JAL-4124 matrix is saved in dataset, with forward references made from alignments

JAL-4124 add strategic newlines in matrix stringified representation so it doesn’t trigger buffer overflows for some parsers/editors

JAL-4124 comment out incomplete test bits.. for now

JAL-4124 MappableContactMatrix equivalence and hashCode ensuring non-redundant set of MappablePAE matrices are held on each dataset sequence

JAL-4124 Dataset holds list of MatrixType instances, MapOnAMatrixType allows multiple instances of a MatrixType to be specified across alignment views

JAL-4124 decouple mappable contact matrix mapping logic from underlying contact matrix data so one matrix+tree+clustering can be referenced multiple times

Merge branch 'develop' into more_efficient_PAE

JAL-4090 JAL-4250 JAL-4253 JAL-325 release notes and THIRDPARTYLIB

Merge branch 'improvement/JAL-4250_secondary_structure_annotation_antialias' into develop

JAL-4253 drop the bottom line so it lines up with the vertical of group border.

JAL-4250 Fix bug in vector rendition where more than one secondary structure loses the glyphline.

JAL-4250 Much simplified glyph creation removing most need for differences between vector/bitmap generation.  Careful testing done to ensure no gaps in vector or high or low res bitmap.

JAL-4250 Fix one word bug for 'af.createEPS(file, renderer)' (was af.createEPS(file, name)'. Everything else is formatting changes.

JAL-4250 Updated jfreesvg to fix round stroke in linegraph.

JAL-4250 Simplification of polygons and adjustments to calculations in secondary structure for vector rendition. Corrected rounding error for line graph with round stroke to give joined up appearance in vector rendition.

JAL-4250 revert green to bright green

JAL-4250 Conservative setting of ANTIALIAS and readjustment of glyphs to avoid scrolling artifacts by pixel-out positioned glyphs

JAL-4250 Make secondary structure annotation shapes antialiased and outlined in the same colour for better shape definition.

JAL-4090 JAL-4243 bio.tools json file release notes

JAL-4064 Added more recognisable display names to macOS DMG architectures

JAL-4243 Jalview 2.11.2.7’s biotool record as JSON complete with update instructions as a README

JAL-3855 tree title for PAE matrix tree is PAE Matrix (method) for (structure) (sequence)

JAL-3855 auto select clusters and fix up colouring/propagation on calculation & tree display

Merge branch 'patch/JAL-3855_fixup_pae' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-3855_fixup_pae

JAL-4153 comments re patch incorrectly committed under JAL-4513

JAL-4513 move comments

exploring making PAE storage in projects more efficient

JAL-4513 now re-add the SwingUtilities.invokeAndWait() with minimal sleep

JAL-3855 PAE matrices are transposed on import from JSON so returned contact vectors correspond to errors predicted when superposing at a given column position

JAL-3855 JAL-4124 test checks asymmetric matrices are stored and restored correctly

JAL-3858 fix off-by-one in matrix visualisation and interactive tooltip

JAL-3858 flip diagonal so matrix visualisation is top left to bottom right

JAL-3858 annotation .height is bigger than graphHeight so adjacent PAE matrices are clearly separated

JAL-4513 reduce wait to invoke fail

JAL-4513 add a SwingUtilities.invokeAndWait() to see what happens

JAL-3599 Updated default eclipse to 'latest' and made jalviewjsLaunchTest timeouts a bit more flexible

JAL-4119 TRACE level console message reporting download URL for sifts. Also more informative message when ‘Sifts Mapping Failed’ is reported as an exception - since this message can be reported when some chains in the PDB file do not match sequences being associated (but others do!!).

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4090 JAL-4165 known issue

JAL-4223 add testdata for test

JAL-4090 mark JAL-4178 and JAL-4142 as known issues

JAL-4217 move Commands.structureImageTest to testTask1

JAL-4223 - test and patch to ensure numbering matches sequence data from RNAML file

Merge branch 'patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe' into develop

JAL-4217 JAL-629 built in 25s time out waiting for structure viewer to load data before attempting to grab an image.

JAL-4090 update 2.11.3.0 release notes (with in-progress bits too) and what's new

Merge branch 'patch/JAL-4119_sifts_ftp_split' into develop

Merge branch 'develop' into patch/JAL-4195_cli_eps_export_npe

JAL-4195 add exception handling for all other CommandsTest tests and remove errant class-level @Test tag

JAL-4221 update description when transferring annotation and no description already set

JAL-629 even more console debug for --structureviewer opening arguments

JAL-629 liberal defensive coding, comments about refactoring and DEBUG output for --structureimage

JAL-629 make —structure image work again after threading it off

JAL-4217 catch case when the structure viewer doesn't get added to the desktop window (possible knock on for flatlaf JAL-3416)

JAL-4217 interruptedExceptions should also break any wait loops

JAL-2292 verify mixed case alignment actually aligns

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in a separate thread and hang around until it completes…

JAL-4217 wrap imageExport CLI method's call to imageExport in an invokeAndWait

Merge branch 'patch/JAL-2292_caseSensitivePAE' into develop

Merge branch 'patch/JAL-4213_addref_with_selection' into develop

Merge branch 'merge/from_2_11_2_7_to_2_11_3_0' into develop

JAL-4117 JAL-1551 source licensing

JAL-4117 Fri June 30th release of 2.11.2.7 with Jalview Plausible analytics

JAL-4217 try really hard to shut down and dispose of Desktop resources and any lurking threads

JAL-4216 release notes

JAL-4216 compute size of annotation using start/end of sequence and given length. This might not work...

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4001 Added a random id to User-Agent to ensure separate visits recorded in Plausible.  Changed default URL to self-hosted site

Merge branch 'task/JAL-4001_Plausible_API' into develop

JAL-4117 JAL-4001 plausible analytics release notes and privacy docs

JAL-4090 update from 2.11.2.7 JAL-4117 - version bump and release notes for JAL-4116

JAL-4001 analytics url provided by https://jalview.org/services/config/analytics/url

JAL-4001 change Plausible discovery URL

JAL-4001 remove headless code from analytics

JAL-4001 Remove analytics for --headless mode

JAL-4001 Added useful props information

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_Plausible_API

JAL-4001 Fix default API url

JAL-4213 don’t pass active selection when actioning the addReferenceAnnotation

JAL-4213 - document the addReferenceAnnotations method’s behaviour when given a selection

JAL-4001 Added 'installation' property.

JAL-2292 - ensure mapping is built for equal symbols with mismatched case

JAL-4001 Added lookup to https://jalview.org/config/analytics/url to check API base url.  Changed terminology to match Plausible API

JAL-4019 corrected to '>' to '>=' for percentage comparisons

Merge branch 'patch/JAL-4196_structure_viewer_synchronising' into develop

JAL-4001 Rationalise user-agent string into HttpUtils

JAL-4001 Change wording from google to plausible or generic analytics

JAL-4001 rename the init method

JAL-4001 Working Plausible analytics

JAL-4001 Plausible class

JAL-4001 Added a genuine client_id (from gtag).  Added /debug/mp/collect with response content

JAL-4001 Check --nousagestats before doing analytics in headless mode

JAL-4001 Add a _geo=1 to query string and JSON.  Add a headless flag to path and JSON, and send analytics in headless mode if USAGESTATS=true.

JAL-4001 Remove jgoogleanalytics code and jar

JAL-4001 make page_location the same encoding as the old jgoogleanalytics

JAL-4001 Changed for Java 8 compatibility

JAL-4001 Trying to see extra information in GA dashboard

Merge branch 'develop' into task/JAL-4001_migrate_googleanalytics_to_GA4

JAL-3599 Tidyup for all OS to use ScheduledExecutor