JAL-3111 help pages minor corrections

Merge branch 'task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview' into develop

JAL-3111 JAL-3348 JVL file documentation

JAL-3348 revised bsoares memory settings documentation and updated docs for launching jalview from command line

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

JAL-3348 memory.html documentation finished for 2.11.0

JAL-3348 jvmmempc in jvl file now works in linux

JAL-3348 jvmmempc multiple values shouldn't be merged

JAL-3111 tidy up lists/indentation for release notes

JAL-3111 Java 11 only and 'onwards'

JAL-3111 more whatsNew tweaks

Merge branch 'task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website' into develop

JAL-3111 more whats new

JAL-3348 start of new memory setting text

JAL-3348 jvmmempc allowed in jvl file

Merge branch 'develop' into task/JAL-3348_document_cli_memory_settings_when_launching_jalview

merging in develop

Merge branch 'documentation/JAL-2843_featureFiltersFormat' into develop

JAL-3348 prepping getdown to pass JVM command line args

JAL-3111 updated what’s new… still more to come !

JAL-3111 updated privacy statement to remove mention of JNLP version checker JAL-3280

JAL-3111 JAL-3150 revised Jalview archive documentation and noted instructions about converting Jalview project files pre Jalview 2.1.

JAL-3111 JAL-3348 removed pre 2.11 instructions on setting Jalview’s memory settings. Needs information about configuring proportion of memory allocated.

JAL-3111 JAL-3280 hide the version check preference option in ‘Connections’ tab

JAL-3111 tidied up preferences dialog documentation

JAL-3111 fix broken helpTOC link

Merge branch 'tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu' into develop

Merge branch 'develop' into tasks/JAL-3311_removeVamsasMenu

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

merging in develop

JAL-3337 Tidied up j8libs in THIRDPARTYLIBS. Replaced jersey-*-1.19.jar with jersey-*-1.19.4.jar in j8lib.  Removed lib/ folder from sourceDist.  Added instructions for running testNG with a specific group of tests to building.md

JAL-3111 release date now 4th July 2019 - codename 'bastille'

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 formatting

JAL-3111 new known defect from JAL-797

JAL-3111 release notes for JAL-2789 JAL-2744 JAL-1889 JAL-3287 JAL-3289 JAL-3288

JAL-3111 whats new and JAL-2738 JAL-2743 expanded help documentation for VCF

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

Merging in develop

JAL-3337 Excluding j11modDir from source distribution (has some older version jars converted to mods and none of these files are used in the build -- jars are all in j11libDir and used as libs not mods).

JAL-3337 Updated the j11lib jars (don't need to be converted to modules) that aren't in j8libs. Added licensing information for these jars to THIRDPARTYLIBS.

JAL-3337 gradle.properties for publish help as html pages

JAL-3337 publish help as html pages with GA tracker (ant task rescued from old build system)

JAL-3337 starting to add to THIRDPARTYLIBS

JAL-3322 increase concurrent downloads in getdown

JAL-3333 removed unused variable

JAL-3337 Added some more files to source tar.gz file

JAL-3337 added gzip compression. Archive filename now matches the ones in docroot/source/ when using -PJALVIEW_VERSION=...

JAL-3322 getdown jars with network timeouts applied

JAL-3332 Sensible default timeout values for network connections (8s connect_timeout, 15s read_timeout)

JAL-3333 using floats for smoother weighting

JAL-3337 added sourceDist task to gradle.  Creates tar file in builds/distribution/jalview-source-JALVIEW_VERSION.tar

JAL-3337 update to JAVA-11-README to state current Java 11 build

Merge branch 'develop' into task/JAL-3337_gradle_tasks_sourceDist_and_help2Website

update merging develop into this branch

JAL-3333 Sorry couldn't resist adding a bit of weighting to the rotation

JAL-3333 Title text now appears instantly. Altering speed of rotating logo depending on queuing or running status. Rotating logo now 'parks' rather than jumps at completion.

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

Merging in simple change from transparent image to white background and removing alpha channel in image model.

JAL-3333 changed RGB model.  Tested in mojave and Windows (works)

JAL-3111 release notes for JAL-3330 JAL-3021 (tweak) and JAL-3333

JAL-3337 start of a Tar task

Merge branch 'bug/JAL-3333_Blurry_fonts_in_WebServiceInfo_window_title_in_macOS_mojave' into develop

JAL-3111 release notes for JAL-2820 JAL-2207

JAL-3111 backed out report of fix to JAL-3178 in release notes - since not fixed for 2.11

JAL-3111 JAL-3340 JAL-3184 JAL-3338 new known defects

JAL-3333 Smooth rotation of image now too

Merge branch 'documentation/JAL-3111_release_211' into develop

JAL-3111 final release date for 2.11.0

JAL-3333 added height to rotating image preferred size

JAL-3330 apply Ensembl feature settings when showing crossrefs for alignment that looks like it was from Ensembl

JAL-3333 Replaced title text rendered in animated image with a titleText JLabel. Moved image to WEST with preferred size and put titleText in CENTER.

JAL-3335 much improved getdown background images

JAL-3322 Progress bar status tweaks

JAL-3322 getdown Application class fix

Merge branch 'develop' into JAL-3322_getdown_speed_improvement

merging in develop

JAL-3322 corrected fix to convertBuildingMD task fail. removed debugging warnings from getdown config backups

Merge branch 'JAL-3322_getdown_speed_improvement' of https://source.jalview.org/git/jalview into JAL-3322_getdown_speed_improvement

parallel dev

JAL-3322 fixed convertBuildingMD task skipping in Windows

Merge branch 'JAL-3322_getdown_speed_improvement' into develop

JAL-3322 linksCheck task output.

JAL-3322 Removed debug logging. Enabled backup install/getdown.txt config. Added a dev doc diagram.

JAL-3322 Once background displayed, allow asynchronous progress setting

JAL-3111 fixed an anchor name link preventing linkCheck task from completing successfully

JAL-3111 sign the uninstaller script .. again

Merge branch 'improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility' into develop
also note JAL-3320 addressed (groovy console opening with Java 11)

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility

JAL-3111 release notes for JAL-3334 JAL-3330 and rejig others

Merge branch 'bug/JAL-3330' into develop

JAL-3334 fix - always load full SO to resolve the sequence features from Ensembl correctly

JAL-3111 get rid of nasty tab characters

JAL-3332 test to check for duplicate db sources and patch to code. crept in after das source removal

JAL-3130 Added all groovy jars for groovy console

Merge branch 'develop' into improvement/JAL-3322_getdown_splashscreen_visibility

merging with develop

JAL-3322 Splashcreen now appears instantly with new setting ui.progress_sync = true. Some other minor improvements

JAL-3330 JAL-3332 relocate and simplify BeforeClass/BeforeTest to avoid ambiguity in setup

JAL-3330 test to verify sub/attributeName array is not shared between multiple instances after copy-via-copy constructor

JAL-3330 javadoc

JAL-3322 replaced invokeAndWait(r) with r.run() and fixed nullpointer error in jvl config reading

JAL-3289 Ehancements to ARCHIVE building and script to show how to batch build and rsync the archived versions

JAL-3289 ARCHIVE now implemented (requires a compiled -PARCHIVEDIST=/path/to/old/jalview/dist).  Improved delete file values in uninstaller.  Added an ARCHIVELOCAL channel type for testing.

JAL-3289 implemented CHANNEL=LOCAL,RELEASE,TEST-RELEASE,SCRATCHH-...,DEVELOP,ARCHIVE.  Added fallback install/getdown-launcher.jar and added to classpath in install4j_template.install4j

JAL-3330 merge styles onto originating view after fetching database references

JAL-3330 dbreffetcher: record any feature display models associated with sources that provide sequences

JAL-3330 merge styles onto originating views when show cross-refs performed (should really do this for all views involving dataset).