.
-- Adds test FeatureStoreJS
-- cursory timing test in TestNG suggest JS version is 2x faster in
*Java* (TestNG FeatureStoreTest 120 ms vs. FeatueStoreJSTest 66 ms) for
default test.
-- hypothesize that overhead of lambda functions is coming into play
here. Needs a more heavy-duty test.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Adds FileStoreI interface
-- Makes FileStore.java abstract superclass for FileStoreImpl (for Java)
and FileStoreJS (for JavaScript)
-- Passing all FeatureStoreJSTest TestNG tests
-- Passing all SequenceFeatureTest TestNG tests
-- About 10% faster for Java on TestNG tests.
-- full rendering in < 250 ms for JavaScript -- this is approximately 15
times faster than before I started this experiment.

Platform: timer mark    13.396    0.209    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    14.884    0.186    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    15.989    0.185    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    17.216    0.229    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.148    0.239    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.924    0.198    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    21.827    0.233    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Adds FileStoreI interface
-- Makes FileStore.java abstract superclass for FileStoreImpl (for Java)
and FileStoreJS (for JavaScript)
-- Passing all FeatureStoreJSTest TestNG tests
-- Passing all SequenceFeatureTest TestNG tests
-- About 10% faster for Java on TestNG tests.
-- full rendering in < 250 ms for JavaScript -- this is approximately 15
times faster than before I started this experiment.

Platform: timer mark    13.396    0.209    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    14.884    0.186    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    15.989    0.185    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    17.216    0.229    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.148    0.239    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.924    0.198    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    21.827    0.233    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false

JavaDoc comments; minor code clean-up

adds comments JAL-3383

JAL-3383 JAL-3253-applet additional efficiencies; FeatureStore
alternative to IntervalStore

- implemented for JavaScript only (see SequenceFeatures):

    boolean useIntervalStore = /**
                                * @j2sNative false &&
                                */
            true;

but can be tested in Java and JavaScript by changing either of those to
true/false.

- only requires storage for one sorted array in FeatureSorter:

  private SequenceFeature[] orderedFeatureStarts;

and one additional linked-list field pointer in SequenceFeature:

SequenceFeature containedBy

- when running, the position is looked up in the begin-sorted feature
array, and then the containedBy links are simply traversed using:

    SequenceFeature sf = findClosestFeature(orderedFeatureStarts, pos);
    while (sf != null) {
      if (sf.end >= pos)
      {
        result.add(sf);
      }
      sf = sf.containedBy;
    }

- my preliminary timing tests suggest this is 2x faster than
IntervalStore in JavaScript.

JAL-3253-applet JAL-3383 Overview

additional int for Color (shader)
fixes problem with JavaScript timing for container resized

debug comment out

JAL-3253-applet JAL-3383 Overview speed up -- see Issue comments.

JAL-3383 minor coding aesthetics and debug messages out

removes debugging code

JAL-3383 JAL-3253-applet fixes issue with X+Y scroll of Overview
trashing vertical alignment. Uncertain why, but it is working OK in
Java, where there was only a transient, occasional vertical offset
issue.

JAL-3392 calculation workers notify Jalview