Merge branch 'features/JAL-3858_PAEsInProjects' into features/JAL-4134_treeviewerforcolumns

JAL-3858 new MatrixType JAX-RI POJO

JAL-4134 - refactor tree calculation code to work with binaryNode base type.

JAL-4133 update validChar width when font is changed so characters are suppressed for small widths

JAL-4133 store/restore alignment view’s charWidth and charHeight in Jalview project

JAL-3858 persist PAE matrix (only so far) as serialised floats in element on dataset sequence annotation. Rudimentary tests.

JAL-1551 source formatting

JAL-3858 simple test for PAE matrix recovery

JAL-3858 construct a PAE direct from float array

JAL-629 make sure we show GUI when not driven programmatically

JAL-4095 slightly better threshold setting and todos for improvement

JAL-4095 magic fill behaviour is PAE specific

JAL-3858 JAL-2381 allow different linear shading schemes for selected/non-selected regions of contact matrix heat map

JAL-4027 JAL-3858 rename CUSTOM_RENDERER to CONTACT_MATRIX annotation.graph type, with actual matrix type stored in calcId

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-629' into features/JAL-3858_PAEsInProjects

 Conflicts:
src/jalview/bin/Jalview.java

JAL-1713 don’t close an automatically created overview window for projects from Jalview versions older than 2.11.3

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

Passing test for JAL-4127 failing on the JAL-1713 branch

JAL-4090 move 2.11.3 series release notes to 2.11.3.0 release and premptively list issues already or nearly addressed in this version

Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject

JAL-3077 broken conflict resolve resulted in failing test (nb - still not resolved the issue of (promoted) dbrefs!)

Fix for JAL-4126 - don’t automatically create a threshold line when no threshold line is needed when reconstructing the annotation colour scheme from a project file

JAL-4126 comment out closeAll - so we can visually check the alignment frame as it is restored

JAL-4126 failing test - colour scheme appears to be being created and configured, but the renderer is not actually using the colour scheme to shade the sequence when the project is restored.

JAL-629 Fasta sequence id reading whitespace fix. Flexioble pae json keys and structure. Headless fixes. Logging fixes (MessageManager -- test broken). ArgParser and Console helper methods. Commands added e.g. --colour=gecos:flower.

JAL-629 "updated" json-simple

JAL-1551 remove temp file in src

Merge branch 'develop' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-1713 update from Jalview 2.11.3 develop
Merge branch 'develop' into feature/JAL-1713_overviewInProject
regenerated jaxb classes to resolve conflicts

JAL-4118 remove unnecessary sleep from QuitHandlerTest

JAL-4118 fix a small buglet in BackupFiles exhibited in tests on build server. Possible problem with filename with dirs in passed to BackupFiles.

JAL-1988 Add a sleep to file save test to give time for file to save

JAL-629 example files from nf-core

JAL-629 helper eclipse CLI run

JAL-629 adjust arg type for tempfac-shading -- was grabbing next argument

JAL-4116 relegate the failed to promote warning to Console.debug so most users won’t even see it (or be slowed down by it).

Merge branch 'new_feature/JAL-4019_ambiguous_base_colourscheme' into develop

JAL-4090 Release 2.11.3.0 release notes and version bump

Merge branch 'merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064' into develop

JAL-629 hacked in --tempfac-shading - hardcoded to use existing colours in per-sequence annotation

JAL-629 suggest not breaking out of the structure processing loop if just one structure has a bunk sequence association..

JAL-629 need to delay call to AlignFile.parse() if StructureFile needs to configure itself at construction time

JAL-629 don’t carry on Jalview.main if we’ve already processed command line args another way

JAL-629 don’t trash user’s system property file when adjusting settings to process CL args

JAL-629 don’t complain for Unary args

JAL-629 labelled breaks are frowned upon by everyone

Merge branch 'features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855' into features/r2_11_2_alphafold/JAL-629

Merge branch 'develop' (JAL-4102 2.11.2.6 patch release) into features/r2_11_2_alphafold/JAL-2349_JAL-3855

JAL-629 Attempts to add PAE to structure. --headless working. Make HTML output single threaded in headless mode. Delete an editor temp file.

JAL-4104 JAL-4102 update help docs with script to add jalview command line tool to osx path

JAL-4102 whatsNew for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

JAL-4114 model_page_url not required in v2.0 response

JAL-4102 update date and release notes for 2.11.2.6

Merge branch 'patch/JAL-4114_updated_3dbeacons_api' into develop

Merge branch 'patch/Release_2_11_2_6_Branch' into develop

JAL-2353 primary ref candidates that should be promoted should preserve original version string

JAL-4114 missing mock server response

JAL-4114 only rank model qualities that are computed with the same method, and uprank models with pLDDT over other types of models in the same model type category

JAL-4114 alphafold now marked as AB-INITIO so adjust ranking in categories

JAL-4114 additional warnings when PDBe doesn’t return as many responses as queries made to it when adding in additional metadata

JAL-4114 patch REST client for changed JSON schema in 3D beacons v2 API

JAL-4114 formatting

JAL-4114 updated mock tests and responses for v2.0 api

JAL-629 make sequence id key 'seqid'

JAL-629 added Alphafold cif, pdb and PAE json files to examples/AlphaFold

JAL-629 refactoring TFType.  Remove i18n identification of annotation.

JAL-3416 More explicit setting of FlatLaf macOS theme

JAL-3416 Upgraded FlatLaf to 3.0 and added macOS theme for macOS

JAL-3416 remove a missed panel titlebar icon in TreePanel

JAL-3416 Fix file permissions on bundled macOS JREs

JAL-629 Add image output and quit

JAL-629 move SubId to more logical place. Attempt removal of annotations in a better way (commented out).

JAL-629 Open Structure Viewer from cmdline

JAL-629 null check, fixed tests!

JAL-629 fix opening files

JAL-629 stray code deleted

JAL-629 Allow attachment of pAE file to a particular sequence

JAL-629 implementation of --tempfac options

JAL-4102 bump version number

JAL-4102 2.11.2.6 hotfix release notes - JAL-4101 JAL-2353

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-2353 patch for Ensembl refs from uniprot - needs test and checking !

JAL-4101 Updated Rfam* tests

JAL-4101 Updated DEFAULT_RFAM_BASEURL

JAL-629 Doing things with the command line arguments

JAL-4019 Clarification of position on 'X' in help text

Merge branch 'improvement/JAL-3416_default_to_LIVE_DRAG_MODE_for_flatlaf' into merge/JAL-1988_JAL-3772+JAL-3416+JAL-4054+JAL-4064

JAL-3416 make flatlaf default for linux

JAL-4019 finalised a boolean option and tidied some comments

JAL-4019 Put original test back

JAL-4019 Make diagnostic message debug level

JAL-4019 small colour fix for X in the documentation

JAL-4019 attribution to Suzanne

JAL-4019 Help pages for Nucleotide Ambiguity colour scheme

JAL-4019 small but important corrections to array order, and X colour

JAL-4019 Added tests for new Nucleotide sequence detection

JAL-4019 improvement to short sequence nucleotide detection, and some tidying of unused parameters

JAL-4019 Nucleotide Ambiguity Colour Scheme added. Test for nucleotide sequence adapted to recognise nucleotide sequences with (more than 15%) ambiguity codes. Two tests fixed.