JAL-653 code tidy / tests for 'realise gff mappings'

JAL-653 handle reverse strand mapping in SearchResults matches

JAL-653 mappings always reside on the dataset alignment if there is one

JAL-653 handle reverse strand mappings also

JAL-1421 generics loop syntax; 'bug?' comment added

JAL-653 test for 'resolving GFF mappings to sequences' (wip)

JAL-653 small comment change only

JAL-652 refactored to remove one method

JAL-653 (experimental) 'realise' dummy sequences in add alignment

JAL-1980 check for null alignment; JAL-1551 @Override's added

JAL-653 (experimental) methods to resolve dummy to real sequence

JAL-1270 constructor test added

JAL-653 getStrand javadoc/refactor/test

JAL-1421 use generics JAL-1551 @Override annotations added

JAL-1270 constructor tests added, compiler warnings removed

JAL-652 further refactoring / tests

JAL-652 correct case for test file name

JAL-653 MapList constructor merges any contiguous ranges

JAL-653 Gff tests moved back in to FeaturesFileTest

JAL-653 test for 'groups file' and mixed Jalview/GFF

JAL-1968 remove feature links

JAL-653 JAL-1968 FeaturesFile now handles Jalview or GFF2 or GFF3
(partially); feature links option removed

JAL-1961 update link to GFF2 spec

JAL-653 added missing pragma string to processing filter

JAL-653 JAL-1766 merge 290b1 - fix erroneous conflicts on test asserts

Merge branch 'develop' into features/JAL-653_JAL-1766_htslib_refseqsupport

JAL-1791 remove blanket sign of examples/*.jar

JAL-1791 id rather than name attrib

JAL-1791 sign the applet with/out timestamps

JAL-1791 add explicit proxy for benefit of jalview's build server when timestamping signed jars

JAL-1791 fix ant target dependencies

JAL-1791 make timestamping optional using -Dtimestamp

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

JAL-1791 add jalview.tsaurl for specifying timestamp server when signing jars

Merge branch 'bug/JAL-1923_290b2_group_annots' into develop

JAL-1923 formatting

JAL-1923 add groups to codon-complement and notify annotation update for all linked views

JAL-1923 fix: don’t add group twice

JAL-1684 updated fragment alignment for example and added aligned protein and cDNA

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1894 add licensing

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1894 update what's new

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1912 JAL-1896 release notes updated

JAL-1544 typo fix

JAL-1894 formatting

JAL-1894 organise imports

merge

JAL-1894 source formatting

JAL-1894 organise imports

JAL-1894 update release date

JAL-1912 added documentation

JAL-1912 formatting

JAL-1912 javadoc for adjustForAlignment stating current behaviour

JAL-1912 efficiency: look up sequenceMapping once per position and only when sequenceMapping!=null

Merge branch 'features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation' of source.jalview.org/git/jalview into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1912 house keeping

JAL-1912 added null check for SequenceMapping variable at the point of reference

JAL-1812 set/return currentAlFrame for Groovy in headless mode

Merge branch 'develop' into features/JAL-1912_biojson-per-sequence-annotation

JAL-1894 note about menu option bugfix JAL-1865 JAL-1864 JAL-1152

JAL-1894 update release notes for JAL-1815 JAL-1860

JAL-1684 JAL-1452 new applet parameters defaultColourNuc
defaultColourProt, used in split frame applet example

merge

JAL-1908 bugfix

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-1684 trimmed proteins to just those sequences that are mapped to cDNA fragment

merge

JAL-1726 updated test error msg

JAL-1912 updated AnnotationDisplaySettingPojo

JAL-1815 restore split frame geometry including horizontal scroll
correctly

JAL-1900 JAL-1625 disable iconify button for internal frames on Macs

JAL-1894 release notes update and 6th October release date for 2.9.0b1

JAL-1912 Double.NaN breaks JSON serialization - added check to prevent this

JAL-1912 refactor annotation refsequence assignemnt mechanism

house keeping

JAL-1860 house keeping

JAL-1852 made disabling querying of unpublished PDB entries configurable

JAL-1912 added support of tcoffee annotation and other per sequence annotation for BioJSON

merge

JAL-1852 disable querying of unpublished PDB entries by default

fix for JAL-1883

JAL-1896 fixed NPE for RNA Helice without equivalent annotation

merge

JAL-1896 revised implementation to construct a ColourSchemeI instance after creating an alignment object rather than from within bioJSON parser

JAL-1909 repaint complementary alignment panel after up/down reordering

JAL-1859 try hoverDelay of 0.1s in Jmol for more responsive hover

merge

JAL-1907 bugfix for NPE while parsing a features file

JAL-1815 restore split frame geometry correctly including position

merge

JAL-1860 disabled default enter behaviour on pdb search summary table, and added implementation for backtab

JAL-1905 parse url including & correctly

JAL-1904 parse feature file colours on to alignment sequences

JAL-1860 only allow enter key when valid selection are made and the veiew/ok button is enabled

JAL-1860 keyboard operation of pdb sequence fetcher and pdb structure chooser

merge

JAL-1896 bugfix to enabled Jalview restore clustal, RNA Helices and T-Coffee colour schemes from BioJSON

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop