Conservation and PID colouring methods updated, also remove group added

Conservation and PID colouring methods updated

Secondary panel is hidden for the moment

Enable wrap menu item

Ability to apply to all groups added

No need for drawableSequence

Clustal colours now work

New layout, works 1.4 and 1.5

correct border width

JavaHelp files added

ColourSchemeKey now in documentation

system.exit or destroy if applet or app

change order of menuitems

don't system.ext

now has key listener

clustalColour bug fixed, clear selection

extends Applet

Adds regex.jar to classpath

warning! this is obfuscated

bug in compare fixed

returns color.white if the underlying colourscheme is null

creates new groups when selecting branches of the tree

now uses 1.1 friendly regex

Clear selection when deleting all groups

Allow removal of colour when deleting groups

remove a few imports

Nucleotide colours added

New colourScheme

Create group from search added

Delete groups added, nucleotide color added

ForegroundColor is darker.darker.darker

if stretchGroup is null, set avRubberbandGroup new group

<= y2 is now < y2

Commented out code removed

Fill rect white

Check if graphics is null in labelSize

False changed to true

SuperGroup added

System.out removed

SuperGroups added

new images

Clustal align DNA spinner added

Fix overviewPanel bugs

RefreshPanels after a colour change

Dont use addToDesktop for splashscreen

ClustalX added to ColourProperties

SetSecondaryPanel

SetSecondaryPanel visible

Works out exisiting colur of a group

New class

JBuilder Project file update

Jemboss(emboss 2.9.0) classes to provide client functionality to
Jalview.

first jemboss clustalw client for jalview.

support for jemboss server interaction.

bugfix for writing fasta file without gap characters.

Implemented clustal alignment via jemboss.

Spaces

Various color bugs sorted out

Dispalys rule along top of output

Hscrollbar is shortened

Return color.white if a gap char is detected

getValue method added

Maintain PID or conservation status when changing colour

SequenceGroup is now an array

Send array of groups to renderer

Initial selection bug fixed

FindAllGroups added

Scrollbar at bottom of screen

GetResidueBoxColour altered for faster rendering

Renderer already has graphics context

getResidueBoxColour has been removed for faster rendering

Ignores gaps when searching

random change 3

another dummy.

Group editing is done by control and alt key down

regular expression added

delete gaps bug fixed

must append file:/// at beginning of file launch

irrelevant comment.

Displays number of matches found in search

jalview URL updated and authors in about file

Mac osX doesnt like isControlDown, use alt instead

All optionpane messages must be added to Desktop.desktop

If screensize is small, setSize to be the screenSize

Doesn't draw the white box at the end of a line

Fixed bug in editing by group

Hide apply and undo buttons

Use the isGap method in utils

Output new alignment bug fixed

ilen and jlen no longer +1

Remove redundancy implemented

colours are right, but not the conservation bit!!

no need to send sequence to determine residue colour

Added for the moment, only used by ClustalxColourScheme

No need to sened sequence to determine residue colour

isGap method implemented in utils, and optimized

isGap method implemented in utils

GSlider replaces GConservationIncrementPanel

no more group editing mode. clustal implemented

Displays full id with the help of nowrap