JAL-34 fix up comparison annotation so it gets shown and scaled properly

JAL-34 mouse over ruler in one alignment highlights location of aligned positions in the other alignment. Really notice a need to allow those positions to be persisted without ultraprecise mouse control

JAL-34 - quick hack to see how we can do alignment comparison for splitframes linking 1:1 mapped alignments

JAL-4366 JAL-728 show 3di-Mat based quality in the overview when gecos-3di is enabled

JAL-4366 JAL-728 simple hack to use 3di matrix when gecos-3di is enabled

JAL-4366 JAL-4371 allow cruft after inferred pdb ids, ex 1xyz_A.pdb yields 1xyzA

JAL-4366 JAL-3947 avoid ambiguity for multi character chain codes in mapping test

JAL-4366 JAL-4371 tighten up detection of chain code and allow two-character codes JAL-3947

JAL-4366 revive broken alignDNAasDNA test

JAL-4366 JAL-4371 fix imports

JAL-4366 avoid corrupting map when no complete mapping available for chain to sequence

JAL-4366 JAL-4371  refactor and fix up code inferring potential PDB IDs & Chaincode from ID strings to PDBEntryUtils

JAL-4366 provide options for updating (or not) the linked alignment or existing alignment when opening a split frame

JAL-4366 fixed wrinkles in reconstructing peptide alignment using 3di alignment. Need to work though UX paths to ensure all different combinations work

JAL-4366 fix reconstruction of peptide alignment...

JAL-4366 test reconstruction of peptide alignment given 3di alignment and peptide seqs

JAL-4366 use dataset sequences for building the mapping

JAL-4371 make the PDB fetcher use simple naming 1xyzA when retrieving 1xyz:A from PDBe - configure via PDB_CHAIN_NAME = (SIMPLE|LEGACY)

JAL-3466 higher ‘crummy alignment’ threshold when deciding to create an identity mapping for PDB with exact length match to a sequence in the alignment

JAL-4366 remove some tortuous repetition in computeMapping, so SIFTs failures result in NW mappings being created in the same way as if sifts mappings was disabled in preferences.

JAL-4366 incomplete test verifying a 3di alignment can be reconstructed for a peptide msa and 3di sequences

JAL-4366 new mapping type for 3di/protein sequence relationships

JAL-4366 allow a 3di alignment to be loaded and shown as a split frame with existing AA alignment

JAL-4366 account for 3dmat matrix in tests

JAL-4366 1:1 mapping requires exact sequence length match - still not sufficient for 3di case - will need a molecule type

JAL-789 pairwise alignment via calculations dialog, allowing score model to be changed

JAL-4366 mat3di score model

JAL-4366 hacked in a 1:1 mapping

JAL-1551 formatting

JAL-4366 build a mapping to a PDBChain with an arbitrary SequenceMapping

JAL-4366 compute coverage on each side of the pairwise alignment

JAL-4356 update release notes

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment_with_renderpatch' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4353 wait for files to be written fully before comparing size with older file

JAL-4217 singleThread all tests

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

Merge branch 'develop' into bug/JAL-2934proportionalScrolling

JAL-4353 bigger tighter test

JAL-4217 don’t try and export an image when Jmol is also trying to repaint

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' of https://source.jalview.org/git/jalview into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment

JAL-4217 close internal frame on the swing thread to avoid deadlock

JAL-4353 helper method and test for primary/secondary and auxiliary arguments with --structure pdb0 --structureimage png0a --bgcolour col0a --structureimagepng0b --bgcolour col0b --structure pdb1 --...

Merge branch 'bug/JAL-4353_cannot_output_multiple_different_structure_images_for_one_alignment' into develop

JAL-4353 failing test

JAL-4353 fix assert that successive test output files get bigger in structureImageOutputTest and argFilesGlobAndSubstitutionsTest

JAL-4192 more specific info about versions needed

JAL-4353 re-used random color code

JAL-4353 Preserve the user given 'linkedId' with ArgValue, to help with deciding if user deliberately set a wildcard linkedId (or --all), to inform value of sub-args.

JAL-4356 bump RELEASE

JAL-4356 new release notes and whats new for 2.11.3.3 and JAL-840 release notes

Merge branch 'patch/JAL-840_clustalx_docs_fix' into develop

Merge branch 'bug/JAL-2934proportionalScrolling' into develop

JAL-4353 Add a 'random' colour to produce a random colour.

JAL-4353 Add secondary Types for Args, for STRUCTUREIMAGE Type and restrict structureimages between structures on the same open alignment

JAL-4243 Updated bio.tools record and JSON (version number)

JAL-4351 update release notes for JAL-4342

Merge branch 'patch/JAL-4342_emptyannotationsexport' into develop

JAL-4342 test and patch checking annotation csv export contains the annotations on the alignment or a specific exported annotation

Patch fixes JAL-4165 - added to release notes JAL-4351

JAL-4351 2.11.3.2 scheduled for 1st December release

Merge branch 'bug/JAL-4344_structureimage_cl_arg_only_creating_background_colour_square-FIXED_from_develop' into develop

JAL-4344 careful application of -Djava.awt.headless=true to avoid Jmol problem. Using -Dapple.awt.headless=true instead for macOS. Fixed in install and conda shell scripts and also in jalview.bin.Launcher.

JAL-4343 fix insufficient-caffeine error - add whats new for 2.11.3.1

JAL-4343 release today, update notes for JAL-4348 and what’s new for release

Merge branch 'patch/JAL-4345_pae_epas1_doubleclick' into develop

JAL-4345 patch and release notes

JAL-4348 Add newer versions of Chimera and ChimeraX to the version whitelist

JAL-4343 patch for JAL-4347 uniprot non-pos feature parsing

JAL-4343 release notes for JAL-4340 and JAL-4243

JAL-4343 bump version

JAL-4243 Updated bio.tools record for 2.11.3.0

JAL-4340 Change launch scripts to be xresources to set executable permission bit where needed

JAL-4090 JAL-4334 patch in release notes

Merge branch 'bug/JAL-4334_unknownstartenduniprotfeatures' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4222_100s_timeout_on_imagexport' into develop

JAL-4273 actually pass startSeq etc on to rendering code when rendering for image export

JAL-4090 fix up release notes new known issues

JAL-4222 bail if we wait too long for Jmol to save an image

JAL-4090 blocker patch JAL-3772 tidy up groovy console when closed rather than calling its exit and hanging

JAL-4090 JAL-4334 position status when start, end or pos is unknown is stored in start_status,end_status,pos_status properties

JAL-4090 JAL-4338 known defect

JAL-4090 release 15th November 2023

JAL-4090 JAL-3858 fix up PAE docs - drop the EBI image example

JAL-4090 JAL-1551 source license

JAL-4090 relese date 14th Nov 2023

JAL-4236 don’t look for headers in JalviewJS

JAL-4336 set preferred dimensions for JTextBox workaround in JalviewJS

JAL-4090 fix JAL-4236 - just put the name of the class in rather than look it up in a fancy way

JAL-4331 construct and pass on overview title before asking desktop to open the window…

JAL-4334 failing test using whole of Q29079 accession. Can be trimmed.

JAL-4090 minor missing word correction to whatsnew

JAL-4090 JAL-1551 spotlessApply

JAL-4090 tweak what’s new

JAL-4090 reported new known issue JAL-4328

JAL-4192 minimal specification of gradle version in building.md

JAL-4090 fix up release notes - add notes or JAL-4216 JAL-4169 JAL-4250 JAL-4327 and remove erroneous note for JAL-3776 (targeted for 2.12 release not this one)

JAL-4169 fix up urls to faq and documentation

JAL-4090 known issue report for JAL-4517