Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

Merge branch 'JAL-1314_headlessFlag' into develop

JAL-1314 allow 'nogui' and 'headless' as synonyms for 'nodisplay' argument and ensure awt.gui.headless=true is set as early as possible.

JAL-1314 test for common variants of -nodisplay performing the same for EPS generation
JAL-1314 test for identical termination behaviour with/without java.awt.headless=true

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

Merge branch 'JAL-1315_headlessEPS' into develop

Merge branch 'JAL-1315_headlessEPS' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1315

JAL-1315 test for exit and successful generation of EPS using commandline

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

change to release version of VARNA-3-9

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

JAL-674 avoid runtime dependency on annotate3d webservice in applet

JAL-674 - update applet build dependency on VARNA

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into develop

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

fix for JAL-1298

JAL-715 - TODO

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into develop

Merge branch '2_8_1_patch_multiharmony' into Release_2_8_Branch

JAL-1309 fix broken partition computation for adding in ungrouped sequences as final group

JAL-945 uniquify prior to submission

formatting

JAL-715 allow headless construction for testing

JAL-724 JAL-715 refactor and create new test for RSBS framework and Multi-harmony service

fix for JAL-1246

JAL-1307 patch to squash number format exceptions when pressing return

JAL-1300 documentation

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2
tweaking to deal with my own conflict finessing
Conflicts:
src/jalview/io/StockholmFile.java

Merge branch 'JAL-1161_optimisingAnnotationPanel' into develop

Conflicts:
src/jalview/datamodel/Annotation.java
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
Feature conflict left unresolved - JAL-1081 (Pseuodknots) which utilises VARNA to process stockholm annotation data

Merge branch 'develop' into develop_m2_8_1_2

JAL-1259 patch to avoid NPE

Merge branch 'JAL-1259_hotfix' into Release_2_8_Branch

JAL-1259 patch to avoid NPE

Merge branch 'menard' into develop_m2_8_1_2

Merge branch 'JAL-1161_optimisingAnnotationPanel' (early part) into Release_2_8_Branch

JAL-???? notes on summarisation and analysis of annotation tracks

JAL-1291 reinstate fastPaint flag manipulation to make trackPad scrolling smooth

JAL-1291 TODO: revised graphGroup model so grouped graphs are more efficiently rendered

JAL-1291 - don't touch the graphics object until after deciding to skip annotation row

JAL-1291 conditional output of rendering debugging info

patch for JAL-1300 fixes JAL-1294: read and write COMBINE statements that use SEQUENCE_REF and GROUP_REF scope to conserve annotation rows with seqeunce and group references

JAL-1300 test and example data for parsing annotation files with COMBINE statements to group sequence associated annotation

JAL-1295 test to demonstrate JAL-1294 (caused by JAL-1297)

JAL-1295 refactored Jws2 discovery bootstrap code to test utility class

JAL-1295 relaxed test for Annotation element equivalence and javadoc to clarify format for Annotation.toString

JAL-381 Desktop.addInternalFrame cannot be called in headless mode

JAL-1299 fix: ensure a new graphGroup is created if first row identified in COMBINE statement doesn't have existing graphGroup assignment

JAL-1295 JAL-1296 clearer assertion failed message

JAL-1295 JAL-1297 enhance test to check graph visiblity and graphGroup set equivalence

fix for JAL-1297: COMBINE output now follows specification and all additional annotation rows included in output (not just the first one which wasn't hidden)

JAL-1296 JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294
test alignment annotation file IO for example given in documentation and for multiple combine statement

JAL-1291 JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 allow alignment+annotation equivalence test to be used in other tests

javadoc and formatting

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 sensible toString for benefit of annotation IO test

JAL-1297 JAL-1295 JAL-1294 improve test logic for comparing annotation elements

JAL-1296 reinstated tab characters so example annotation file can be copied and pasted to a file and imported

JAL-1070 - [ not a real patch ] - include offending line number and content in output when an Alignment annotation file parsing exception stacktraces to stderr

JAL-966 paintrefresher should be abstract [ Merge branch 'jv3_notes' into JAL-1161_optAnnotPanelRendering ]

JAL-1161 conditional parameters for controlling clipping

JAL-1292 avoid exception by using bitset of arbitrary width for remembering which graphgroups have been drawn

JAL-1161 changed signature to allow clipping bounds for panel to be obtained

formatting

JAL-1161 only trigger an annotation repaint in unwrapped view when the horizontal offset changes.

JAL-1161 enable fastPaint for nudges from scroll bars or trackpad

JAL-1161 stick to api

typo

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into Release_2_8_Branch

JAL-1140 JAL-674 process with annotate3d and Jmol to get RNA and protein secondary structure (will need to refactor this when merging to development branch)

JAL-674 ensure annotation is properly annotated

JAL-1231 add chain ID

JAL-1231 allow Jmol file handler to read from a stream

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into rnaml_test

split test for general Stockholm IO consistency (JAL-1199) from test for IO of sequence metadata (JAL-1265)

JAL-1199 JAL-1272 remove main() method from test class

formatting

JAL-1199 JAL-1272 refactored Natasha's test to a generic alignment data consistency test

JAL-1286 URL stream reader tries to use a GZIPInputStream if URL ends in .gz

Merge branch 'JAL-1289_initCallBack' into Release_2_8_Branch

Merge branch 'JAL-1289_initCallBack' into develop

JAL-1289 call oninit callback even if no alignment data was loaded

Merge branch 'JAL-1286_gzip' into Release_2_8_Branch

JAL-1286 URL stream reader tries to use a GZIPInputStream if URL ends in .gz

JAL-1140 JAL-1215 JAL-1272 test import of RNAML and output as stockholm

split test for general Stockholm IO consistency (JAL-1199) from test for IO of sequence metadata (JAL-1265)

JAL-1199 JAL-1272 remove main() method from test class

formatting

JAL-1199 JAL-1272 refactored Natasha's test to a generic alignment data consistency test

Merge branch 'JAL-1199-Stk_writing' into rnaml_test

Conflicts:
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
Merged in Natasha's writer and enhanced parser and relocated VARNA based parser to unused function. This version will *not* cope with pseudoknots

JAL-1140 reinstate the simpler version of parsing code from annotate3d update

patch for bizarre ConcurrentModificationException that I've never seen before !

Merge branch 'jims_annotate3d_update' into menard_finalsep2012

JAL-1269 is fixed by this merge
Conflicts:
.classpath
src/jalview/appletgui/AlignFrame.java
src/jalview/io/RnamlFile.java
src/jalview/io/StockholmFile.java
src/jalview/io/TCoffeeScoreFile.java
src/jalview/renderer/AnnotationRenderer.java
test/jalview/io/TCoffeeScoreFileTest.java

fix merge conflicts for finess on JAL-1140 (introduced by 1a8f953dd71a9e319e910261927f269d69b4692c)

JAL-1216 switch to official release of VARNA 3.9

JAL-1213 JAL-674 robust test with an existing structure in the examples directory

JAL-1214 todo

JAL-1213 JAL-674 - import a PDB file using Jmol data api and decorate any peptide sequences with secondary structure annotation

JAL-674 commented out annotate3d calling code for Jmol external processing routine