JAL-3053
JAL-3061
two bugs with a similar theme (RNA secondary structure annotations)

JAL-3053
This fixes the reading in of Vienna extended dot-bracket notation for
RNA secondary structure annotations (which includes ALPHA/alpha braces).

To avoid (almost all) ambiguity with a protein secondary structure
annotation (Es and Hs), there's a whole-annotation regex match to ensure
some other RNA-based extended dot-bracket feature is present, and then
the reading in can assume an RNA feature set.

Test StockholmFileTest.stockholmFileRnaSSAlphaChars() compares the test
file examples/rna_ss_test.stk with a hard-coded Jalview equivalent. The
Annotation rnasecstr pairing is checked. I've added a sort Comparator
for SequenceFeature to help ensure that check is correct.
--
JAL-3061
There is also a fix for the RNA Secondary Structure annotation output
that was preserving spaces in the output. This is not valid output in
this case, and so a '.' is used instead.

No test for this yet, will add later.

Stockholm file for test

Fixed bug ignoring "alpha" extended braces in RNA SS line in
StockholmFile.java (loading a stockholm file with alpha braces in the
SS_cons line)

JAL-3009 release notes

Merge branch 'bugs/JAL-3009_blockingNetworkThreads' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2999 what's new and tweak release notes order

JAL-2920 format/comment tidy

JAL-2920 wrap description in <html/> if it includes <br/>

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 unit tests for 3 or more original or variant bases

JAL-2999 refine release notes

JAL-2999 release 2.10.4b1 on Thursday (promise!)

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 revised TODO for JAL-3025

JAL-2920 don’t output variant/original sequence as three-letter codes for more than three bases (pragmatic deviation from HGVC nomenclature)

JAL-2920 JAL-3017 uniprot XML schema included in mappings doc

JAL-1920 JAL-3017 use newline not <br/> in description and update test to cover multi-position variants and newline code

JAL-3009 news reader thread should be in background. TODO: patch newsreader so it uses GUI thread for displaying itself ?


JAL-3009 Identifiers.Org retrieval on background thread.

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature
 Conflicts:
src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java
Merged JAL-3017 into upstream JAL-2920 patches for HGVC nomenclature
note - should properly deal with delins variants http://varnomen.hgvs.org/recommendations/protein/variant/delins/

JAL-2999 update release notes and patch date to 5th June 2018

JAL-3017 parse multiple variant elements for uniprot feature

JAL-2999 2.10.4b1 release 31st May

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-2920 use HGVS notation for protein variant feature

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 basic test for Description from features with/out description, variation and original attributes

JAL-2920 simplified logic and added corner cases for missing attributes (probably not needed but..)

JAL-2906 update release date and release notes

JAL-2931 patch IA paths for new build box

JAL-2984 add pdb as sequence(s) if associate structure is declined

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fixed bad equivalence check and implemented belt-and-braces check for quaqua in class name string of look and feel to decide when to fallback to violetlib-Aqua.

JAL-2321 release notes

Merge branch 'patch/JAL-2321_addsecstrForDroppedPDBFile' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2321 patch test to ensure structures are actually annotated when loaded directly to desktop

JAL-2321 ensure default is ‘parseImmediately=true’

JAL-2321 use configured values for structure derived annotation

JAL-2321 add secondary structure & temp factor if not already present on mapped sequences

JAL-2321 use StructureImportSettings singleton settings when JmolParser.parse() called from constructor

JAL-2321 isParseImmediately() allows the parse() method to determine if it was called by the constructor or after construction

JAL-2321 allow JmolParser to be configured before parsing data

JAL-2906 apply GPLv3 license source

JAL-2960 don’t override a swing method and create infinite recursion ;) toFront now raiseViewer !

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 small tweaks to release notes

JAL-2906 2.10.4 release for 8th May 2018

Merge branch 'bug/JAL-2899' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 removed mention of experimental features, updated what’s new for 2.10.4 release, and help TOC.

JAL-2976 patch NPE when trying to open Uniprot FTS

JAL-2929 JAL-2922 release notes

JAL-2976 typo in installAnywhere build for VAqua dependency

JAL-2960 release notes

JAL-2948 transfer features/annotation is now available for all users

JAL-2960 raise the structure view after adding structures to it

JAL-2976 Vaqua fallback release notes JAL-2906

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fallback to Vaqua for Macs that don’t work for Quaqua

JAL-2976 Vaqua(4) as a dependency

JAL-2899 release notes

JAL-2973 JAL-2974 known defects for 2.10.4 (JAL-2906)


JAL-2925 release notes

JAL-2593 JAL-2945 JAL-2952 JAL-2954 release notes for 2.10.4 JAL-2906


JAL-2223 JAL-2781 JAL-2780 JAL-2946 JAL-2906 release notes

JAL-2906 reformat release notes

JAL-2906 typo

JAL-2944 revised docs and structure chooser screen shots

JAL-2899 colouring moved from SwingWorker to a background thread

Merge branch 'bug/JAL-2899' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 release 2.10.4 on 1st May 2018

Merge branch 'features/JAL-2944_openStructuresInSelectedView' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2954 more efficient SearchResults.markColumns

JAL-2952 set negative TempFactor values as AlignmentAnnotation.graphMin

JAL-2593 render 'duplicate' features if transparency is applied