JAL-3032 avoid assignments on the same line as synchronized

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3030 size split frame taller

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fix for no access-control-origin on jalview site

JAL-3032 more informative failure message

JInternalFrame implemented as such; no need for JSInternalFrame

JAL-3032 adds JSInternalFrame

JSInternalFrame extends JFrame.

Motif involves coercing a JInternalFrame in Java to a JSInternalFrame in
JavaScript:

<code>
JInternalFrame f;

/**
 * @j2sNative
 *
 * f = Clazz.new_('javax.swing.JSInternalFrame');
 *
 */
{
 f = new JInternalFrame();
}
</code>

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

JAL-3032 transpiler and runtime fixes

for(final int xxx....)
regex Matcher charSequence.subSequence$I$I

JAL-3030 allow uncaught exceptions (for easier JS debuggin)

JAL-3030 try to open a split frame if file and file2 are supplied

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

ToolTip fixed.

new SwingJS-site.zip
new Transpiler "for var var"

JAL-3032 round Quality score for tooltip (as it becomes double in JalviewJS!)

JAL-3032 new SwingJS-site.zip

JToolTip (still issues with HTML)

core_jalview creation

JAL-3032 for (var var

temporary JSProgressBarUI

fixes menubar closer issue

JS fix for JTooltip popup cache class error - new SwingJS-site.zip

SeqCanvas and OverviewCanvas

It's important for us that these extend JPanel, not JComponent. This is
because we have slipped in a new subclass, JSComponent, that extends
JComponent and is a superclass of all Swing components in SwingJS.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026

fixes broken MissingResourceException

new SinwgJS-site.zip

JAL-3032 simplified _LoadFileWaitTillLoaded with no thread

new SwingJS-site.zip

JAL-3032 FileLoader fixes for SwingJS

SwingJS-site.zip for java.util.concurrent.locks.*

swingjs/j2s/java/awt/KeyboardFocusManager.js
was not found. (in JInternalFrame)

add java.util.concurrent.locks

update of javajs package; adds org.apache.harmony, org.xml.sax.helpers

File format identified as Fasta

Bob first commit JAL-3032

- jalview/bin/cache.java
 propsAreReadable true for JS
 authordetails, builddetails "xxx" for JS for now
- org.apache.log4j -> jalview.javascript.log4j (minimal)
- jalview/util/MessageManager switch to org.apache.log4j

JavaScript Status:

jalview.io.FileFormatException: Failed to read data from source: CANNOT
ACCESS DATA AT URL 'http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa'
((intermediate value).toBIS$O is not a function

MessageManager logger to log4j

JAL-3032 load properties as "java.properties"

JAL-3030 suppress change that goes with JAL-3031

JAL-3030 reads features file, properties file

JAL-3030 added menu bar

JAL-3030 first cut of JalviewJS.main entry point accepting 'file' parameter

JAL-3026 adding javajs package

adding a general utility package for Java or JavaScript.

JAL-3026 - adding README-BH

first commit

JAL-2755 correct Javadoc and error handling

JAL-3013 ensure Chimera as a symlink gets resolved

JAL-2808 update test for revised treatment of 'mixed type' attribute values

JAL-3019 correctly form toRange of 'traversed' MapList

JAL-3018 updated REST versions to 6.3

JAL-2808 don't capture or report min-max for mixed text/numeric attribute

JAL-2808 pre-fill numeric inequality filter with min/max range value

Merge branch 'bug/JAL-797' into develop

Merge remote-tracking branch 'origin/releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
src/jalview/io/FeaturesFile.java

JAL-2999 release date for 2.10.4b1 set for 27th May 2018

Merge branch 'documentation/JAL-2999_r2104b1' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-2992panelHeight' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'bug/JAL-1460_dragndropWindows' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2992 simpler heuristic for available height

Merge branch 'bug/JAL-2991_exporttosvgwrapview' into releases/Release_2_10_4_Branch

Merge branch 'feature/JAL-2994chimeraPath' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-1460 clarify release notes - and mention that shortcuts are now handled by Jalview

JAL-2994 add a few future release points for good measure in Chimera path search on Windows

JAL-1460 temp variable for clearer conditional and some extra brackets for readability only


JAL-1460 javadoc

JAL-2995 tooltip on fields with double-click to browse for file

JAL-2994 temporary patch with paths to Chimera for Windows

JAL-2999 issues resolved (or nearly so) for 2.10.4b1

JAL-2997 additional tests

JAL-1460 tidied up the use of windows link file parser

JAL-1460 more complete drag'n'drop debugging info and bugfixes

JAL-1460 process .lnk files dragged to Jalview when on Windows using WindowsShortCutHandler class (thanks to StackOverFlow post..)


JAL-1460 new data flavor for URLs added belt-and-braces URL drop code found in Marinacci and Adamson’s ’Swing Hacks’ (https://books.google.co.uk/books?id=oNbFfcyAtv4C&lpg=PA336&ots=hflsI561Dv&dq=java%20drag%20and%20drop%20url&pg=PA337#v=onepage&q=java%20drag%20and%20drop%20url&f=false ) plus OS X bug workaround.

JAL-2993 AlignFrame listen for keystrokes in OverviewPanel

JAL-2997 unit test

fix for JAL-2991 - we could do better :/

JAL-2997 handle tab-delimited trailing column number when parsing

JAL-2999 release notes and version bump for jalview 2.10.4b1

JAL-2895 replace $$Jalview-Version$$ in help.jhm with build version when indexing built in help pages

JAL-797 Cmd-W act WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW

JAL-2986 corrected findIndex for out of range residue value

JAL-2986 additional asserts for SequenceCursor updates

JAL-2986 failing test added

JAL-2920 release notes

Merge branch 'bug/JAL-2920_uniprotvariantfeature' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2920 basic test for Description from features with/out description, variation and original attributes

JAL-2920 simplified logic and added corner cases for missing attributes (probably not needed but..)

JAL-2906 update release date and release notes

JAL-2931 patch IA paths for new build box

JAL-2984 add pdb as sequence(s) if associate structure is declined

Merge branch 'patch/JAL-2976_vaqua4_fallback' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2976 fixed bad equivalence check and implemented belt-and-braces check for quaqua in class name string of look and feel to decide when to fallback to violetlib-Aqua.

JAL-2321 release notes

Merge branch 'patch/JAL-2321_addsecstrForDroppedPDBFile' into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2321 patch test to ensure structures are actually annotated when loaded directly to desktop

JAL-2321 ensure default is ‘parseImmediately=true’

JAL-2321 use configured values for structure derived annotation

JAL-2321 add secondary structure & temp factor if not already present on mapped sequences

JAL-2321 use StructureImportSettings singleton settings when JmolParser.parse() called from constructor

JAL-2321 isParseImmediately() allows the parse() method to determine if it was called by the constructor or after construction

JAL-2321 allow JmolParser to be configured before parsing data

JAL-2808 ensure test setUp/tearDown alwaysRun

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' into develop

Conflicts:
.classpath

JAL-2906 apply GPLv3 license source

JAL-2960 don’t override a swing method and create infinite recursion ;) toFront now raiseViewer !

Merge branch 'releases/Release_2_10_4_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_4_Branch

JAL-2906 small tweaks to release notes