JAL-629 PAE matrix file guesstimate from filename

JAL-629 Position GUI widgets for PDF file options. Remove icon from StructureChooser frame.

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-629 add widgets to StructureChooser for tempfac choice and pae matrix file

Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into develop

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-629 helper function for getting sensible structure (or other arg value)

JAL-629 better test fixes. --props=... instead of --debug

JAL-629 Made ArgValuesMap helper class, simplifies readability/writing of the code and will allow arg position lookups

JAL-629 test fixing

JAL-629 Add debug messages for more failing tests

JAL-629 fixed a Log4j test by adding --debug arg

JAL-629 bootstrap args and properties. Remember index of args for 'previous structure' defaulting of other args

JAL-629 nf-core sample alignment files and a2m versions

JAL-629 fix a PAEMatrix casting error

JAL-3858 new MatrixType JAX-RI POJO

JAL-4133 update validChar width when font is changed so characters are suppressed for small widths

JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project

JAL-3858 persist PAE matrix (only so far) as serialised floats in element on dataset sequence annotation. Rudimentary tests.

JAL-1551 source formatting

JAL-3858 simple test for PAE matrix recovery

JAL-3858 construct a PAE direct from float array

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-4064 JAL-4054 Corrected the tgz top-level dir from './Contents' to 'Contents' for mac JRE bundles for install4j (not strictly used, but might be in the future).

JAL-629 make sure we show GUI when not driven programmatically

JAL-4095 slightly better threshold setting and todos for improvement

JAL-4095 magic fill behaviour is PAE specific

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

JAL-3858 JAL-2381 allow different linear shading schemes for selected/non-selected regions of contact matrix heat map

JAL-4027 JAL-3858 rename CUSTOM_RENDERER to CONTACT_MATRIX annotation.graph type, with actual matrix type stored in calcId

JAL-4088 Updated j8libs/*.jar in THIRDPARTYLIBS

JAL-3416 Turn off (partial) flatlaf scaling for HiDPI in Linux and Java 8 - Some GUI parts unusable

JAL-4064 JAL-4054 Correct names of mac arch installer DMG files

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-4111_suffixed_DEVELOP_channels

JAL-4128 Catch RasterFormatException caused whilst resizing Overview window, recalculate OverviewDimensions od instead. Prevent negative OverviewDimensions being set to avoid problem with vertically fully shrunk overview window 'losing' the alignement canvas.

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-1713 don’t close an automatically created overview window for projects from Jalview versions older than 2.11.3

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

Passing test for JAL-4127 failing on the JAL-1713 branch

JAL-4090 move 2.11.3 series release notes to 2.11.3.0 release and premptively list issues already or nearly addressed in this version

Merge branch 'develop' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

JAL-4125 Spanish translations

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into bug/JAL-4125_flatlaf_quithandler_warning_doesnt_display_properly

JAL-4125 Move confirmation of closing external viewer windows into the quit handler, and allow all to close or not in closeViewer whilst quitting.

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

JAL-3077 broken conflict resolve resulted in failing test (nb - still not resolved the issue of (promoted) dbrefs!)

Fix for JAL-4126 - don’t automatically create a threshold line when no threshold line is needed when reconstructing the annotation colour scheme from a project file

JAL-4126 comment out closeAll - so we can visually check the alignment frame as it is restored

JAL-4126 failing test - colour scheme appears to be being created and configured, but the renderer is not actually using the colour scheme to shade the sequence when the project is restored.

JAL-4125 Additions to JvOptionPane and QuitHandler with StructureViewerBase handling closed frame during quit differently. Still not working as dialog content does not appear until after quithandling thread has finished (it's blocking EDT).  Need to break the doDesktopQuit Callable up into sections, that add another bit to the end when necessary.

JAL-629 Fasta sequence id reading whitespace fix. Flexioble pae json keys and structure. Headless fixes. Logging fixes (MessageManager -- test broken). ArgParser and Console helper methods. Commands added e.g. --colour=gecos:flower.

JAL-629 "updated" json-simple

JAL-1551 remove temp file in src

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1713 update from Jalview 2.11.3 develop
Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject
regenerated jaxb classes to resolve conflicts

JAL-1988 Make sensible choices if only the opening file has been opened, and alter the message if an alignment has been fetched but not changed

JAL-4118 remove unnecessary sleep from QuitHandlerTest

JAL-4118 fix a small buglet in BackupFiles exhibited in tests on build server. Possible problem with filename with dirs in passed to BackupFiles.

JAL-1988 Add a sleep to file save test to give time for file to save

JAL-629 example files from nf-core

JAL-629 helper eclipse CLI run

JAL-629 adjust arg type for tempfac-shading -- was grabbing next argument

JAL-4116 relegate the failed to promote warning to Console.debug so most users won’t even see it (or be slowed down by it).

Merge branch 'new_feature/JAL-4019_ambiguous_base_colourscheme' into develop

JAL-4090 Release 2.11.3.0 release notes and version bump

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into develop

JAL-629 hacked in --tempfac-shading - hardcoded to use existing colours in per-sequence annotation

JAL-629 suggest not breaking out of the structure processing loop if just one structure has a bunk sequence association..

JAL-629 need to delay call to AlignFile.parse() if StructureFile needs to configure itself at construction time

JAL-629 don’t carry on Jalview.main if we’ve already processed command line args another way

JAL-629 don’t trash user’s system property file when adjusting settings to process CL args

JAL-629 don’t complain for Unary args

JAL-629 labelled breaks are frowned upon by everyone

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

Merge branch 'develop' (JAL-4102 2.11.2.6 patch release) into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-629 Attempts to add PAE to structure. --headless working. Make HTML output single threaded in headless mode. Delete an editor temp file.

JAL-4104 JAL-4102 update help docs with script to add jalview command line tool to osx path

JAL-4102 whatsNew for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

JAL-4114 model_page_url not required in v2.0 response

JAL-4102 update date and release notes for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

Merge branch 'patch/Release_2_11_2_6_Branch' into develop

JAL-2353 primary ref candidates that should be promoted should preserve original version string

JAL-4114 missing mock server response

JAL-4114 only rank model qualities that are computed with the same method, and uprank models with pLDDT over other types of models in the same model type category

JAL-4114 alphafold now marked as AB-INITIO so adjust ranking in categories

JAL-4114 additional warnings when PDBe doesn’t return as many responses as queries made to it when adding in additional metadata

JAL-4114 patch REST client for changed JSON schema in 3D beacons v2 API

JAL-4114 formatting

JAL-4114 updated mock tests and responses for v2.0 api

JAL-629 make sequence id key 'seqid'

JAL-3416 No longer needed

Merge branch 'develop' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 More tweaking of FlatLaf. Problem with macOS themed FlatLaf solved with new DesktopManager

JAL-1988 JAL-3772 Mark the _default_ STARTUP_FILE as 'all saved' after initial opening

JAL-629 added Alphafold cif, pdb and PAE json files to examples/AlphaFold

JAL-629 refactoring TFType.  Remove i18n identification of annotation.

JAL-3416 More explicit setting of FlatLaf macOS theme