JAL-3026-JAL-3063 adds binary ext to J2S

J2S needs to know any binary extensions for its file saving mechanism.

Merge branch 'Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

JAL-3026-JAL-3063-JAXB swingjs/ upgrade

JAL-3026 JAL-3063 patch jalview.project.Jalview2XmlTests with updates in jalview.io.Jalview2XmlTests due to changed way of accessing result of call to result of AlignFrame.saveAlignment

JAL-3047 - create the clover output dir in the working directory before going any further !

Merge branch 'feature/JAL-3063JAXB' into Jalview-BH/JAL-3026-JAL-3063-JAXB

JAL-3063 service param files read/saved using JAXB not Castor binding

JAL-3063 top level element added to JalviewWsParamSet.xsd

JAL-3063 comments re use of xjc to generate Java binding classes

JAL-3063 tidy commented out code

JAL-3063 wrappers with check for null getting optional Integer, Float,
Boolean XML attributes

JAL-3063 use JAXB for 'Save as Project' and load project from parameter

JAL-3063 unit test for save/load project switched to JAXB

JAL-3063 Save/Load user defined colours using JAXB

JAL-3063 Save/Load user colour scheme using JAXB

JAL-3063 top level element added to colours schema, JAXB classes regen'd

JAL-3063 New View via JAXB

JAL-3063 temporary extra menu option to save/load project as JAXB

JAL-3063 first version of Jalview2XML using JAXB to (un)marshal

JAL-3063 JAXB binding classes generated by xjc from jalview.xsd

JAL-3063 tweak schema so JAXB tool xjc recognises XML root element

JAL-3063 tweak schema so JAXB generates enums for enumerated values

Jmol/SwingJS update. Includes new transpiler and runtime

install transpiler
run build-site.xml

JAL-3116 test method renamed to match code

JAL-3116 unit tests adapted to EMBL over JAXB

JAL-3116 parse EMBL XML with JAXB (todo: update unit tests)

JAL-3116 Uniprot XML unmarshalled using JAXB not Castor

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-1551 reinstated Save actions

JAL-3113 override minimum frame size in a way that works in JalviewJS

JAL-3112 increased TEST_TIMEOUT to 9000ms - needed after inclusion discovered class path entries

JAL-3112 Use classgraph to reconstruct the classpath for launching Jalview

JAL-3048 recoded edit View Name dialog for JalviewJS

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

JAL-3111 drop hts-1.33 as a dependency (in favour of htsjdk-2.12)

Merge branch 'merge/JAL-3091_JAL-3111_develop_211' into develop

JAL-3056 offer New / Expand / Gather View in JalviewJS

Merge branch 'releases/Release_2_11_Branch' into merge/JAL-3091_develop_211

Merge branch 'develop' into releases/Release_2_11_Branch
JAL-3091 bring 2.11 onto release 2.10.5 to simplify merge

JAL-3091 changed release date to 10th September - tweaked release notes.

JAL-3106 normalise extension before checking if it is '.jar' when constructing fileformat/extension name index

JAL-3107 update any group associated annotation rows when a new group is created

JAL-2988 JAL-2968 renamed patched VAqua5 to VAqua5-patch.jar and documented patch along with instructions for rebuilding the jar

JAL-2988 if selected file is null (On Java 10/OSX - happens if user has entered text after selecting a file), try and get the filename from the UI. If no file can be gotten, cancel the save operation

JAL-2988 workaround: overload getSelectedFile() because calling setSelectedFile(..) results in getSelectedFile()==null on OSX/Java 10/VAqua4/5.

JAL-3106 use .jvp as default

JAL-3105 fix for focus transfer after window closed on OSX

JAL-3091 code committed in error (failed patch for JAL-2854)

JAL-3091 release notes for JAL-3104

JAL-3105 reallocate quality and consensus annotation rows so old values aren’t rendered when alignments become shorter

JAL-2854 compute visible annotation panel height and provide it directly to via Scrollable interface

JAL-3065 don’t quote class path args for Runtime.exec java launch command (needs to be ported to 2.11)

JAL-3091 update whats new!

JAL-3091 update Java 10 known issues/workarounds in whats new

JAL-3091 known defect in whats new for Java 10 issues: JAL-3103 JAL-3102

JAL-3091 add Ben Soares to authors list and switch ordering of Toch and Kira (since Kira left after Toch).

JAL-3091 release notes for updated memory settings

JAL-3091 release notes

JAL-3101 increase default heap size in IA and JNLP generation, and generate a jalview_256MB.jnlp file for backwards compatibility

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-2988 update InstallAnywhere install dependencies for VAqua5

Merge branch 'bug/JAL-3076ensemblGeneId' into develop

JAL-3091 release date set for Thursday 6th September

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception_nogroovysettings' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3065 - amended commit  4906697ab6e5a79fbce3baae89f7f64178c9a739  to exclude .settings/..groovy
    Added notes to the instructions, also adjusted the jalviewDesktopRunner
    test to lookup OS and use ';' or ':' accordingly.
    All the CommandLineOperations tests failed on my (hastily set up) linux
    box, so I'm committing and will test on MacOS too.

JAL-3091 JAL-2988 release notes re Java 10 and OSX

Merge branch 'patch/VAqua_saveload_update_JAL-2988' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 -Dnosign to disable jar signing phase of build

JAL-3091 release notes and whats new !

Merge branch 'trialMerge' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 fetch Ensembl sequence as JSON instead of Fasta

Conflicts:
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblInfo.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblMap.java
src/jalview/ext/ensembl/EnsemblSeqProxy.java

JAL-3079 drop use of clip region while drawing wrapped alignment

JAL-3065 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3065_DH_keyPair_Exception' into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3076 clarify javadoc handling single sequence response for Ensembl REST sequence_id endpoint

JAL-3087 release notes

JAL-3095 account for sequence start when highlighting selections in trimmed VARNA model

JAL-3053 JAL-3061 JAL-3095 release notes

Merge branch 'bug/JAL-3061_RNA_secondary_structure_annotation_gap_character' into releases/Release_2_10_5_Branch

Merge branch 'releases/Release_2_10_5_Branch' of source.jalview.org/git/jalview into releases/Release_2_10_5_Branch

JAL-3095 release notes

java doc and fix for JAL-3095 - region of trimmed RNA model to highlight is indexed relative to SeuqenceI.getStart()

JAL-3003 remove redundant call to drawSelectionGroup

Merge branch 'bug/JAL-3003epsWithSelection' into trialMerge

Conflicts:
src/jalview/gui/SeqCanvas.java

JAL-3092 release notes

JAL-3092 make sure base pair counter is always moved in loop that computes the helix count for a strand of RNA secondary structure

Merge branch 'bug/JAL-247pngShowHiddenSeqMarks' into trialMerge

JAL-3055 refinements to alternatives to deriveFont

JAL-3079 don't create new Graphics to draw as it confuses PDFGraphics

JAL-3091 release notes for JAL-3003 JAL-3059

JAL-3003 different coloured borders in demo annotation file

JAL-3059 use correct border colour for groups

JAL-3003 draw selection group outline on main graphics context

JAL-3055 corrected logo drawing in JS

JAL-247 release notes

JAL-247 comment to clarify wrapped print algorithm