JAL-3808 handle 1:1 mappings in exonerate gff2 using the ‘similarity’ feature extent to determine direction of mapping generated from alignment

JAL-3808 example exonerate cdna2genome and coding2genome test data and test

Merge branch 'task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller' into develop

Merge branch 'task/JAL-3805_Remove_Uninstall_Old_Jalview_application_for_develop_branch' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

Merge branch 'develop' into task/JAL-3796_notarization_no_uninstaller

JAL-3521 Updating file opening marker to %u

JAL-3521 Debian mime-type and desktop helper files, and script to create them

JAL-3805 Smaller DMG Finder windows for all DS_Store files in utils/channels/... .  Removed no longer used DS_Store files from utils/install4j.

JAL-3805 New DS_Store for smaller DMG Finder window

JAL-3805 Remove Uninstall Old Jalview.app in Release_2_11_1_Branch

JAL-3038 corrected code that reads editable JComboBox text input

JAL-3796 update to Install4j 8.0.10 and add config for code notarization

JAL-3789 Use j2s.config.altfileproperty in .j2s for alternative temporary build/jalviewjs/config/j2s settings file when running a headless build in gradle

JAL-3789 New swingjs for Java2Script 3.2.10 with j2s.config.altfileproperty

JAL-3280 Fixed the version checking URL formulation (getdown build_properties) for jalviewjs, can also use it for jalviewjs in future

JAL-3783 Reverting to using groovy-all-2.4.12-indy.jar to fix serious problem with Groovy console using shadowJar

JAL-3628 Test for doubly saved single backup file scheme

JAL-3594 Allow setting of getdownappbase and getdowndistdir properties for DEVELOP channel, and change DEVELOP version to be VERSION-dDATE instead of VERSION-develop.  dDATE will help users know when Jalview Develop applicaiton updated

JAL-3280 Test for remote release build_properties file version check

JAL-3280 fixes after CR-JAL-241. Now only checking release build_properties.

JAL-3280 Pass appbase and appdir from getdown to jalvew. Check appbase (defaults to release appbase) for build_properties VERSION insteadl of jnlp file.

JAL-3594 Defintely want SplashScreen to appear in the Desktop window otherwise it might not be closeable

JAL-3594 Changed building.md to describe -PCHANNEL=JALVIEWJS and JALVIEWJS-TEST

JAL-3594 Changed building.md to reflect change of name of channel_properties to channel.props

JAL-3594 Adjustments to allow JalviewJS to use ChannelProperties, and new utils/channels dir for jalviewjs and jalviewjs-release

JAL-3775 JAL-3633 Make java.net.Authenticator code conditional on not being JalviewJS

Merge branch 'task/JAL-3594_updated--CHANNEL_cosmetics' into develop

JAL-3594 Better Jalview Develop banner

JAL-3594 Documentation added to building.md for using the utils/channels/... folders

Merge branch 'task/JAL-3594_updated--CHANNEL_cosmetics' into develop

Merge branch 'merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into develop

JAL-3594 Improved About banners for develop and test-release

JAL-3594 Images for splash screen

JAL-3594 JAL-3728 Added taskbar icons to desktop and Java console. Changed "Jalview" to "app_name" in various appropriate places

Merge branch 'merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch' into merge/JAL-3594_and_new_develop_issues

JAL-3594 Change main window title

JAL-3594 DMG fixes

JAL-3594 added BG logo. Changed some named Jalviews to app_name property. Added test-release and default channels.

JAL-3754 Fixed jar task creating strange dir because of outputs.file()

JAL-3754 Fixed jar task creating strange dir because of outputs.file()

JAL-3594 Default values for channel properties defined in code as fallback

JAL-3594 Added rotating logo png

JAL-3754 fixed a problem with jar task creating a stray dir when building

JAL-3775 added the Platform.isLinux() check for test HiDPISetting2

JAL-3594 New jalview.util.ChannelProperties to get/cache values and images used in the application. Starting to tidy images in resources/images.

JAL-3594 Generating GIMP XCF files for getdown and new release getdown images

JAL-3594 Release images and channel properties

JAL-3594 New way for build.gradle to override properties with channel based properties files. Starting to tidy up some old image files

JAL-3594 new logos, icons and cosmetics for getdown and install4j

JAL-3594 Different icon/getdown styling when launching jalview built with -PCHANNEL=DEVELOP

Merge branch 'develop' into merge/develop_and_rebase_squashed_merge_JAL-3628+JAL-3608+JAL-3609+JAL-3541+Release_2_11_1_Branch

JAL-3609 JAL-3775 Updated getdown with re-factored HiDPISetting and ScreenInfo. No real functionality change.

JAL-3609 JAL-3775 Tests for jalview.bin.HiDPISetting

JAL-3609 JAL-3775 Refactoring a bit of jalview.bin.HiDPISetting so screen display can be mocked in tests by Mockito

JAL-3775 Adding Mockito jars for tests.  Needed for HiDPISettingTest1

JAL-3660 Fix for specified output format when using command line arg to convert a file

JAL-3530 Added a -nowebservicediscovery command line argument.

JAL-3660 Fix for specified output format when using command line arg to convert a file

JAL-3757 JAL-3689 use AppletFormat.checkProtocol to resolve startup file’s retrieval protocol (sorry @benzoid for finessing you !)

JAL-3757 JAL-3689 Fixed checks for URLs by adding checks for https:// as well as 

JAL-3775 Re-compiled Getdown jars

JAL-3775 Eclipse re-formatting commit

JAL-3633 last minute refinement so password box doesn't get focus all the time

JAL-3633 Apply (proxy) button enabled when needed

JAL-3633 Help documentation updated

JAL-3633 Small changes to allow future fitting with ApplicationSingletonI/Jalview-JS, Most NPE fixes for tests

JAL-3275 JAL-3633: JAL-3275 Turned Preferences into a Singleton that checks renews if it's been closed.  Removed some debugging for JAL-3633. Added focus/highlight to proxy password box when needed. Forced WS lookup wheb proxy settings changed.

JAL-3633 Set proxy preferences before web calls in jalview.bin.Jalview. Fixed call to open Preferences->Connections with message when required.

JAL-3633 Memory only proxy auth password storage. Open Preferences->Connection tab when proxy password needed

JAL-3633 Added Proxy Authentication credentials in Preferences and set via java.net.Authenticator

JAL-3633 Added Preferences for Proxy Authentication. No jalview_properties yet

JAL-3633 label.proxy_server -> label.proxy_servers

JAL-3633 Remember system set proxy properties. Add options in Preferences for No proxy, system proxy, or custom proxy servers.

JAL-3633 pass getdown proxy settings in proxy.txt on to Jalview

JAL-3633 ensure check both  or https:// for urls

JAL-3628 Error when saving alert box has been moved in develop for JS, adding Platform.isHeadless test to new isSaveAlignmentSuccessful method.

JAL-3676 More explicit tooltip about resetting log level on Console close. Also clarified code to set initial log level and re-set on close to previously set level.

JAL-3676 Removed BACKUPFILESPRESETENTRY logging for opening the file browser. Changed most BACKUPFILES logging from DEBUG to TRACE level. Minor wording changes.

JAL-3628 Fixed oddly worded and non-formatted error popups when saving fails

JAL-3676 improvement for visual selection of console text - fg color change if required

JAL-3676 code review -- added non-listed Level into dropdown list

JAL-3676 Added Log Level ComboBox and Copy to Clipboard button in Java Console

JAL-3628 Fix for slightly incorrect boolean usage to determine success when rolling backup files

JAL-3628 Even more Cache.log.debug statements

JAL-3628 More Cache.log.debug statements

JAL-3628 Changed other calls to renameTo to use BackupFiles.moveFileToFile

JAL-3628 Changed all file1.renameTo(file2) calls to Files.move(path1,path2,REPLACE_EXISTING) in jalview.io.BackupFiles. This fixes a problem in Windows with renameTo when destination file already exists.

JAL-3609 formatting save after cherry-picks

JAL-3609 Allow pass-through of setHiDPIScale property to tests via (e.g.) gradle test -Ptest_HiDPIScale=2

JAL-3609 Report when scale setting used.

JAL-3609 New auto-scale 'formula' for linux HiDPI.  Tested to work for UHD screen in various OS display settings.

JAL-3609 corrected maxdimension to mindimension. Adjusted tallscreen limit

JAL-3609 removed debugging prints

JAL-3609 changed property names to something more palatable and catered for portrait screens

JAL-3609 system properties to force a scale, or automatically choose based on OS, Screen DPI and Screen height in pixels

JAL-3609 Added a -DforceHiDPISetting=true option mainly for testing, and updated getdown HiDPISetting

JAL-3608 cherry pick of 92cb745e7

JAL-3248 Added mention of version 'TEST' in shadow jar filename in building.md/html since develop branch currently uses this by default.

JAL-3248 Fixed path typos in building.md/html and corrected shadow jar filename

JAL-3760 fix tests for changed behaviour