Revert "Merge branch 'bug/JAL-3807_jpred-with-slivka' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration"

This reverts commit 95f4ae66fbaecbbdc1c3ab3c6c9c611a3a9a3e46, reversing
changes made to bc7c2cf5500c5a4124a69ef8e7b1374d8997558f.

JAL-3066 Fix NullPointerException thrown when showing HMMER run dialog

Merge branch 'bug/JAL-3807_jpred-with-slivka' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3807 - Add single sequence capabilities to jws2.JPredClient

JAL-3807 - Move new JPred client to the jws2 package.

JAL-3807 - Re-implement results processing.

JAL-3807 JPred can now successfully submit and track the job.

Merge branch 'bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'bug/JAL-3810_annotation_ws_stopping_abruptly' into bug/JAL-3809_ws_params_dialog_fix

JAL-3809 - Fixed param edit dialog for jalviewjs.

Edit settings dialog now works asynchronously.
Annotation services still do not add annotations to the sequences.

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

Merge branch 'feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3810 - Add trace method to javascript implementation of Logger

JAL-3810 - Replace log.trace() calls with log.debug()

JAL-3690 Introduce AlignCalcManager2 tests.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3690 AlignCalcManager - add full support for oneshot workers

JAL-3690 AACon ws menu entry fix.

JAL-3690 Allow unregistered workers to be run with CalcManager.

JAL-3690 Fix typo in enum name in slivka client.

JAL-3690 Fixed slivka wsmenu categories.

Merge remote-tracking branch 'origin/merge/Jalview-JS/develop_feature/JAL-3690_callback-based-web-services' into feature/JAL-3690_callback-based-web-services

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3690 recoded AWSThread to use javax.swing.Timer (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/195#issuecomment-747695834 )- web service submission works, but doesn’t seem to be happening as a background task.

JAL-3690 patch out use of java.streams/spliterator not supported in java2script (yet)

JAL-3690 tweak J2S direct DB access registration for jalview, compbio and other sites

JAL-3690 direct access to slivka, compbio, jalview.org and localhost/loopback.

JAL-3690 patch out need for java.time in j2s (see https://github.com/BobHanson/java2script/issues/194 )

JAL-3690 patch out spinning animation for web service jobs

JAL-3690 disable proxy server for JalviewJS

Merge branch 'Jalview-JS/develop' into merge_js_develop
also patched new code from JAL-3690 refactorings

Merge branch 'Jalview-JS/develop_j2s_v3_2_9_j11' into Jalview-JS/develop

JAL-3690 Let's enable web services (seriously this time)

JAL-3223 - update swingjs to 3.2.9-j11

JAL-3690 List.copyOf() workaround

JAL-3690 separate startup and poll code in SeqAnnotationCalcWorker

JAL-3690 - fixed state inconsistency when restarting the calcworker

JAL-3690 partially reworked AlignCalcManager

todo:
 - modify SeqAnnotationServiceCalcWorker to implement PollableAlignCalcWorkerI
 - fix race condition where worker state gets overriden by the old job (QUEUED to IDLE)

JAL-3690 - introduce shutdown method that cleans up manager's resources.

JAL-3690 Documentation for AlignCalcListener

JAL-3690 Catch and notify about worker cancellation separately.

JAL-3690 Fix concurrent modification exception when workers are cancelled

JAL-3690 Documentation for AlignCalcManagerI2

JAL - 3690 AlignCalc rebuilt - FutureTask-based manager

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3690 changed AWSThread to use Timer instead

JAL-3690 alternative servers menu fix

JAL-3690 restore jws1 JPred

JAL-3690 switching to CompletableFuture to allow chaining

JAL-3690 mark JalviewChangeSupport as deprecated

JAL-3690 refactoring web-services discovery

Merge branch 'feature/JAL-3686_slivka_client_js_update' into alpha/merge_212_JalviewJS_2112

Conflicts:
src/jalview/gui/Desktop.java
src/jalview/gui/Preferences.java
src/jalview/jbgui/GPreferences.java

Merge branch 'feature/JAL-3686_slivka_client_js_update' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3683 retrieve job status to output stream

JAL-6386 update slivka client for j2s compatibility

Merge branch 'feature/JAL-3515-slivka-preferences' into alpha/JAL-3066_Jalview_212_slivka-integration

JAL-3446 unused imports removed

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

JAL-3493 fix patch for 2.11.1_js (nb - these changes should not be merged to 2.11.2!)

JAL-3675 2.11.1.1 release notes

JAL-3493 clear search highlights when escape/deselect all
 Conflicts:
src/jalview/gui/AlignFrame.java
patch migrated to src/jalview/gui/AligmentPanel.java

JAL-3493 failing test - creates a highlight and column selection and then called the deselect all alignfjame action and checks if highlight and selection are still present.
 Conflicts:
test/jalview/gui/SeqCanvasTest.java

JAL-3659 unnecessary duplication -- test is made in previous block

JAL-3446 unintentially left training message in code.

JAL-3662 JAL-3660 JAL-3561 source formatting

Merge branch 'cherrypicks/JAL-3660_JAL-3561_JAL-3662_cli_outputformat' into Jalview-JS/develop

JAL-3660 JAL-3561 output alignment as requested file format as validated by FileFormats - report if format cannot be resolved or FileFormatI does not support export.
Merged jbp patch for 2.11.1.0 to rhanson's Jalview-JS/develop reworking of args parsing

JAL-3561 JAL-3660 check resolved FileFormatI instances are equivalent to verify format is as expected in test

JAL-3561 failing test verifying expected fileformat produced during commandlineoperation tests

JAL-3659 proper headless check; skips setProperty for JS

JAL-3662 simple fix for CLI not using right format for output of
alignment.

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3446 -- YEIKS! two checkURLLinks calls!

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3583 better handling of null or empty tooltip on annotation

JAL-3446 defer size calculations until panel added to window

JAL-3446 proper call for headless state

JAL-3446 CommandLineOperation test

 - cleaner headless check when adding JInternalFrame to Desktop
instance.

JAL-3446 CommandLineOperation test

 - headless check must be before Desktop.getInstance(), as you can't
make an instance of JFrame() when headless.

JAL-3446 CTRL-DOWN check for headless operation

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3657 SwingJS HashMap.putEntries() coding mistake.

JAL-3658 Now only making cores from utils/jalviewjs/classlists/*.txt

JAL-3446 breaking change redacted

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3445 BSML BBB file format.

- merge of BSML test branch.
- includes BSMLFileTest
- preliminary; does not read complement
- See Jalview-JS/develop/temp/bbb.dtd.pdf

JAL-3653 SwingJS support for indeterminate JProgressBar

JAL-3487 Splash screen

- cleaner code, more comments
- adds SwingJS support for 1-ms image finalization
  (using JSToolkit.dispatch instead of invokeLater

JAL-3487 Splash screen

- JS now uses StateMachine

- simple example of how StateMachine works.

Merge branch 'Jalview-JS/develop.JAL-3445-BSML-reader' into Jalview-JS/develop

JAL-3446 SwingJS update

-fixes desktop frame not taking focus when clicked, so not processing
menu shortcuts

JAL-3664 shortcuts in Desktop not working from AlignFrame

- missing test for JInternalFrame in JComponent.processKeyBindings

JAL-3446 fixing a bad merge, sorry

JAL-3446 separated out potential exceptions for simplified key mask operation

JAL-3446 removing mouse button test debug

SwingJS upgrade fixes AlignmentPanel keyPressed not called

- ContentPane was getting the message, not JInternalFrame

JAL-3446 from applet -- reload; also fixes some repaint issues