JAL-3423 testNG fix for revised tooltip html format

Transpiler update fixes nuisance null-pointer error message when .j2s is
set to disabled.

JAL-3423 TestNG test bugs

PDBEntry needs to normalize file names under Windows, particularly for
TestNG tests.

JAL-3423 TestNG test bugs

Cache logger not initializing early enough for some TestNG tests.

JAL-3422 JAL-3253-applet

SwingJS-site.zip fix for FontChooser combobox missing all text and
dropdown.

Merge branch 'Jalview-JS/jim/JAL-3253-JAL-3418' into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3235 -Dtestng-verbosity=10 to trace execution of TestNG tests

JAL-3253 fix scrollTo termination check.

JAL-3418 debug testng execution - verbosity=10

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-3397 delete fix

JAL-3253-applet JAL-3414 Display Settings dialog slow to open

SwingJS-site.zip

corrects code in JSDialog that called parent.addNotify() every time, not
just before it has been connected.

JAL-3253-applet JAL-3397 JAL-3383 fast  IntervalStore for JavaScript

fully commented and cleaned code

JAL-3253-applet JAL-3397 JAL-3383 fast  IntervalStore for JavaScript

needs testing in JavaScript

JAL-3401 JAL-3253-applet

fixes too-early multiple calls to AlignPanel.repaint() and, via repaint
manager to the desktop, also SeqCanvas.paintComponent. See
Jalview2XML.java

Platform.timeCheck - just resetting duration for
reset/set-mark..set-mark/get sequence.

JAL-3383 JAL-3253-applet shortcut binary search when position is out of
range.

JAL-3383 JAL-3397 JAL-3253-applet IntervalStore options

In SequenceFeatures:

INTERVAL_STORE_NCLIST  (default for Java)
 - no changes from previous

 INTERVAL_STORE_NONCLIST (Java option)
 - uses intervalstore.nonc.IntervalStore
 - optional "lazy" just-in-time sorting
 - passes the following TestNG tests:

IntervalStoreJ.test.intervalstore.nonc...
NoNCListBuilderTest.java
NoNCListIntervalIteratorTest.java
NoNCListIntervalStoreTest.java
NoNCListIntervalTest.java
NoNCListLoadTest.java
NoNCListRandomisedTest.java
NoNCListTimingTests.java

test.jalview.datamodel.features...
FeatureStoreNoNCTest.java
FeatureStoreJSTest.java
SequenceFeaturesTest.java

JAL-3253-applet comments/Overrides only

JAL-3383 JAL-3253-applet

-adds timing test reports.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-adds equivalent of features.contains()
-timing within 0.5 sec for braf.jvp load of human variants.

JAL-3383 JAL-3253-applet

possibly a bit faster as a static reference to the Function.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Dissociates IntervalStore and BinarySearch from FeatureStoreJS.
-- Adds test FeatureStoreJS
-- cursory timing test in TestNG suggest JS version is 2x faster in
*Java* (TestNG FeatureStoreTest 120 ms vs. FeatueStoreJSTest 66 ms) for
default test.
-- hypothesize that overhead of lambda functions is coming into play
here. Needs a more heavy-duty test.

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Adds FileStoreI interface
-- Makes FileStore.java abstract superclass for FileStoreImpl (for Java)
and FileStoreJS (for JavaScript)
-- Passing all FeatureStoreJSTest TestNG tests
-- Passing all SequenceFeatureTest TestNG tests
-- About 10% faster for Java on TestNG tests.
-- full rendering in < 250 ms for JavaScript -- this is approximately 15
times faster than before I started this experiment.

Platform: timer mark    13.396    0.209    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    14.884    0.186    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    15.989    0.185    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    17.216    0.229    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.148    0.239    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.924    0.198    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    21.827    0.233    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false

JAL-3383 JAL-3253-applet

-- Adds FileStoreI interface
-- Makes FileStore.java abstract superclass for FileStoreImpl (for Java)
and FileStoreJS (for JavaScript)
-- Passing all FeatureStoreJSTest TestNG tests
-- Passing all SequenceFeatureTest TestNG tests
-- About 10% faster for Java on TestNG tests.
-- full rendering in < 250 ms for JavaScript -- this is approximately 15
times faster than before I started this experiment.

Platform: timer mark    13.396    0.209    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    14.884    0.186    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    15.989    0.185    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    17.216    0.229    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.148    0.239    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    18.924    0.198    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false
Platform: timer mark    21.827    0.233    overviewrender 16000 pixels row:14 redraw:false

JavaDoc comments; minor code clean-up

adds comments JAL-3383

JAL-3383 JAL-3253-applet additional efficiencies; FeatureStore
alternative to IntervalStore

- implemented for JavaScript only (see SequenceFeatures):

    boolean useIntervalStore = /**
                                * @j2sNative false &&
                                */
            true;

but can be tested in Java and JavaScript by changing either of those to
true/false.

- only requires storage for one sorted array in FeatureSorter:

  private SequenceFeature[] orderedFeatureStarts;

and one additional linked-list field pointer in SequenceFeature:

SequenceFeature containedBy

- when running, the position is looked up in the begin-sorted feature
array, and then the containedBy links are simply traversed using:

    SequenceFeature sf = findClosestFeature(orderedFeatureStarts, pos);
    while (sf != null) {
      if (sf.end >= pos)
      {
        result.add(sf);
      }
      sf = sf.containedBy;
    }

- my preliminary timing tests suggest this is 2x faster than
IntervalStore in JavaScript.

JAL-3253-applet JAL-3383 Overview

additional int for Color (shader)
fixes problem with JavaScript timing for container resized

debug comment out

JAL-3253-applet JAL-3383 Overview speed up -- see Issue comments.

JAL-3383 minor coding aesthetics and debug messages out

removes debugging code

JAL-3383 JAL-3253-applet fixes issue with X+Y scroll of Overview
trashing vertical alignment. Uncertain why, but it is working OK in
Java, where there was only a transient, occasional vertical offset
issue.

JAL-3392 calculation workers notify Jalview

JAL-3253 adds simple stacktrace debugging

JAL-3253-applet SwingJS-site.zip

- improves String.toCharArray$()
- speeds processing by a factor of 3-10 just by using split("") followed
by streamlined array typing.

JAL-3383 unneeded change

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet JAL-3383

Significant improvement to Overview rendering. See JAL-3383 issue for
details.

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3383 JAL-3253-applet removes unnecessary updateOverviewImage()

JAL-3383 JAL-3253-applet Allows for possibility of a sequence caching
its colors for speed; not implemented

JAL-3383 JAL-3253-applet ScalePanel bug -- should not have to cause an
AlignmentPanel repaint as a result of an Overview range change.

JAL-3383 JAL-3253-applet FeatureColourFinder avoiding unnec. creation of
image graphics

JAL-3383 JAL-3253-applet bug in FontChooser calls for full redraw;
should be just a new box.

JAL-3383 JAL-3253-applet Java8 switches to clarify ViewportRanges
listeners

JAL-3369 JAL-3253-applet adds embedded dim checking for overview frame

JAL-3369 JAL-3253-applet adds JS app.showOverview()

JAL-3387 no-annotation too early

JAL-3380 allows JalviewJS to get embedded div attributes

JAL-3379 Javascript applet.app

JAL-3778 moving Java logging to Platform.

JAL-3253-applet adds NOMENUBAR, NOSTATUS, NOCALCULATION, SHOWOVERVIEW

adds "overview" name for overview panel.

JAL-3374 "noannotation" and menu sync

issue JAL-3373, JAL-3253-applet SwingJS update

sticky tooltip over menu items

new SwingJS-site.zip fixes menu persistence issues

JAL-3253 embedded example1

JAL-3269 ready for testing embedded interface

JAL-3370 sep ignored in getAlignmentOrderFrom(AlignFrameI alf, String
sep)

JAL-3269 JAL-3370 JalviewJS interface upgrade

minor fixes for JComboBox and also fixes issue with menu accelerator
(ESC in this case) not triggered when a non-key-active component has the
focus. (A result of focus traversal now working, with default focus
gained initially.) Upgrade of JTextPane and JEditorPane, but these are
not used in Jalview. Still issues there.

issue JAL-3368  and JAL-3253-applet

Color names not supported.

JAL-3032 fine tuning appearance of button

JAL-3345 small tidying

JAL-3366   JAL-3253-applet

adds RendererPanel default inner size.

2/2 JAL-3253-applet several fixes in SwingJS only:

JAL-3357 multiline HTML tooltips not wrapping
JAL-3358 tooltips in ComboBoxes
JAL-3359 custom ComboBoxes with detailed event callbacks

adds ToolTip for Search...Find; not perfect.

1/2 JAL-3253-applet several fixes in SwingJS only:

JAL-3357 multiline HTML tooltips not wrapping
JAL-3358 tooltips in ComboBoxes
JAL-3359 custom ComboBoxes with detailed event callbacks

JAL-3253-applet JAL-3360 HTML tooltips not trimming properly; need <div>
for sizing in JavaScript

JAL-3253-applet minor fix to reduce number of times cell renderer is
fired.

Jal-3357 ISSUE JAL-3253-applet tooltip for PHOSPHORYLATION missing

JAL-3354 key listener issue JS#213,215

fixing failure issue in build server

temp only

JAL-3346  JAL-3253-applet JS Code issue 131 Carried forward -  no
mouseExited in ScalePanel on mouse drag out and right over SeqPanel
border

JAL-3345 JAL3253 Smoother ScalePanel-based scrolling

JAL-3253 updated _j2sclasslist.txt, SwingJS-site.zip

JAL-3253 srcjar_unused/ moved to unused/

SwingJS-site.zip update after Wuppertal.

JAL-3253 FeatureTypeSettings use of override paint(g) for "x" button
allows same characterists in Mac and Windows for button background and
border

JAL-3253 AlignmentPanel opaque white may provide white earlier?

JAL-3253 simpler coding using MouseAdapter. Using JLabel.setOpaque(true)
to minimize unnecessary layout of status label.

JAL-3253  Jalview2XML minor recoding; suggesting InvokeLater rather than
InvokeAndWait to allow some asynchronous updating

new _j2sclasslist.txt for tab-focus

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

Jalview-JS/JAL-3253-applet  newick Regex coding error fix JAL-3271

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of
https://source.jalview.org/git/jalview.git into
Jalview-JS/JAL-3253-applet

Conflicts:
src/jalview/project/Jalview2XML.java

Jalview-JS/JAL-3253-applet also comments relating to JAL-3268

Jalview-JS/JAL-3253-applet fix for original desktop, centralizing regex
and loadStaticResource

Merge branch 'Jalview-JS/JAL-3253-applet' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253-applet disabling button size setting by applet param. Whatever
this should do in Java, it doesn't seem to do, and it looks better in
JavaScript just to let the button set its own size.

JAL-3253 code tidies and tweaks to Desktop

JAL-2176 unused MenuChooser removed

Jalview-JS/JAL-3253-applet JAL-3192 secondary core files

buildcore now creates core_stevesoft (350K uncompressed) and core_jvjmol
(2.9M uncompressed)

Still needs some tweaking, but the process is relatively
straightforward:

1) To know what files to include, make sure you are using the core
version of the html file, and, after exercizing the program, issue:

J2S._saveFile('_j2sclasslist.txt',
Clazz.ClassFilesLoaded.sort().join('\n'))

(Sorry, I could make that simpler, I know.)

2) add a section in buildcore.xml that concatenates the desired file set
and turns that into a core file.

3) in the FIRST class loaded for this option, add something like this
static block:
  static
  {
    /**
     * This is the entry class. Load the core file directly, if it
exists. See
     * buildcore.xml.
     *
     *
     * @j2sNative
     *
     *            swingjs.JSUtil.loadStaticResource$S("core/core_stevesoft.z.js");
     */
  }

3) run buildcore.xml

2)

Jalview-JS/JAL-3253-applet core file comment -- Regex() call

Jalview-JS/JAL-3253-applet Creating
site/swingjs/j2s/com/stevesoft/core.js

Applying a simple trick to use a custom core file.

1) In buildcore.xml:

   <!-- concatentate the stevesoft files -->
    <concat destfile="${site.path}/j2s/com/stevesoft/core.js">
        <fileset dir="${site.path}/j2s/com/stevesoft">
          <include name="**/*.js" />
         <exclude name="core.js" />
         <exclude name="Regex.js" />
        </fileset>
    </concat>
    <antcall target="call-core">
      <param name="call-core.name" value="_stevesoft" />
      <param name="call-core.list" value="com/stevesoft/core.js" />
    </antcall>

2) In com/stevesoft, add a line that loads j2s/core/core_stevesoft.z.js

      static
  {
    /**
     * @j2sNative
     *
     *            swingjs.JSUtil.loadStaticResource$S("core/core_stevesoft.z.js");
     */
  }

Jalview-JS/JAL-3253-applet SwingJS-site.zip update

Jalview-JS/JAL-3253-applet update for core_jalview

Jalview-JS/JAL-3253-applet adds AlignFrameI empty interface to allow
JalviewLiteJSApi to serve with jalview.gui.AppletFrame as well as
jalview.appletgui.AppletFrame.

Jalview-JS/JAL-3253-applet fixes SwingJS-zip.js issue with frames
disappearing

In swingjs/plaf/JSFrameUI, "Desktop" should be "DesktopPane"