patch for NPE (not clear if NPE is evidence of deeper bug in feature renderer state)

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

fix for JAL-930

JAL-766 JAL-733 - new alignment->jmol associations are automatically used to colour structure

JAL-927 ensure api method calls that affect GUI state or spawn javascript callbacks are executed on the AWT worker thread

note about ensuring callers of loadAlignment(..) save the new alignment
windows reference so they can use it in other calls to the API.

patch for JAL-731

patch for JAL-729 - NPE avoided and cut and paste import pane is opened

JAL-915 - ensured that exceptions are not raised in applet or application, and that sequence ID popup menu includes the 'reveal all' item to show all sequences again.

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

fix for JAL-917 - ensure all sequence strings are made uppercase before alignment

JAL-715 - conditional to hide the RSBS service editing pane until system fully implemented

JAL-715 rsbs service editing

JAL-715 JalviewDialog for RSBS service editing pane

JAL-715 store/reset .jalview_properties setting for RSBS service list

JAL-715 serialise and deserialise multiple rest client strings as a jalview property

JAL-715 - notify user of parsing problems for results from a service's URL

retrieve URL for datasource of packed set

ensure parsing errors and 'lack of data' errors are passed back as exceptions

JAL-715 need to URLencode constant values when serializing them to ensure URL string is valid

JAL-715 - grammar for warning message.

added notes on third party library licencing and updated netbeans builder library deps

JAL-919, JAL-715 - prototype service editing dialog using jalview parameter model to configure service definition and associated bug fixes to jalview.ws.rest package

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue
Introduced 'compact' parameter display mode and more refactoring

refactored popup dialog boilerplate code to own class

JAL-633 simple concrete parameter and option objects for use within Jalview

JAL-633, JAL-591 - refactored ArgumentI.getValue from jabaws .getDefaultValue

constructor only needs GUI container interface

JAL-591 - refactored web service parameter dialog to allow options and parameters to be used in other dialog boxes

JAL-715 - better validation logic

debug dialog

JAL-715 - prevent empty elements being generated

JAL-715 dialog for interactively editing a new or existing rest service

new Swing and SWT capable form layout manager - miglayout

JAL-715 bugfixes and refactor of parsing code for use in service designer GUI

refactor labelled button creator to JvSwingUtils

JAL-715 - simple tests and functions for IO of service as '|' string

JAL-715 - allow rest service attributes to be exported and imported as a | separated string

JAL-908 JAL-912 JAL-516 documented annotation HTML description line and general tidyup of group associated annotation documentation for 2.7 update.

JAL-908,JAL-701 - patch applet to strip HTML tags from HTML annotation description

JAL-908 JAL-701 refactored HTML escape/unescape code for sequence feature descriptions

testdata for JAL-701 and JAL-908

remove debug message

fix for JAL-701 - ensure '<' appears in tooltip in application and allow html tags (JAL-908)

minor efficiency refactor

JAL-907 testdata for JAL-701

JAL-907 - test data directory readme

JAL-853 use service action attribute to index services in webservices menu and hardwire jaba services to populate Alignment service menu

remove any trailing '/' from the URL before validation and acceptance

avoid NPE race condition when several threads waiting on a sequence fetcher discovery thread

fix for JAL-888

fix for JAL-888

JAL-898 - ensure we only remove a clargs progress bar if we added it

JAL-813 fix - check whether conservation is applied to colourscheme before we set conservation object (and so enable conservation)

JAL-867 - rejigged layout to a single splitpane wide enough for longest combobox (paramset name or option) and removed dead code

JAL-750 automaticScrolling is true by default

JAL-750 - automaticScrolling=true by default. Refactored to use getDefaultParameter for parsing boolean applet parameters

JAL-747 - warning dialog if Jalview can't resolve filename for a structure in a Jmol view.

JAL-904 added scrollToRow and scrollToColumn methods to javascript API and reintroduced getSequenceSetId to retrieve the unique ID for an alignment.

example script that will submit a muscle jabaws job using the currently loaded alignment (JAL-894)

fetch groovy script from URL (JAL-899) and show progress bar when handling CLI commands (JAL-898)

allow several progress bars on the desktop window (JAL-898)

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786, JAL-787 and JAL-359)

refactored resolvetocodebase code and reused for resource location as well as showURL completion (JAL-786 and JAL-359)

fix NPE when applets stop. seems to make the simple applet alignment+structure example work again (JAL-592 ?)

refactor schema to group swing window geometry attributes

refer to local default setting for proxy when connecting to
www.jalview.org (JAL-864)

added 'since 2.x notes to parameters'. User configurable help URL for
JalviewLite (JAL-864). resolvetocodebase parameter introduced to
allow pre-2.7 style codebase+relative URL resolution (JAL-359, JAL-786)

example alignment for JAL-862 - removed signal peptides

use proper encoding for storing colour as user preference (JAL-234)

todo for JAL-860 - associate multiple sequences with any view which has
one or more of these structures already opened.

applet min/max annotation shading parameter documentation JAL-234

ensure propagation of colour change on annotation update (JAL-868)

fix NPE when annotation colourgradient is applied

code style

default parameter for colours in annotation shading (JAL-234), ensure
dialog is reset correctly (JAL-877), propagate colour changes to
structure (JAL-868)

method to get a user default colour (JAL-234)

retrieve all sequences matching a particular name (JAL-872)

local instance of deployJava script from Sun/Oracle

refined applet example on examples page

better layout and structure display on startup

ensure contents of hash is extended JAL-876

fixed mouseover problem - still need to deal with flickering (JAL-568
and JAL-592)

progress when saving state (JAL-870) and hack to trap possible gui race condition (JAL-869)

documentation for menu item JAL-860

menu item and constructor to open a bunch of structures associated
with the current selection and align them in new Jmol window (JAL-860)

refactored from PopupMenu (for JAL-860)

todo re JAL-732

JAL-868 todo

open each query result from an alignment datasource as a
different alignment (JAL-865)

comment re JAL-153

Set job title correctly and pass reason why
input is invalid back to user (JAL-724, JAL-715)

extract sequence from DNA bases like 'DG' (JAL-866)

ensure selseq is trimmed to just sequences included in view (either all
or just selectedRegionOnly) (JAL-724)

Revert "partial patch for JAL-411 - text rendered above features"

This reverts commit 8f050c10c0bd044493b7537b6c6d119c7c29c986.

partial patch for JAL-411 - text rendered above features

ensure javascript and jmol example directories are synced

Merge branch 'master' of https://source.jalview.org/git/jalview