JAL-715 bugfixes and refactor of parsing code for use in service designer GUI

refactor labelled button creator to JvSwingUtils

JAL-715 - simple tests and functions for IO of service as '|' string

JAL-715 - allow rest service attributes to be exported and imported as a | separated string

JAL-913; Extending documentation; VARNA help;

Change-Id: If1deae2cf040ac9a28ab770019a0e3040f74daeb

JAL-913; Documentation of RNA Structure Conservation

Change-Id: I695f08d01e4feba87b5c5f15981896f7ee484dd4

JAL-908 JAL-912 JAL-516 documented annotation HTML description line and general tidyup of group associated annotation documentation for 2.7 update.

JAL-908,JAL-701 - patch applet to strip HTML tags from HTML annotation description

JAL-908 JAL-701 refactored HTML escape/unescape code for sequence feature descriptions

testdata for JAL-701 and JAL-908

remove debug message

fix for JAL-701 - ensure '<' appears in tooltip in application and allow html tags (JAL-908)

minor efficiency refactor

JAL-907 testdata for JAL-701

JAL-907 - test data directory readme

JAL-853 use service action attribute to index services in webservices menu and hardwire jaba services to populate Alignment service menu

remove any trailing '/' from the URL before validation and acceptance

avoid NPE race condition when several threads waiting on a sequence fetcher discovery thread

fix for JAL-888

fix for JAL-888

JAL-898 - ensure we only remove a clargs progress bar if we added it

JAL-813 fix - check whether conservation is applied to colourscheme before we set conservation object (and so enable conservation)

JAL-867 - rejigged layout to a single splitpane wide enough for longest combobox (paramset name or option) and removed dead code

JAL-842; Text element containing the structure is not visible anymore
in VARNA;

Change-Id: I589055fe74542eae28bc7a5ff47180eaee83c5a3

JAL-891; Tooltips for Structure logos implemented;

Change-Id: I8601aa5b9b9c50e9c1a7b8f6f39dd6f6e358cf6a

JAL-878; Structures associated to a sequence are available via
Popupmenu;

Change-Id: I20050a77bf494782893d6383f3d2e901cae7d3f1

JAL-750 automaticScrolling is true by default

JAL-750 - automaticScrolling=true by default. Refactored to use getDefaultParameter for parsing boolean applet parameters

JAL-747 - warning dialog if Jalview can't resolve filename for a structure in a Jmol view.

JAL-904 added scrollToRow and scrollToColumn methods to javascript API and reintroduced getSequenceSetId to retrieve the unique ID for an alignment.

JAL-891; Labeling of structure conservation is improved a bit.
Brackets instead of 'H'.

Change-Id: I220e86f21e2ff539ab5828bba4c0d07d76777422

JAL-891; Sorting of Structure logo implemented; bug that caused
exception after editing a structure solved (sequences have different
lengths after editing);

Change-Id: If2cb0ea0c683dc99a5df7002a4f9907283ce27cb

avoid NPE for null annotation element columns JAL-896

JAL-885; hasRNAStructure method was introduced to AlignmentI and
Alignment; determines if Alignment contains an RNA structure;
Structure conservation row is just added if yes;

Change-Id: I6fa20f14e54cd656c65f82bc6b68f84d1d6f2c64

JAL-885; Structure conservation row is just added if alignment
isNucleotide(); StructureFrequency.java cleaned;

Change-Id: Ic86908cbea0791e7174b440cc4c7e7b12b978927

JAL-891; base-pair logos can now be activated for structure
conservation row;

Change-Id: Ib3450f328f901eaf12ea094c9c914322f8398a88

JAL-891; structure logo is adapted to two char's; Missing: calculate
bp frequencies and include them in the draw-part;

Change-Id: Ie43edd7a074f6b219c808fa2519d2b88659f30e5

JAL-891; sequence logos are available on structure conservation row
now; has to be adopted to base pair interaction;

Change-Id: I86cf329d794d6ff78cb4bb4c5248cadcc34b2681

example script that will submit a muscle jabaws job using the currently loaded alignment (JAL-894)

fetch groovy script from URL (JAL-899) and show progress bar when handling CLI commands (JAL-898)

allow several progress bars on the desktop window (JAL-898)

JAL-896 - patch to ensure arrows in different directions are visually
distinct. Raises new bug - JAL-897 - test with RF00011 to demonstrate
problem.

JAL-883 - refactored and debugged arrow, stem and helix rendering code

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786, JAL-787 and JAL-359)

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786 and JAL-359)

fix NPE when applets stop. seems to make the simple applet alignment+structure example work again (JAL-592 ?)

JAL-885; Multi-helix bug is solved; One should think about a more
efficient solution; either by creating a Hashtable of pairs in
StructureFrequency or directly in a RNA class;

Change-Id: I7bd21eb4d952f22579c786f3d78395949fa046d0

refactor schema to group swing window geometry attributes

JAL-885; StructureConservation row is displayed at the bottom of the
AlignmentPanel; StructureFrequency class was introduced and is called
by thread in AlignViewport that is called by AlignFrame; everything is
according to Conservation-Row

Change-Id: I3753bbb5678147cbc0c9d1d6bc1a4886b0551a59

JAL-885; Implementation of StructureFrequency.java and according
methods in AlignViewport.java; completeConsensus is still missing;

Change-Id: I3678fc75af84aa5a8974faed6b76f47c76a74638

refer to local default setting for proxy when connecting to
www.jalview.org (JAL-864)

added 'since 2.x notes to parameters'. User configurable help URL for
JalviewLite (JAL-864). resolvetocodebase parameter introduced to
allow pre-2.7 style codebase+relative URL resolution (JAL-359, JAL-786)

example alignment for JAL-862 - removed signal peptides

use proper encoding for storing colour as user preference (JAL-234)

some print statements to test things

Change-Id: I0730499d395e8f84b9cfd9ec2aaaa7283fc4b1fa

JAL-882; VARNA crashed when non-standard gaps where in structure; the
are now replaced with standard gaps before commiting to VARNA in
AppVarna.java

Change-Id: I36b523fb7f1063dc2fa5924cb4569f15e0067df2

JAL-878; Additional structures with a 'GR' tag in StockholmFiles are
associated their specific sequence.

Change-Id: I26913db05bef3983b63397304c97351f5361d61d

JAL-842; toy example to insert nucleotides in sequences in the
AlignmentPanel;

Change-Id: I9901d08b1f06861c4d9b7795a4a935ac040d7b2b

JAL-842; Implement transmitting of Jalview Sequence highlights to
Varna

Change-Id: I8e1fbc375cdcec6cf36a46cdac56800740c42180

JAL-842: some bugfixes;

Change-Id: Ia349eeb750da7b51673a76be805737e4356524e7

JAL-842; Added the TextField to edit structure in VARNA

Change-Id: I93a90da2468c4c6b69570aac9741b286300b6430

JAL-842; trimming single structures for single sequences added;

Change-Id: I041c71aafd0081875b948b9978c2411154033408

JAL-842; Give Varna frames name for window organizer; always display
the consensus structure and the 'trimmed' structure for a sequence;

Change-Id: If4e9b054455de3c0f43967e27fb399df4c23b751

Varna external frame bug solved

Change-Id: Ie60149059d664fb63d6bd99d748c1f34c1b01703

Reorganize the class structure, unfortunately breaks the VARNA-Frame

Change-Id: Ia3dde7af1beb73e9261e49e81afe3e8594c945bb

clean code

Change-Id: I43a5703ed1dee98dbad0b15226dbe21a87fb6ead

Further structure accessing feature

Change-Id: Iec6b7f74fad9e7701a2970c3d1287d6c7b595c38

Changed location of VARNAv3-8b.jar; small changes

Change-Id: I0d0decfd5be63ff6a2a1962145671803bf23129f

jal-842; sequence transmitting to Varna included

Change-Id: Icaeb82a75040a5854658f1d77c6dd9bc57c1a36f

JAL-842, AppVarnaBinding was filled with a minimalistic method to
start a VARNA JFrame like in VARNAGUI, it is called over AppVarna in
the PopupMenu just like Jmol.
TODOs: Check if a sequence/alignments is a RNA; clean the VARNA class
structure; really include the VARNA frame into jalview-desktop

Change-Id: Ia9b4e4ad1caa2d39518d6f862bde8840821808ee

JAL-842, Further creation of VARNA classes (probably to much), filled
AppVarnaBinding with a main-method to test the varna call

Change-Id: I075c9e61bba59fb416b63ff7c7656561eed88baf

Container for VARNA classes are created according to Jmol classes.
Must be filled with VARNA specific content now!, see JAL-842

Change-Id: I526d70ab7bbb3aef81bfbe130ca2cc295a82e4e8

JAL-841; Structure trigger token in jalview.io.Alignmentfile extended
to RNA secondary structure ("S")

Change-Id: If09667335829497fd389d9bc71dfec10a37233df

'Add doc for JalviewRNASupport what was done/todo' merge; JAL-580

Change-Id: I01c765ad11001371129134a1b2cc35c5f44dd1af

'Help files updated with RNA stuff' merge; JAL-580

Change-Id: Ib14678b4f39e99bb8816d744320f9072558ff38c

'Fix Group Colour bug' merge; JAL-580

Change-Id: Ib1bb6b0754b0a9d05353c66c62fc8f7e389d8752

'Update to Covariaton color scheme' merge; JAL-580

Change-Id: Iaf439847f280e8be7336437a8447f3a439098b09

'Add Rfam database sequence retrieval' merged; JAL-580

Change-Id: Ic7de2f4904af47bb04c91ffef4be6c66ff134607

Start merging of Laurens Code

Change-Id: Ic7501daa6075363a8f725ba2c6784cedefa27207

New branch created and author list changed to test the commit-function

Change-Id: I1c210663b6ae530c0dda0ed36b52ebaf4b56d316

todo for JAL-860 - associate multiple sequences with any view which has
one or more of these structures already opened.

applet min/max annotation shading parameter documentation JAL-234

ensure propagation of colour change on annotation update (JAL-868)

fix NPE when annotation colourgradient is applied

code style

default parameter for colours in annotation shading (JAL-234), ensure
dialog is reset correctly (JAL-877), propagate colour changes to
structure (JAL-868)

method to get a user default colour (JAL-234)

retrieve all sequences matching a particular name (JAL-872)

local instance of deployJava script from Sun/Oracle

refined applet example on examples page

better layout and structure display on startup

ensure contents of hash is extended JAL-876

fixed mouseover problem - still need to deal with flickering (JAL-568
and JAL-592)

progress when saving state (JAL-870) and hack to trap possible gui race condition (JAL-869)

documentation for menu item JAL-860

menu item and constructor to open a bunch of structures associated
with the current selection and align them in new Jmol window (JAL-860)

refactored from PopupMenu (for JAL-860)

todo re JAL-732

JAL-868 todo