JAL-1216 update varna dependency string in jalviewLite build

JWS-59 JAL-1216 patch broken InstallAnywhere build

Merge branch 'forpush/JAL-674_dssp' into develop

JAL-1551 reinstate missing import

JAL-674 initial implementation - only need to extract PDB id from file, no SS transfer at this stage

JAL-1551 crlf

JAL-674 JAL-1551 imports dropped during merge

JAL-1216 update to VARNA 3.91

JAL-674 remove any spurious PDBEntrys generated by Jmol/RNAView parsing processes

JAL-674 methods and test for PDB derived annotation stored and recovered in project

JAL-674 store ID in MCview.PDBfile calcId string, not PDB filename

JAL-674 don't create multiple secondary structure lines for a particular sequence/PDB mapping

JAL-674 test for the test for presence of annotation derived from particular PDB file

JAL-674 test for presence of annotation derived from particular PDB file

JAL-1551 formatting

JAL-1551 formatting

JAL-674 patch for duplicate row bug

JAL-674 test for duplicate alignment annotation rows on aligment

JAL-1551 formatting

Conflicts:
src/MCview/PDBfile.java

JAL-674 patch to ensure existing annotation is properly wired up when
transferred to newly annotated version

JAL-674 test to ensure sequence and annotation on sequence reference
eachother (consider refactoring to a general alignment annotation
validation suite)

JAL-1551 source formatting

JAL-674 JAL-207 getTers for aligned sequences in dataset context

JAL-674 refactor method to match and transfer annotation between aligned
sequences

JAL-1551 formatting

Merge branch 'features/JAL-1264_showHideAnnotations' into forpush/JAL-674_dssp
EOL changes conflict with new lines from mungo's branch
Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/datamodel/SequenceI.java

JAL-1551 crlf changes

Merge branch 'feature/JAL-674_dssp' into features/JAL-1264_showHideAnnotations

Merge branch 'jims_crlf_hell_JAL-1551' of https://source.jalview.org/git/jalview into jims_crlf_hell_JAL-1551

JAL-1551 crlf changes due to checkout with text=auto

JAL-1551 crlf changes due to checkout with text=auto

JAL-674 always try to extract secondary structure when importing a PDB file

JAL-674 support preservation of any annotation created by the MCView PDB parser by application of liftOver method

JAL-674 make transferAnnotation method static

JAL-348 JAL-674 JAL-1564 TODO and implementation error message when liftOver is attempted for a DNA/Protein mapping.

JAL-674 patch logic to test whether old and new sequence reference for annotation have a common dataset sequence

JAL-674 JAL-1305 JAL-348 new liftOver method and test to allow annotation to be propagated from one sequence to another via a sequence mapping

JAL-1551 CRLF handling

JAL-1264 unneeded setup removed

JAL-1264 unit test corrected

JAL-1544 SEQENCE -> SEQUENCE

JAL-1264 help updates for show/hide annotations on
View/Annotations/Popup menus

JAL-674 employ new signature in Annotate3D service test

JAL-674 disable secondary structure annotation when data passed to MCView for display

JAL-674 typo

JAL-674 new constructors to pass flags about annotating sequence with data from PDB file

JAL-674 parser flag to control secondary structure processing

JAL-674 change jalview.io.AlignFile to allow parsing to be deferred till after the parser class has been fully initialised/configured

JAL-1551 project-specific settings

JAL-1551 proposed project settings for code cleanup/Save actions

JAL-1264 unit tests

Suppressed test that needs user interaction to allow JUnit suite to run

JAL-1551 CRLF handling

JAL-1264 show/hide annotations, plus merged changes

JAL-1481 wrap tooltip in html

JAL-1264 added getAlignmentAnnotations(calcId, label)

JAL-1264 reverted (removed added method)

Merge branch 'bug/JAL-1558' into develop

Merge branch 'bug/JAL-1558' into Release_2_8_2_Branch

patch fixes JAL-1558

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' into
features/JAL-1264_showHideAnnotations

Conflicts:
resources/lang/Messages.properties
src/jalview/datamodel/Alignment.java

Merge branch 'bugs/JAL-1151' into develop

Merge branch 'bugs/JAL-1151' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1557 partial implementation - need to think about how to do SHIFT+double click type range selections

patch for JAL-1151 - select whole sequence when double clicking on associated annotation's id

JAL-1421 remove Vector and pass a list

JAL-1151 source tidy

JAL-1264 wip

JAL-1554 handle left-then-right click on sequence id

Merge branch 'JAL-429_phylip-file-support' into develop

Merge branch 'JAL-429_phylip-file-support' into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'patch/JAL-848' into JAL-429_phylip-file-support

Merge branch 'patch/JAL-848' into Release_2_8_2_Branch

JAL-848 reinstate netbeans files from Phylip patch branch

Merge branch 'JAL-429_phylip-file-support' into Release_2_8_2_Branch

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch' into JAL-429_phylip-file-support

Conflicts:
src/jalview/io/AppletFormatAdapter.java

Merge branch 'patch/JAL-1286_JAL-1265' into develop

Merge branch 'patch/JAL-1286_JAL-1265' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1286 missing file for testcase where file ends in gz but isn't a gz
file

JAL-1500 JAL-1265 patch to parse PDB database refs in PFAM stockholm

Merge branch 'feature/JAL-654_dssp' into develop

Merge branch 'feature/JAL-654_dssp' into Release_2_8_2_Branch

JAL-654 remove any annotation rows for chain specific query

JAL-654 updated pdb db fetcher test to verify the number of annotation
rows retrieved for a single chain query

JAL-654 JAL-1264 sequence associated annotation is duplicated before transfer to dataset sequence rather than simply relocated to preserve alignment references

JAL-654 format and refactor test demonstrating PDB secondary structure on alignment not properly linked to alignment sequence

JAL-1115 TODO remove use of java.util.Vector

JAL-654 javadoc createDatasetSequence and transferAnnotation

JAL-654_dssp formatting and javadoc

Integration of David Corsars Phylip File support

Merge branch 'Release_2_8_2_Branch_i18n' into Release_2_8_2_Branch

JAL-1355 removed all top level html tags from message bundles
JAL-1355 new flag to optionally add html tabs to wrapTooltip

JAL-1264 javadoc update

JAL-1264 show/hide annotations; JAL-1481 Find tooltip

JAL-1506 delete all warning; JAL-1264 show/hide annotations

JAL-1264 refactored show/hide annotation types including groups

JAL-1481 search expression validation

JAL-1506 correct exit on close align frame

JAL-914 don't open help window twice

JAL-1264 show/hide annotations, JAL-1481 search validation, JAL-1506
delete all warning