Adjusts hiddenColumns correctly

more accelerators

Only send one call per sequence at the moment

ShowConservation, quality, identity not used

Must set alignIndex before delete takes place

Use EditCommand.Cut

HistoryItem replaced by CommandI

EditCommand implemented

must translate graphics back the same amountcvs diff SeqCanvas.java

Change Case is undoable

SequenceIndex might be beyond old height

Must catch image outOfMemoryError

changeCase, removeGaps moved to commands package

maxIdLength redundant, deleteCols, trimLeft, removeGaps moved to Commands

Uses RemoveGapsCommand

Remove variables not used

Remove unneccessary import

Make everything final

New accelerators

Commented out for compilation

setOrder is public

Commands which can be done, or undone

Its historycvs remove jalview/datamodel/HistoryItem.java

fixes bug reported by Christopher Tan (help@jalview.org) - preservation of sequence description in aligned sequences.

Wait for response from server before next sequence

showqual, showcons never used

remove html and body from tooltip

new feature args

Can set description for new features

Faded anntotations when recalculating

set conserve and quality null if outofmemory

No longer a FeatureListener

parseDescriptionHTML

draw text after linkimage

Remove system.out

Gerneral XML parse error

fixed array out of bounds exception in copy constructor

showQuality may be updated during archive file load

Convenient function findEndRes

Add features from Popupmenu

Overview may request index beyond alignment height

Use i, not index if not representedSeqs

If conservation is null, disable Blosum62 and conservation colouring

Annotasiont[j] might be null

Local adjustForhiddenSeqs routine

RepresentGroup count items

Null element checked

HiddenSequences now array, not hashtable

Comment out debug to compile applet

fixes exception (array index out of bounds - due to off by one error) when applying conservation colouring to a group

refined id matching to pick the closest match (by length) to the query and added '_' to the list of word separators

debug message bugfix on duplicate tree leaf names.

No need to find index when deleting

Calculate alWidth earlier

Remove growing hashtable

Check on null consensus

bugfix for dodgy trees which contain the same leafname more than once - so that all leaves in the tree are properly associated.

Must repaint whole alignPanel

MaxResidue must be at least 2

Remove unneccessary separator

Only getGroups once if groupEditingcvs update

1.1 compatible

Use AAFrequency final keys

SetTooltip empty

Optimized

aaIndex replaces aaHash

static final strings for consensus keys

Consensus and conservation updated in threads

fixed log4j complaints for vamsas logging (again)

fixed log4j complaints for vamsas logging.

excluded log4j properties.

java 1.4 compliant classes.

imported Vamsas bindings and alpha vamsas client code from VamJalview cvs branch. Compilation requires vamsas-client.jar but Jalview can be distributed without the vamsas-client.jar.

set firstColumn property for an alignmentView object.

fixed getCompactAlignment method to return proper cigarArray and added 'firstColumn' parameter to AlignmentView object.

Added filter so that input to a JPred job is *solely* the visible residues, and the profile and prediction are correctly mapped back to the original seuence.

javadoc

new getVisibleContigs method mirrors the getVisibleContigs method in AlignmentView

AAFrequency optimized

Set consensus as hashtble[]

Multiple Views

BatchSize now 10

OutOfMemoryError test

TabbedPanes for views

lower case available

AlignFrame must take width and height

Sequenceset may be empty, multiple views

DEFAULT_WIDTH

Viewname, sequencesetid, gatheredViews

Sequences are optionalcvs diff vamsas.xsd

Check annotation is editable

Send DAS requests in batches of 20

DB seqs may be lower or upper case

BoldFont upperCase

Remove empty() from feature ToolTip

Check selection scroll beyond aligmnment height

Check on vscrollMax values

upperCaseBold

TurnColour bug on popupmenu applet

fixed tree building exception when one residue or a single column of residues is selected.