JAL-3833 fixed HiDPI test for macOS

JAL-629 Commands more objecty, less classy. FileLoader with sync option (or rather default async flag).  Tests adjusted.

JAL-629 Allow substitutions of {} = defaultCounter, {n} = autoCounter, {++n} = incremented autoCounter on args involving an output filename.

JAL-629 --substitutions --nosubstitutions flags, --nil[{++n}] just in case needed

JAL-629 Auto and Default count incrementer args. Flags for output filename replacements.

JAL-629 start of CommandsTest. More ArgParserTests.

JAL-629 start of tests and more examples

JAL-629 start of tests

JAL-629 --argfile=glob implemented. Remove reference seq from pAE Matrix annotation label

JAL-629 --close individually for each AlignFrame opened now allows batch processing of jobs in one jalview instance

JAL-629 improved comment and return speed of StringUtils.replaceLast()

JAL-629 --quiet [no stdout], --quiet --quiet [no stderr]. Tidied up BootstrapArgs. Multiple --argfile=... can be used.

JAL-629 Fix --headless for new args. Fix progressbar for non-headless commands. Add an --argfile=... feature

JAL-629 stash some TFType and PAEFile info into a PDBEntry

JAL-629 Fix null AlignPanel. More descriptive label of pAE Matrix allows 'Add reference annotation' to be enabled for subsequent PDB+PAE files.

JAL-629 Improved consistency of ArgParser classes (use of ArgValuesMap). Added setting, checking and fetching ID value for ArgValues to allow easier linking of arguments.  Added argIndex for boolean Args.  Made noDuplicates (no duplicate values) an Arg Option.

JAL-629 slight tidy up

JAL-629 Removal of unnecessary methods. Set pLTTD tempfac for EBIAlfafold. Simplify adding cmannot.

JAL-629 Some refactoring to allow more flexible use of PAE files. Not working as desired yet

JAL-629 Firm up bootstrapArgs. Correct '-colour' in test. Separate --headless and -headless for now to avoid premature exit for -headless (fixes tests).

JAL-629 add AF examples for FER1_SPIOL. Link and display PAE matrix annotation

JAL-629 Fix Exceptions when running with CLI not headless

JAL-629 Guesstimate whether to set pLDDT with PDB file

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 remove deleted debugging test file from tests

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 removed debug prints. added .cif. added some comments/code-markers

JAL-629 PAE matrix file guesstimate from filename

JAL-629 Position GUI widgets for PDF file options. Remove icon from StructureChooser frame.

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - additional test case

JAL-629 JAL-4124 JAL-3855 test to check we can import PAE matrices in a variety of formats - and fix up a casting issue (again?)

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 add widgets to StructureChooser for tempfac choice and pae matrix file

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-629 helper function for getting sensible structure (or other arg value)

JAL-629 better test fixes. --props=... instead of --debug

JAL-629 Made ArgValuesMap helper class, simplifies readability/writing of the code and will allow arg position lookups

JAL-629 test fixing

JAL-629 Add debug messages for more failing tests

JAL-629 fixed a Log4j test by adding --debug arg

JAL-629 bootstrap args and properties. Remember index of args for 'previous structure' defaulting of other args

JAL-629 nf-core sample alignment files and a2m versions

JAL-629 fix a PAEMatrix casting error

JAL-3858 new MatrixType JAX-RI POJO

JAL-4133 update validChar width when font is changed so characters are suppressed for small widths

JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project

JAL-3858 persist PAE matrix (only so far) as serialised floats in element on dataset sequence annotation. Rudimentary tests.

JAL-1551 source formatting

JAL-3858 simple test for PAE matrix recovery

JAL-3858 construct a PAE direct from float array

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-4064 JAL-4054 Corrected the tgz top-level dir from './Contents' to 'Contents' for mac JRE bundles for install4j (not strictly used, but might be in the future).

JAL-629 make sure we show GUI when not driven programmatically

JAL-4095 slightly better threshold setting and todos for improvement

JAL-4095 magic fill behaviour is PAE specific

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-3858 JAL-2381 allow different linear shading schemes for selected/non-selected regions of contact matrix heat map

JAL-4027 JAL-3858 rename CUSTOM_RENDERER to CONTACT_MATRIX annotation.graph type, with actual matrix type stored in calcId

JAL-4088 Updated j8libs/*.jar in THIRDPARTYLIBS

JAL-3416 Turn off (partial) flatlaf scaling for HiDPI in Linux and Java 8 - Some GUI parts unusable

JAL-4064 JAL-4054 Correct names of mac arch installer DMG files

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4111_suffixed_DEVELOP_channels

JAL-4128 Catch RasterFormatException caused whilst resizing Overview window, recalculate OverviewDimensions od instead. Prevent negative OverviewDimensions being set to avoid problem with vertically fully shrunk overview window 'losing' the alignement canvas.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-1713 don’t close an automatically created overview window for projects from Jalview versions older than 2.11.3

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

Passing test for JAL-4127 failing on the JAL-1713 branch

JAL-4090 move 2.11.3 series release notes to 2.11.3.0 release and premptively list issues already or nearly addressed in this version

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

JAL-4125 Spanish translations

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

JAL-4125 Move confirmation of closing external viewer windows into the quit handler, and allow all to close or not in closeViewer whilst quitting.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

JAL-3077 broken conflict resolve resulted in failing test (nb - still not resolved the issue of (promoted) dbrefs!)

Fix for JAL-4126 - don’t automatically create a threshold line when no threshold line is needed when reconstructing the annotation colour scheme from a project file

JAL-4126 comment out closeAll - so we can visually check the alignment frame as it is restored

JAL-4126 failing test - colour scheme appears to be being created and configured, but the renderer is not actually using the colour scheme to shade the sequence when the project is restored.

JAL-4125 Additions to JvOptionPane and QuitHandler with StructureViewerBase handling closed frame during quit differently. Still not working as dialog content does not appear until after quithandling thread has finished (it's blocking EDT).  Need to break the doDesktopQuit Callable up into sections, that add another bit to the end when necessary.

JAL-629 Fasta sequence id reading whitespace fix. Flexioble pae json keys and structure. Headless fixes. Logging fixes (MessageManager -- test broken). ArgParser and Console helper methods. Commands added e.g. --colour=gecos:flower.

JAL-629 "updated" json-simple

JAL-1551 remove temp file in src

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1713 update from Jalview 2.11.3 develop
Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject
regenerated jaxb classes to resolve conflicts

JAL-1988 Make sensible choices if only the opening file has been opened, and alter the message if an alignment has been fetched but not changed

JAL-4118 remove unnecessary sleep from QuitHandlerTest

JAL-4118 fix a small buglet in BackupFiles exhibited in tests on build server. Possible problem with filename with dirs in passed to BackupFiles.

JAL-1988 Add a sleep to file save test to give time for file to save

JAL-629 example files from nf-core

JAL-629 helper eclipse CLI run

JAL-629 adjust arg type for tempfac-shading -- was grabbing next argument

JAL-4116 relegate the failed to promote warning to Console.debug so most users won’t even see it (or be slowed down by it).

Merge branch 'new_feature/JAL-4019_ambiguous_base_colourscheme' into develop

JAL-4090 Release 2.11.3.0 release notes and version bump

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into develop

JAL-629 hacked in --tempfac-shading - hardcoded to use existing colours in per-sequence annotation

JAL-629 suggest not breaking out of the structure processing loop if just one structure has a bunk sequence association..

JAL-629 need to delay call to AlignFile.parse() if StructureFile needs to configure itself at construction time

JAL-629 don’t carry on Jalview.main if we’ve already processed command line args another way

JAL-629 don’t trash user’s system property file when adjusting settings to process CL args