Extra JVL file association in the installer. Shadowed gradle-launcher.jar and classpath adjusted in install4j template. 'jre' folder made a compiler variable in install4j template.

Merge branch 'task/JAL-3243_PDB_free_text_error' into develop

Merging in JAL-3243 replacement .jar files for jersey and javax.ws.rs.

JAL-3243 Replaced javax.ws jar compatible with jersey-*-1.19.1.jar

JAL-3196 Correcting the source for getdown (already corrected in util/install4j/install4j_template.install4j and getdown/lib/getdown-launcher.jar)

JAL-3241 simplified enum constructors for classloadability in Java 11

JAL-2738 JAL-2743 update unit test to match new VCF properties

JAL-3003 help page mention EPS doesn't support transparency

JAL-3236 see also previous commit - tweak the install4j template so our installers get built !

Added a unixInstaller and unixArchive media-type to the install4j template.  unixArchive is now specified in the gradle.properties (unixInstaller can be added).

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Removing old commented out 'org.gradle.java.home=' line from gradle.properties

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-2743 class Javadoc

JAL-2738 JAL-2743 properties to map VCF header to species or assembly

Also removing eclipse .project and .settings from the branch.  Run 'gradle cleanEclipse eclipse' to produce fresh new eclipse project files (and either 'Refresh' project in eclipse, or 'Import... -> Existing gradle project') or just run 'gradle eclipse' to keep some of your existing project settings.

Removing .classpath from this branch

JAL-3150 examples/exampleFile.jvp for updated manual/tutorial exercises

JAL-3233 Added isAMac check for -Xdock:icon addition to Launcher command. Added a process.waitFor() so Launcher doesn't background Jalview

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-2808 better tooltip 'delete this condition'

JAL-3234 tidy up stdout on build

JAL-3234 allow gradle builds to run without having to specify keysigning variables by rewriting install4j flags

Merge branch 'task/JAL-3234_211_codesigning' into develop
JAL-3225 JAL-3196 JAL-3179 JAL-3227 JAL-3228 JAL-3229 JAL-3007 JAL-3111 Jalview 2.11 gradle/Java 11 build is now main develop branch

Merge branch 'bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources' into task/JAL-3234_211_codesigning

JAL-3224 JAL-3225 Fixed help image mangling, moved help to help/help and added this in to eclipse classpath generation

Merge branch 'bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources' into task/JAL-3234_211_codesigning

JAL-3234 enable codesigning and executable-post-processor for install4j

JAL-3234 Gradle properties for signing: OSX_KEYSTORE, OSX_KEYPASS, JSIGN_SH

JAL-3224 JAL-3225 Some fixes in install4j template and build.gradle, and a correction of the Policy code in Jalview.java that I messed up earlier

JAL-3224 JAL-3225 To be compatible with install4j bundled JRE on windows, have changed all the java_vm folder references to jre in getdown jars too. Install4j Windows media now bundles a JRE (into this location) so it can launch install4j installer too.  Java 11 installers working on Windows, but Java 1.8 complaining about com.sun.xml.ws.policy.Policy not found.

JAL-3224 JAL-3225 Added lines to check for updates to getdown-launcher.jar into Jalview. Put getdown-core into Jalview libs instead of getdown-launcher (enables update of getdown-launcher). Adjusted Eclipse to not error on use of com.sun.management.OperatingSystemMXBean.

JAL-3224 Tidied up Network installers in install4j template. Moved getdown-launcher.jar into dist (needed by Jalview anyway)

JAL-3224 minor fix for build.gradle and gradle eclipse

Merge branch 'task/JAL-3225_Integration_Gradle_building_into_Eclipse' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 java 8 and java 11 specific getdown jre sets

JAL-1929 JAL-3224 JRE getdown URLs must be relative to host of getdown app base

JAL-3130 add JAVA_VERSION to shadowJar classifier so artifacts are distinct

JAL-3130 make sure only libDistDir/*.jar are added to the runtime classpath in shadowJar and makeDist

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-1929 JAL-3224 getdown artefacts staged as getdown/website/${JAVA_VERSION}/...

JAL-1929 JAL-3224 getdown channel structure is {build/release version channel}/{JVM}

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j (still!)

JAL-3224 JAL-3196 still trying to specify projectFile property for install4j

JAL-3224 JAL-3196 specify file object in projectFile property for install4j task

JAL-3130 JAL-3224 patch URL paths to point to jalview.org/getdown/jpre/... for JREs

JAL-3130 provide absolute module path as J11 compile argument, and drop unneeded modules srcSet resource

Merge branch 'jims/JAL-3130_Java11_Gradle_publishing' into bug/JAL-3224_getdown_changed_to_unpack_tgz_resources

JAL-2791 tailored message if find fails on selection region

JAL-1793 basic help text for VCF option

JAL-3111 additional release notes

JAL-3111 small simplification of table tags, valign top

JAL-3111 release notes first pass complete

JAL-3130 moved jar needed for getdown to libs (not a module)

JAL-3224 Removed JREs (these now need to be in ~/buildtools/jre/openjdk-java_vm/...). Moved install4j config to utils. Made install4j template file (gradle will edit this correctly). Fixed symbolic link in bundled MacOS JRE problem. Added getdown launcher with .tgz unbundling support [currently broken].

JAL-2620 updated help page to mention alternative genetic code tables

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

JAL-3224 Add commons-compress-1.18.jar

JAL-3224 Bundling appropriate Mac OS/Windows JRE as java_vm in install4j

JAL-3224 New version of getdown which will cope with unpacking .tgz resources, specifically for the java_vm and symbolic links within

JAL-3130 moved resources/install4j to utils/install4j

JAL-3130 tidy up system.output

JAL-3130 call Jalview via the Test JVM’s JAVA_HOME/bin/java

JAL-3130 refactored ‘clover’ to ‘use_clover’ since clover is an ambiguous property - still offer -Pclover=true as command line switch to enable clover coverage

JAL-3130 JAL-1889 reportCurrentWorkingDirectory test to report absolute path when running command line tests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3130 JAL-1889 report absolute paths for CommandLineTests

JAL-3196 change default are resource properties to jalview.org/getdown/jre

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

Reinstate imports from "JAL-1889 JAL-3130 patch broken tests" commit 05efc2ac3c6427a4dabce842ebbd6f2ae17f49b9.

JAL-1189 JAL-3130 patch broken tests

JAL-3130 Somewhere in the old libs the Jws2 client is working.  Compile with Java 11 in Java 1.8 target mode, and then run in Java1.8 JRE with 'java -cp "j8lib/*:classes" jalview.bin.Jalview'.  Will need to find out which of these is actually needed

JAL-3130 Helper classes to take Class Exceptions when run in java 1.8 JRE out of main classes

JAL-3130 some clover fixes for helplinks. Use 'gradle test -Pclover=true'

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

JAL-3130 adapted getdown src. attempt 2. first attempt failed due to cp'ed .git files

JAL-3130 write clover.xml during cloverReport phase

JAL-3130 make sure testng-results.xml is generated

JAL-3130 specify module list when launching new Jalview for CLI tests

JAL-3130 instrument main and compile separately to test classes so Clover doesn’t misclassify them

JAL-3130 gradle test now runs open clover 4.3.1 and new cloverReport task

Merge branch 'develop' into task/JAL-3130_Java_11_investigations-getdown_src

JAL-3130 ensure J11 libs/modules are added when building and running test suite

JAL-3130 clean up eclipse class path for dependencies moved to j11lib

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3130 adapted getdown src

JAL-3130 This commit concentrates on the Mac OS X DMG app bundle, ensuring only one JRE needed in the .app bundle for 1) install4j, 2) getdown, 3) jalview

JAL-3130 trying to be Java 1.8 source compatible -- not sure if this is ultimately feasible in the same .java files

JAL-3130 JAL-3007 more files needed for getdown launcher

JAL-3130 JAL-3007 improvements to gradle build

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

JAL-3218 allow both Hide and Reveal in scale panel popup menu

JAL-3130 JAL-3007 Added gradle build for Java 11. Now in root jalview dir