JAL-3141 Made one more suggested change from code review

JAL-3141 Made some more suggested changes from code review

JAL-3141 Made some suggested changes from code review

.gitignore changes

JAL-3141 Slightly improved message and more thorough tests

JAL-3141 couple of minor fixes for example files being displayed in the Preferences tab

JAL-3141 Tests now available and working, bringing to light a problem with the classInit flag (now removed). Added some more dodgy Spanish translations.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now fits.  Moved initial option setting into Preferences with all the other preference initial setting.

JAL-3141 Preferences 'Backups' tab now working. Doesn't fit in default space though -- needs adjusting

JAL-3141 Ostensibly all backups working for alignment and project saves. Need to add a preferences tab and some tests.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

JAL-3141 Code checkout.  Not compiling.

BackupFilter and other unfinished business

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Taken the backing up code out of FileChooser into its own class for more generic usage, and extra data safe-guarding functionality

JAL-3141 Tidying

JAL-3141 Backup files being created with default suffix up to 10 backups. Configurable in .jalview_properties but no GUI for this yet.

JAL-2843 tweaks to help text for filters

JAL-2843 help text for colour by attribute, feature filters

Merge branch 'bug/JAL-3120restoreFeatureColour' into develop

JAL-3120 preserve plain colour value when changing to Colour by Label

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'cherrypick/JAL-2808_notabs' into develop

JAL-2808 JAL-3026 deleted all commented out tab code from the dialog
Omitted dialog refactoring from JAL-3058

JAL-2808 JAL-3032 drop tabbed layout for Colours and Filters

JAL-2865 release notes

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 reinstated Save actions

JAL-3112 increased TEST_TIMEOUT to 9000ms - needed after inclusion discovered class path entries

JAL-3112 Use classgraph to reconstruct the classpath for launching Jalview

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

JAL-3111 drop hts-1.33 as a dependency (in favour of htsjdk-2.12)

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

Merge branch 'releases/Release_2_11_Branch' into merge/JAL-3091_develop_211

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
JAL-3091 bring 2.11 onto release 2.10.5 to simplify merge

JAL-3091 changed release date to 10th September - tweaked release notes.

JAL-3106 normalise extension before checking if it is '.jar' when constructing fileformat/extension name index

JAL-3107 update any group associated annotation rows when a new group is created

JAL-2988 JAL-2968 renamed patched VAqua5 to VAqua5-patch.jar and documented patch along with instructions for rebuilding the jar

JAL-2988 if selected file is null (On Java 10/OSX - happens if user has entered text after selecting a file), try and get the filename from the UI. If no file can be gotten, cancel the save operation

JAL-2988 workaround: overload getSelectedFile() because calling setSelectedFile(..) results in getSelectedFile()==null on OSX/Java 10/VAqua4/5.

JAL-3106 use .jvp as default

JAL-3105 fix for focus transfer after window closed on OSX

JAL-3091 code committed in error (failed patch for JAL-2854)

JAL-3091 release notes for JAL-3104

JAL-3105 reallocate quality and consensus annotation rows so old values aren’t rendered when alignments become shorter

JAL-2854 compute visible annotation panel height and provide it directly to via Scrollable interface

JAL-3065 don’t quote class path args for Runtime.exec java launch command (needs to be ported to 2.11)

JAL-3091 update whats new!

JAL-3091 update Java 10 known issues/workarounds in whats new

JAL-3091 known defect in whats new for Java 10 issues: JAL-3103 JAL-3102

JAL-3091 add Ben Soares to authors list and switch ordering of Toch and Kira (since Kira left after Toch).

JAL-3091 release notes for updated memory settings

JAL-3091 release notes

JAL-3101 increase default heap size in IA and JNLP generation, and generate a jalview_256MB.jnlp file for backwards compatibility

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-2988 update InstallAnywhere install dependencies for VAqua5

Merge branch 'bug/JAL-3076ensemblGeneId' into develop

JAL-3091 release date set for Thursday 6th September

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception_nogroovysettings' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3065 - amended commit  4906697ab6e5a79fbce3baae89f7f64178c9a739  to exclude .settings/..groovy
    Added notes to the instructions, also adjusted the jalviewDesktopRunner
    test to lookup OS and use ';' or ':' accordingly.
    All the CommandLineOperations tests failed on my (hastily set up) linux
    box, so I'm committing and will test on MacOS too.

JAL-3091 JAL-2988 release notes re Java 10 and OSX

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 release notes and whats new !

Merge branch 'trialMerge' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.java

JAL-3065 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 clarify javadoc handling single sequence response for Ensembl REST sequence_id endpoint

JAL-3087 release notes

JAL-3095 account for sequence start when highlighting selections in trimmed VARNA model

JAL-3053 JAL-3061 JAL-3095 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3095 release notes

java doc and fix for JAL-3095 - region of trimmed RNA model to highlight is indexed relative to SeuqenceI.getStart()

JAL-3003 remove redundant call to drawSelectionGroup

JAL-3092 release notes

JAL-3092 make sure base pair counter is always moved in loop that computes the helix count for a strand of RNA secondary structure

JAL-3091 release notes for JAL-3003 JAL-3059

JAL-3003 different coloured borders in demo annotation file

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-247 release notes

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm

JAL-247 print/export wrapped uses common code to draw seq ids and
annotation labels

JAL-3087 include full alignment height in repeating wrapped height

JAL-247 draw/print sequence ids now uses common code (unwrapped case)

JAL-3091 release 2.10.5 added to release notes

JAL-3061 / JAL-3053

Fixed broken StockholmFileTest tests
curlyWUSSsecondaryStructureForRNASequence
fullWUSSsecondaryStructureForRNASequence
by adding " ." as a recognised Annotation.isWhiteSpace displayCharacter
(which happens for StockholmFile '.' RNA SS annotations)

JAL-2988 workaround for jalview save as dialogs - clear filename before displaying

JAL-2988 JAL-2976 update to latest VAqua release: VAqua5

JAL-3080 remove tree partition if no groups created

JAL-3078 reset Tree font (only!) on Cancel

JAL-3018 updated to Ensembl REST 7.0