Jalview-JS/JAL-3253-applet

JAL-3253/JAL-3258  FileLoader fix for use of file.separator

JAL-3253/JAL-3257
working on getting TestNG working with singletons

check for null property file in Cache.setProperty to avoid error message
in testng; fixes problems with FeatureFileTest and FeatureFile with
mixed or unconsidered line endings

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 4 of 3

working on getting TestNG working with singletons

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 3 of 3

More succinct singleton class instances stored in jalview.bin.Jalview.

All 2200 instances of "static" checked.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript part 2

Includes lazy dynamic loading of SequenceFetcher database options.

Note that if WebServices menu is enabled (Java, not JavaScript), then
all web-based database proxies are instantiated anyway.

JAL-3253 preliminary static fixes for JavaScript

Desktop.instance and Desktop.getInstance()
Jalview.instance and Jalview.getInstance()
AlignmentSorter.instance and AlignmentSorter.getInstance()

ArgsParser static final options

*SoapBindingStub static final _operations

Clean up of headless business
Clean up of ArgsParser options

JAL-3253 AppletParams class for processing applet-specific params

JAL-3226 removal of superseded changes

JAL-3010 borderless 'x' for "delete this filter condition"

[JAL-3226] problem that JavaScript (or Java) may consolidate multiple
repaint() requests in unpredictable ways. In this case, the issue was
that in response to a CTRL-C/CTRL-V paste request, in Java a fast
repaint request preceded two full requests, thus resulting
in a full request for paint. In constrast, in JavaScript, the three
requests were bundled together into one, so the fastPaint flag was
still present for the second and third request.

This resulted in incomplete painting.

The solution was to set seqCanvas.fastPaint and idCanvas.fastPaint false
in PaintRefresher when the target to be painted is one of those two
components.

BH 2019.04.22

update of SwingJS -- no changes known.

minor code clean up

minor code clean up

// BH 2018.04.18 comment: addNotify() is not appropriate here. We
    // are not changing ancestors, and keyboard action listeners do
    // not need to be reset. addNotify() is a very expensive operation,
    // requiring a full re-layout of all parents and children.
    // Note in JComponent:
    // This method is called by the toolkit internally and should
    // not be called directly by programs.
    // I note that addNotify() is called in several areas of Jalview.

Adds check for gap padding to disallow fast paint upon pasting if
alignment has been modified.

removes unnecessary clearFastPaint

Corrects incorrect calls to ViewportRanges.setEndSeq()

This function has the limit of height - 1, not height. Also adds safety
for start < 0 in ViewportRanges.setEndSeq();

pushing again, just comments

hack for fastpaint Java bug upshifting one line after a sequence
selection paste. Covered in Java by a full paint by ConsensusThread.

reverting     seqPanel.seqCanvas.clearFastPaint();

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 dbSource always "ENSEMBL"

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

explicit Hashtable objects

adds an explicit clearing of the SeqCanvas fastPaint flag upon viewport
adjustment

JAL-3026 fix bug loading Jalview Project (in Java)

JAL-3111 fix 2.11 html anchor in docs

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 Jalview 2.11 what’s New and estimated release date

JAL-3111 tweak PCA documentation

Merge branch 'develop' into documentation/JAL-3111_release_211

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

better resource loading/file caching

caching of DnD files dropped

jmol-app updated for SwingJS ZipTools upgrade

localizes Thread colourby so that it does not cause ThreadStateException
in Java

comments only

missing check for JavaScript in client response for String (Java) vs.
Map (JavaScript) -- since JavaScript has already done the conversion to
a Map and needs no further JSON parsing.

unused old SwingJS dependencies

unused old SwingJS dependencies

Adds _j2sclasslist.txt to SwingJS distribution; fixes missing
menuListener

Merge branch 'bug/JAL-3218scalePanelPopups' into develop

JAL-3193 no separatge EnsemblGenomes source in SequenceFetcher

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

JAL-3193 rest.ensemblgenomes.org merged to rest.ensembl.org

JAL-3018 REST version updated to 10.0

JAL-3033 and more classes for examples core

JAL-3033 jalview.org/jalview-js/JalviewJS.shtml?open%20http://www.jalview.org/examples/uniref50.fa

JTable improvements

- prevents loss of tool tip when clicking or editing

- corrects offset of center label in variable color option

- speed somewhat improved

better comment regarding setting recognized ajax-enabled sites

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

code formatting only

JAL-3033 more classes for the kitchen sink

JAL-3033 updated classlist for loading the example file (jim's kitchensink corefile)

File caching activated explicitly in Platform

Fix for #196  EBI does not allow AJAX on Tools/dbfetch  - now they do.

command line fix

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

fixes for Jalview command-line URI code

JAL-3204 update to uniprot schema

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

j2sNative cleanup; fix for JTextArea preferred height miscalculation

JAL-3220 j2sIgnore on 3 more main methods

JAL-3220 j2sIgnore on main methods on test / utility classes

JAL-3220 unneeded main methods removed

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

replacing @j2sNative with @j2sIgnore where appropriate - requires NEW
TRANSPILER

removing early SplitPane SwingJS hack

JAL-3021 show Sequence Details with cursor at top

j2sNative clean-up. Fixes problem with second try of sequence fetching
not retrieving (cached) data

#210 Fixes Ensembl fetch problem (really)

JAL-3218 allow both Hide and Reveal in scale panel popup menu

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

note to self: Time to write a good interface and stop doing this secret
calling of swingjs methods.

JAL-3033 generalised publish-core-template ready to enable multiple templates/core-file html endpoints to be generated

JAL-3033 always run the toJs core file build before building core files from classlist/*.txt

JAL-3032 use small example Ensembl gene for JalviewJS

updated _j2sclasslist.txt adds a few more files (see end of file)

embedded core-file demo for faster loading

Ajax enhancements

first demo of embedding components as simple divs with known ids

jsmol2.php?? must have been just for testing

JSON refactoring of a few methods; fixing JavaScript issues

jalview-pca-div added

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

JAL-3033 build.xml:build-site runs build-site.xml to populate site/ with prebuilt/deps

adds TreePanel name jalview-tree

adds StructureViewer name jalview-structureviewer

adds SplitFrame name jalview-splitframe;

adds RnaStructureViewer name jalview-rnastructureviewer;

adds Desktop name jalview-desktop;

adds AlignFrame name jalview-alignment;

clean up implicit object refs

Cache JS adds search of Info for jalview_xxx properties

#210 Ensembl fix; adds embedding test

was incorrect catch parameter in close() of swingjs/json/JSON.js

Merge branch 'Jalview-JS/develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-JS/develop

Merge branch 'develop' into Jalview-JS/develop

Conflicts:
.classpath

JAL-3140 InstallAnywhere updated to intervalstore-v1.0.jar

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop