patch for occasional ArrayIndexOutOfBounds

patch for JAL-792

first patch for JAL-774 - ensure end is a valid bound to limit search for last sequence position (at least as long as sequence)

first approximation for JAL-782 - hint that opaque groupName is actually the name

JAL-777/JAL-641 debugging

new alignmentPanel api  + JAL-777/JAL-641 debugging

fix scrolltoposition behaviour and new alignmentPanel api

fix scrolltoposition behaviour

JAL-574

convenience method to discover all Jmols

JAL-779 and some redraw refinements

JAl-574

avoid exceptions for orphaned windows

bugfixing for JAL-778

new multiple multiple view associations JAL-777

call to release any explicit event handler references and fix for occasional arrayIndexOutOfboundsErrors

dynamic alignmentPanel menu class

call to release any explicit event handler references

removed explicit 'linkedAlignmentPanel' flag

fix for occasional race conditions

fixes JAL-778 - flag to indicate binding between an alignment panel and Jmol view for colouring and optionally for superposition as well.

protype api

classCast exception - attempting to update registry to bind jalview object to the VorbaId rather than the actual Vamsas data object the VorbaId refers to.

fix for JAL-776

fixes JAL-775

JAL-769

JAL-564 (annotation panel height adjustment) and alignment annotation popup menu items for JAL-759

JAL-621 (mouseover debugging) and JAL-564 (annotation panel height adjustment)

JAL-621 and JAL-564

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

refactored annotation panel height calculation

JAL-621 - also renamed list of javascript handlers

javadoc

Balascz reported problems - jalview tries to write back to the URL. Fixed this so that Jalview will only write back to properties files, and also ensured properties are modified before potentially failing writes occur.

JAL-761

1.2ish awt methods

java 1.4.2 applet build

1.2ish awt methods and excluding unused code

don't need to retrieve idwidthadjuster

javadoc

patch for JAL-760

group associated annotation and logos JAL-516 JAL-759

adjustable annotation panel height and vertical scrollbar JAL-516,JAL-338,JAL-306

fixes JAL-757

extended mouseover message with absolute sequence position info JAL-433, relaxed id matching for order/selection/highlighting JAL-753 and order/getOrder methods JAL-754

search result highlighting and scrolling and some patches for JAL-695

more efficient highlighting and selection display JAL-469

more efficient highlighting and selection display

logic bug for auto scrolling

relaxed ID matching parameter JAL-753 and sortBy JAL-754

relaxed ID matching parameter JAL-753

ensure source is rarely null

extended mouseover message with absolute sequence position info JAL-433

patch for JAL-695 - need to test if this is observed in applet

patch for JAL-695

javadoc

javadoc

avoid creating lots of identical search results. patch for JAL-751

removed securityException caused by accessing class directly from sun. package

refactored VamsasListener to allow the source of the event to be passed to handlers

additional test - koders.com/java/fid4C9593FE80CE8AA81158AF712B50C7A689488FD8.aspx c.f. JAL-749

warn user that no JS callbacks will work by default, and show stacktrace if debug is enabled JAL-749

need to own lock to notify

need to own lock to notify

avoid 1.5 specific methods

revised default separator string expression to avoid utf8 warnings. Regularised new api methods (select, selectIn(alignFrame..), ). improved separatorList routines and added onInit javascript callback.

allow debug messages to be output before jscallback execution

refactored javascript callback to parent class.

eliminate utf8 compilation errors

use local reference for current target frame as set by JAL-451

JAL-750 and JAL-451

output jsexception message

handlers with no specified alignframe broadcast events from all applet's alignFrames

application compilation time dependency plugin.jar needed for jalview.javascript interfaces

updated jar dependencies

1.1 compat

javascript callback for selection, mousover, and functions for selection and highlighting JAL-469 JAL-433 JAL-744

selection should be sent after refresh happens

javadoc

java side javascript callback enactors JAL-469

updated dependencies for project

jalviewLite now needs plugin.jar from jre so it can access JSObject class for javascript/java callbacks JAL-469

patch for JAL-740

refactored dropFile allowing known information to be passed in if available

bulk associate pdb files dropped on to alignment : JAL-732

refactored guts of pdb file association code

check for all http protocols

refactored to use SequenceI

JAL-730

more robust calculation of partition from possibly overlapping groups, and check to ensure minimum group size is honoured

inline submission of alignment with correct crlf

ensure group props are recalculated before alignment displayed

revised shmr service

todo and ensure old annotation/groups are removed before new ones loaded back

todo

exception reporting for bad URLs

JAL-727

JAL-727

propagated groups trimmed to correct region on viscontig

graphThreshold not being copied by constructor