JAL-4366 fix up tests

Merge branch 'develop' into features/JAL-4366_foldseek_3di_viewing

JAL-4386 remove magic string in registerScoreModel...

Merge branch 'develop' into features/JAL-4366_foldseek_3di_viewing

 Conflicts:
src/jalview/analysis/AlignSeq.java
src/jalview/analysis/scoremodels/ScoreModels.java
src/jalview/api/AlignViewportI.java
src/jalview/gui/CalculationChooser.java
src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java
test/jalview/gui/CalculationChooserTest.java

JAL-4418 fix linkCheck

JAL-4418 release 10th September

Merge branch 'documentation/JAL-4418_2_11_4_0_docs' into develop

Merge branch 'feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal' into develop

JAL-4418 first pass at updating docs with pasimap, ssconservation, etc

JAL-4446 improved reporting of progress, and transition between cancelable and non-cancelable phases of pasimap calculation

JAL-4446 refactor progress listener handler code for reuse

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-4418 tweak release notes for JAL-4328

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Allow use of ~/ for unixBinDir specified in response.varfile

JAL-3631 Allow unixBinDir (where a symbolic link gets made) to be set in response.varfile.  If it's not set or empty then the usual (dynamic) default will be ascertained.  Disallow reading in certain variables from the response.varfile that would just mess up the installation if changed.

JAL-3631 Configuration tweaks if using the response.varfile

JAL-3631 Adjustments to allow setting the Advanced options in the response.varfile. Also big improvement on setting sys.fileAssociation.launchers automatically so only sys.fileAssociation.extensions needs to be set in a response.varfile.

JAL-3631 Fix interpolatove quotation marks in grep in jalview.sh.  Fix some folder name trailing slash checks in macos_install_jalview.sh, add ditto -v and more informative output.

JAL-3631 Fix interpolative quotation marks in new grep

Merge branch 'jims/JAL-4420_review_redo' into develop

JAL-3631 When appdir/jre can't be found, look for the installer.appdir found in installer.properties (if it exists) and use jre dir in installer.appdir

JAL-3631 Create an installer.properties file in the userappdir

JAL-4418 JAL-4420 is experimental feature

JAL-4420 new drag'n'drop behaviour is now an 'Experimental Feature'

JAL-4420 report exceptions raised during a drop rather than swallowing them

JAL-4418 release notes for JAL-4398 and rejigged order a bit

Merge branch 'bug/JAL-4398_Window_menu_font_rendering' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4449_ensembl_sequence_retrieval_broken

JAL-4449 signed off and also updated Ensembl REST API version after fixing the EnsemblGene BRAF query test: JAL-3018

JAL-4418 JAL-3064 JAL-4111 release notes

JAL-4449 Changed HttpUtils.followConnection(conn0) to return conn0 unused when there is not a redirect from http to https, otherwise to return a new unused connection directly to the new https URL

JAL-4418 JAL-4450 known issue for 2.11.4 and 2.11.3.3

JAL-4418 JAL-4100 ncrna genbank as known issue

JAL-789 limit applicable score models to substitution matrix based ones

JAL-3631 Change macos-install-jalview.sh to use ditto instead of  Localise function vars.

JAL-4446 allow progress bar to become indeterminate after pairwise alignment step

Merge branch 'develop' into feature/JAL-4446_cancellable_pasimap_etal

JAL-3631 Fix EnvConfig.getUserAppdir() in getdown when running the getdown-launcher.jar update

JAL-3631 Create a jalview_x_update link in appdir/bin alongside jalview_x in install4j wizard

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-4111 Remove unnecessary dependency on gradle-imagemagick plugin, as causing problems in repo on Windows

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Better messaging and a root check on updating the --installation

JAL-3631 Change name of update link in DMGs. Correct wrong message in macos installer script.  Adding build_properties and channel.props into hidden folder on DMG. I'm sure they will be useful!

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-4447 standardised title formula for reporting score model and other parameters for pairwise alignment, PCA, tree, and Pasimap

JAL-4446 reuse lasteta value

JAL-4159 JAL-789 report pasimap and pairwise alignment parameters in window title

JAL-4159 suppress pairwise alignment display options when not available from pasimap

JAL-4446 better reporting of ETA estimation - particularly for large alignments

JAL-3631 Made bespoke command line arguments for console or unattended installs only (i.e. not GUI install mode), and work consistently with macos-install-jalview.sh

JAL-3631 Added install4j installer command line options -a -u -U and -S to match the macos-install-jalview.sh script

JAL-3631 Important change to Execution Level in Windows. Some disabled attempts at File Association Reset.

JAL-3631 Short sleep added to 100% progress on installer wizard

JAL-3631 An attempt to add a Reset to defaults button on the File Associations screen, but no joy (yet). Useful changes to customizedIds left in

JAL-4446 avoid NPE when progress bar message is null

JAL-3631 Some small but important changes to run_other_script.ps1

JAL-3631 JAL-4444 Change way we add the jalview_x and jalview_x_update PS1 and BAT files, moved into build.gradle and removed from install4j. Add title icon to install4j.

JAL-3631 Icons for installer wizard title bar

JAL-3631 update.ps1 has fixed Readlink-f function, works across platforms

JAL-3631 Revert the Jalview installer icon back to the Jalview icon

JAL-1551 source formatting and header

JAL-4446 .. missing methods for cancellable pasimap

JAL-4446 cancellable Pasimap - still need to make the actual pasimap CCA calculation cancellable and report progress

JAL-4446 calculate and report PaSiMap ETA in progress bar

JAL-4446 allow progress bar message to be changed whilst progress continues & todo re desktop's custom progress implementation

JAL-1551 apply GPLv3 for source files

JAL-1551 gradle spotlessApply and doc tweaks

JAL-3631 Adjustment to wizard size (was too big in Windows) and add 'Administrator mode' label to installation progress screen

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 made Readlink-f work in powershell.  Need to test once more in Windows\!

JAL-4418 release note for JAL-3063 doc/jalview-projects.md

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 update.sh script fixed to work in Windows (11)

JAL-3631 Administrator mode label on all screens of wizard

JAL-3631 Added a test for a specified update and a usage line. update.ps1 tested on macos

Merge branch 'develop' into feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory

JAL-3631 Small change to update.sh. update.ps1 NOT COMPLETED YET

JAL-3631 Remove a debug echo

JAL-4445 - increase the fileglob expected counts

JAL-3631 Convert both CLASSPATHS in update.sh

JAL-3631 Separated jalview.sh and update.sh, and included in install4j installer and macos DMG.

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

JAL-3631 Changes to bash launcher to allow headless updates to user-space or installation. Added some of this functionality to Powershell (work in progress).  The update functionality is to be separated out to update.sh.

JAL-3631 Add a (by-passable) confirmation and improved output to the macos-install-jalview.sh script, with some corrections

JAL-3631 Changes to Getdown to call getdown-launcher.jar update without launching Jalview for both installation and user-space

JAL-3631 Correction to a comment in build.gradle

JAL-3631 Add --updateuser and --updateinstallation to the jalview.sh script: This runs getdown in headless mode to run update of either user or installation appdir without launching Jalview

JAL-3631 Small corrections

JAL-3631 Getdown acknowledges in output when only performing an update

JAL-3631 Ensure the DMG default vmoptions.txt has the commented properties

JAL-3631 Add PID to console info - only available in Java 9+

JAL-4443 patch out pasimap in GUI for JalviewJS and note some lines causing java2script issues

JAL-3631 Added an --update option to the jalview.sh launcher (does not launch, just updates).  Combining the update script with this as there's a lot of work to make this shell script Linux/macOS/Cygwin/WSL compliant that doesn't need to be duplicated.  PS1 still to do.

JAL-4418 updated release notes and release date to 13 august 2024

Merge branch 'feature/JAL-3631_allow_jalview_to_work_from_user-space_directory' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4428_osx_codesigning_scripts' into develop

JAL-3631 Added verbose and quiet options, and matched vmoptions with installer. Provenance of options added.

JAL-3631 Some minor bugfixes to the install4j installer and word changes to match macos-install-jalview.sh